在征服波斯东部后，为了震慑东方的反抗，亚历山大继续兴师北上，转战于中亚。前329年，亚历山大经过乌浒河（今阿姆河），来到了粟特。在攻占首府撒马尔罕时，亚历山大遭到粟特部落的激烈反抗。同年，锡尔河上游爆发了斯皮塔米尼斯的粟特部落大起义。斯皮塔米尼斯刚毅果敢、行踪诡秘，曾经率领一支游牧军队击败了亚历山大的一支别队，并且攻陷了亚历山大的一些堡垒。亚历山大了解到事情的严重性后，对其展开军事上的围捕，并且对当地的叛乱势力进行残酷的镇压。期间亚历山大在锡尔河之战中还击败了西徐亚人的游牧骑兵，使其首领臣服。斯皮塔米尼斯与亚历山大周旋了一段时间后，终于被亚历山大指派的部将科纳斯彻底击溃，被当地人献出后被处死。
主要对手被消灭后，亚历山大着手镇压各地的叛乱，在索格迪亚纳岩的战役中展现了他率领的部队的山地作战能力，俘虏了当地的贵族和反叛首领、粟特人阿克雅提斯的家眷，并且一改其在此地区的残酷风格，接纳战俘，并且打算正式迎娶阿克雅提斯的女儿罗克珊娜。阿克雅提斯得知消息后，亲自上门投降，至此东方行省的战役彻底结束。亚历山大以盛大的婚礼迎娶罗克珊娜为妻。他试图将马其顿希腊人和亚洲人融为一体，使自己成为真正的世界之主。他将3万名亚洲男孩训练成希腊式的战士，授予赫费斯提翁波斯式的头衔和职位。
亚历山大明白，仅靠马其顿人和希腊人的军事力量，是无法统治广袤的帝国疆土的。随着征战的胜利，统治地区的扩大，亚历山大在东方建立了许多要塞城市，并且都用亚历山大命名，派兵驻守。此外，他越来越多地沿袭波斯帝国及其各地的旧制，擢用东方的降臣，招募当地人补充军队。亚历山大采用了东方豪华阔绰的礼仪，头戴波斯王冠，身穿米底绛袍，并要他周围的臣民向他行匍匐礼，下跪磕头。这些做法在马其顿的将领和士兵中引起了强烈的不满，不满情绪后来演变为反亚历山大的“阴谋”和哗变。亚历山大用极其严厉的手段惩办军中的反对者，甚至不惜诛杀一些战功卓着的老将和近臣。曾经在格拉尼库斯河战役中救过亚历山大的克利托斯，因为讽喻亚历山大，被他在宴会上亲手用矛刺死。老臣帕曼纽和他的儿子菲罗塔斯，亚里斯多德的外甥、历史学家卡利斯特涅斯都先后丧生。亚历山大的这种做法在马其顿和希腊远征军内造成了越来越大的裂痕。
六、止步印度
在征服了整个波斯后，亚历山大本可以返回家园，重新筹划新领土的统治方法。然而，他的征服欲望并没有得到满足。前327年，亚历山大继续挥军越过开伯尔山口，进入南亚次大陆。这一次，他的目标是印度。
亚历山大率领的军队在进入印度后，迅速推进到了印度河以东的海达斯佩斯河。在这里，他遇到了印度国王波拉斯的军队。波拉斯的军队装备了战象，这是一种亚历山大从未见过的武器，给马其顿军队带来了极大的威胁。然而，亚历山大凭借其卓越的军事才能和灵活的战术，最终在海达斯佩斯河会战中击溃了波拉斯的军队。
在这场战役中，波拉斯的军队在数量上占有优势，而且战象的加入使战场形势更加复杂。亚历山大采取了分而治之的策略，将部队分成几个部分，分别对付不同的敌人。他亲自率领骑兵突击波拉斯的中军，同时命令步兵方阵抵挡战象的冲击。尽管战象给马其顿军队造成了不小的损失，但亚历山大的部队最终还是突破了波拉斯的防线，迫使波拉斯退却。
战后，亚历山大对波拉斯的勇敢和尊严深感钦佩，决定释放被俘的波拉斯，并恢复他的王位。这一举动不仅赢得了波拉斯的忠诚，也赢得了当地人的尊重和支持。通过利用西北印度各邦统治者之间的矛盾，亚历山大软硬兼施，迅速占领了西北印度的广大地区。
然而，随着亚历山大继续深入印度的心脏地带，他的军队开始面临越来越多的困难。长期的紧张作战使士兵们疲惫不堪，加之对印度热带气候的不适应和军中瘟疫的流行，士兵们的士气逐渐低落。他们开始拒绝前进，要求回家。士兵们举行了集会，甚至发生了哗变。这种情况迫使亚历山大不得不重新考虑他的计划。
最终，亚历山大决定只留下一部分人驻守战略要地，将大部分军队撤出印度。他制定了详细的撤退计划，将军队分为两路。一路由海军将领奈阿尔科斯率领，取海道沿伊朗海岸进入波斯湾。另一路由亚历山大亲自率领，从陆路经伽德罗西亚和卡曼尼亚沙漠而归。
在撤退过程中，亚历山大继续展示了他的军事才能和坚韧不拔的精神。他沿途击败了不服从他的部落，确保了撤退路线的安全。尽管撤退过程充满了艰辛，但亚历山大始终保持着对军队的控制，确保了撤退的顺利进行。
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