1800年4月，奥军总司令梅拉斯元帅率人突然发起进攻。从4月3日至10日，马塞纳率领法军顽强地将敌人挡在利古尔山，但在奥军增兵迂回后，法军被迫撤退。4月6日至20日，法军进行了艰苦卓绝的战斗，但实力上的悬殊使一切努力归于失败。4月24日，马塞纳和大约名法军被包围在热那亚。4月29日，马塞纳向第一执政拿破仑发去了最后一封信：“请看在上帝的份上救救我！陆海两面皆受封锁……我只有30天的口粮。”情况确实非常严峻：陆地上有两倍于己的奥军，海上则有基斯勋爵的英国分舰队。尽管马塞纳发起了一连串坚决的反冲击，仍无法突破联军的严密封锁。
奥军力图迅速迫使马塞纳投降，以便大军西指，进入保王党势力范围根深蒂固的法国南部，对法兰西共和国形成南北夹击之势。当奥军发现难以破城时，便加紧了封锁，城中粮食一天比一天紧张。到了5月27日，人们开始大量捕食狗、猫、鼠以充饥。每当守军出击时，就有大批饥民跟着出去，割些野菜、树叶回去煮了吃。有迹象表明，城中居民已经准备造反。马塞纳命令部下，凡遇有4人以上聚集在一起的，即可开枪射杀，从而暂时避免了内乱的发生。
最后，援尽粮绝的马塞纳不得不派人与联军接洽，表示愿意让出热那亚，条件是让法军体面地撤出。此时，法国大军已经出现在奥地利人的背后，但由于消息断绝，马塞纳并不知情。梅拉斯急令负责围攻热那亚的奥特将军放弃包围前来会合，但奥特不愿放弃唾手可得的战果，为了尽快得到热那亚，他答应了法国人的条件。双方约定的撤离日是6月4日，这一天，重视荣誉的马塞纳根本不理会投降的说法，他只是通知奥特，说他的军队将离开热那亚，如有阻挡，他们将用刺刀杀出一条血路。于是，8000名饿得半死的法军，打着军旗，排着战斗队形，通过了奥军的阵地，退过瓦尔河。马塞纳在热那亚拖住了奥军主力一个半月之久，确保了法军主力迂回包围战略的成功。
六、成为法国元帅
1804年10月18日，安德烈·马塞纳成为法兰西帝国18位元帅之一，时年46岁。这一荣誉不仅是对他多年征战的肯定，也是拿破仑对他的高度信任和认可。1805年9月，本已退休的马塞纳被拿破仑一世请回，率领人的意大利军团参加第二次法奥战争。他的任务是在波河河谷牵制卡尔大公的优势兵力（人），以确保拿破仑在乌尔姆歼灭奥军6万余人的计划顺利进行。
马塞纳不负众望，成功地牵制了卡尔大公的部队。10月28日，卡尔大公在卡尔迭罗山脊向意大利军团发起攻击，双方各伤亡6000人，但最终未能改变战局。当卡尔大公得知乌尔姆惨败的消息后，立即北撤以救援维也纳，但为时已晚。马塞纳的牵制作用使得卡尔大公未能及时支援奥斯特里茨战役，从而确保了拿破仑在该战役中的决定性胜利。
1806年7月至12月，马塞纳被派遣平定了保王党在卡拉布里亚的叛乱。1808年，由于在里沃利战役中的卓越表现，他被封为里沃利公爵。然而，在一次打猎意外中，他的左眼被拿破仑一世射瞎，这一事件虽然给他带来了身体上的创伤，但并未影响他的军事指挥能力。
1809年2月21日，马塞纳被任命为第四军军长，包括四个步兵师和一个轻骑兵师，共计人、68门大炮。4月20日，雷根斯堡战役后，马塞纳受命作为法军先锋，不惜一切代价对奥军冯-席勒男爵的部队穷追猛打，以打通由多瑙河南岸通往维也纳的捷径。5月2日，马塞纳在强渡特劳恩河时，遭到席勒的顽强抵抗，双方展开了一场激烈的血战。最终，奥军伤亡6000多人，被迫放弃阵地，而法军也付出了近5000人的伤亡。击破席勒军后，马塞纳一路如入无人之境，于5月13日占领了奥地利的首都——维也纳。
5月22日，马塞纳在阿斯佩恩-埃斯林战役中担任后卫，顽强阻击奥军的追击。由于他的部队最先投入战斗，此时已经整整一天，士兵们疲惫不堪。为了鼓舞士气，马塞纳不时地高呼：“只要还有一点亮光，我就不愿撤走，否则，这些奥地利无赖会更加嚣张。”经过坚韧的抗击，马塞纳终于掩护了最后一批法军撤出战场。
7月5日至6日的瓦格拉姆之战中，马塞纳因伤无法骑马，只能在一辆马车上指挥作战。他指挥左翼顶住了奥军的进攻，保证了主力部队粉碎了卡尔大公的军队左翼和中军，从而决定了第三次法奥战争的结局。1810年1月，马塞纳因在阿斯佩恩-埃斯林战役中的战功被封为埃斯林亲王。
1810年4月17日，马塞纳被任命为葡萄牙军团司令，拿破仑一世从西班牙的30万法军中拨出人由他指挥，任务是将英军从葡萄牙赶走。然而，皇帝忽视了远征部队后方的安全保障。5月28日，马塞纳赶到西班牙的萨拉曼卡就职，他的部下包括雷尼埃的第二军、内伊元帅的第六军和朱诺的第八军。6月初，马塞纳为率部入侵葡萄牙，首先攻打西葡边界重镇罗德里戈。
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