万历时期在籍人口有6000万，但户籍制度不完善，实际人口有1亿多。按照公务员与总人口1%的最低比例，大明公务员需要约100万人。以现在大明的经济水平，大明的官员比例只多不少。缺的是吏，是执行具体事务的基层公务员。
大明的行政官制体系复杂，行政效率低下。经过200多年的发展，官员盘根交错，不动大手术是无法根治扭转的。
大明行政官制体系必须进行一场非常大胆、颠覆式的变革。
大明地方政府实行一省分置三司的制度，三司分别为承宣布政使司、都指挥使司、提刑按察使司。
承宣布政使司主管民政，由中央六部领导。都指挥使司主管军户卫所番汉诸军，听命于兵部和五军都督府。提刑按察使司负责监察司法，听命于刑部。
三司品级排名上，都司为最高，其次布司，最下按司。
布政使司设正二品布政使一名，从二品左右布政使各一名，掌管一省政务，其下辅官有从三品左右参政、从四品左右参议等。
各提刑按察使司设正三品按察使一名，其下有副使，掌管一省刑名按劾，包括司法、监察等多重职能，逢重大事宜可以交三司会议，或上报巡抚、巡按。
三司制度原为防止地方权力集中，不过在实际使用中体现出一定的不便。宣德年间开始派六部、都察院大臣以总督和巡抚的名义督抚地方行政。
景泰时期成为各省常制，凌驾于三司之上成为一省甚至跨省的最高长官。同时兼任巡抚与总督的，称督抚。还有以监察御史为巡按，任监察之职的。
巡抚与布政司的隶属关系不一。有的是一个布政司上面有数个巡抚，如北直隶有顺天巡抚、保定巡抚、宣府巡抚三巡抚；南直隶有应天巡抚、凤阳巡抚。
巡抚主理民政，每省皆有。总督分短期与长期两种，与只掌握一省行政事务的巡抚不同，总督兼管数省，同时在政务之外也兼掌军务。此外还有河道总督、漕运总督等专管某项政务的总督官职。
省以下的各府设正四品知府一名，辅官有同知、通判等，掌一府政务，包括清军、巡捕、管粮、治农、水利、屯田、牧马等。府以粮收入分为三等，粮20万石以上为上府，20万石以下为中府，10万石以下为下府。
府与省之间又设道，于布政使司置参政、参议，称分守道，于按察司置副使、佥事，称分巡道。还有整饬兵备道、协堂道、水利道、屯田道、管河道、盐法道等，非常复杂。
各州设从五品知州一名，辅官有同知、判官等。凡省下的直属州，其地位相当于府，而府下的属州，则视为府下的属县，不过州官的品秩并无区别。
府、州下有县，各县设正七品知县一名，辅官有县丞、主簿等。县也按粮食收入分为三等，粮十万石以下为上县，六万石以下为中县，三万石以下为下县。
各地的军民府、土州、土县等建制，仿照普通的府、州、县。
道分两类，布政使司置参政、参议，分司诸道，称分守道。按察司置副使、佥事，分司诸道，称分巡道。还在一些地方设整饬兵备道。又有协堂道、水利道、屯田道、管河道、盐法道等。道之制度，在明朝已颇复杂。
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