剧情发展到墨菲斯领着尼奥见先知，影片一开始崔妮蒂透露是墨菲斯说先知是尼奥，其实准确来讲是先知告诉墨菲斯，尼奥是救世主。
见到先知，尼奥和观众相同地反应，有些呆，和他想象中神圣大先知完全不同，是个在烤面包的大妈，一点也看不出为什么值得墨菲斯对她那么尊重。
先知对尼奥说：“花瓶碎了也没关系。”
尼奥疑惑：“什么花瓶”在他转身时，碰到了手边的花瓶，摔地上碎了。
“那个花瓶。”先知笑了笑说。
“如果先知不开口，尼奥也不会侧身，花瓶也不会碎。”加里昂心里嗤笑想道。
然后先知说：“让你真正感到大惑不解的是，如果我不开口提醒，你还会打碎它吗？”
楚舜改动了接下来的镜头，原本先知这句话是看着尼奥说。
但他拍摄时是让先知说话时，目光对准镜头，看着现场观众说，暂时打破了第四面墙。
“嗯？”突如其来的和观众互动，让加里昂有种心惊感，大概也就是被吓到了。
如果是法国的新浪潮电影加里昂就不会惊一下，因为十部有八部都会打破第四面墙，都腻了，但《黑客帝国》的基调突然来一下，再结合矩阵的背景，是让人有点心惊。
先知说话比墨菲斯更加具有机锋禅意，更准确的就是模棱两可，告诉尼奥他将会面对很多选择，或许要放弃墨菲斯，或许要放弃崔妮蒂，说得尼奥小脑瓜子里全是问号。
见完先知，塞弗的叛变状况出现，警察以及特工准确的将尼奥、墨菲斯、崔妮蒂一众人包围。
墨菲斯为救尼奥，留下来缠斗史密斯，最后寡不敌众被活拘。
“也是没办法的，史密斯就相当于杀毒软件，在别人的地盘，怎么可能赢。”加里昂心道。
不止是在矩阵中背叛，塞弗在现实中杀死了一起和他值班的人，并且取掉了执行任务同伴的脑洞连接线。
之前从矩阵中回来都是要通过电话线先把精神“下线”，直接取下会死亡，墨菲斯掩护的四人，除了崔妮蒂和尼奥外，都死了。
关键时刻受重伤的坦克反杀，墨菲斯团队三人死亡、一人重伤，背叛的打击是极大的。
坦克知道，墨菲斯被抓后，史密斯肯定会用尽各种方法逼问，为了保护人类最后的城市，所以他做出了艰难的决定，杀死墨菲斯，锡安密码不能让母体知道。
先知说过，或许要放弃墨菲斯，放弃崔妮蒂，没想到这么快就面临抉择了。
史密斯也是有剧情的，作为杀毒软件的他似乎有自己的独立意识，他想要消灭锡安，然后可以回到现实世界的主机，不想呆在矩阵。
他认为人类这种生物真的太恶心了，比病毒还要恶心，在询问话时，把监控耳机取掉，不让特工队友听见。
“楚舜导演真的要骂起人来，谁也比不过啊。”艾伦看到这一段剧情不禁想到，所以人类做了什么，连作为机器人的杀毒软件都不愿意呆一起。
“或许人类不用特别做什么，只需要按照平时普普通通的活着，就足以让机器人产生厌恶。”艾伦觉得这才是最高意义上的嘲讽。
在飞船上尼奥选择不抛弃不放弃，和崔妮蒂一起去救墨菲斯。
尼奥和崔妮蒂双枪双马的进入矩阵，展开大战，这场大战，是枪与人的合二为一，石屑飞溅，子弹跳舞。
论起帅也只有《撕裂末日》的枪斗术能够媲美。
瑞亚颜值高，黑色长风衣长靴子，简直是墨镜一戴谁也不爱，而于敏气场也全开，矫捷的切后排，两人配合得天衣无缝，很快将小喽啰全部消灭。
这段枪战戏当时拍摄了三天，楚舜要拍摄出吴宇森在喋血双雄中，那股子暴力美学的调性。
科幻动作片，打戏并不少，枪战后是在天台和特工的打斗，此处高能，出现了赫赫有名的“子弹时间”。
纠正一个观点，子弹时间并非是《黑客帝国》导演发明，它本身是一项拍摄技术，在八十年代就被电影引用，但用得如此美伦美焕，如此具有视觉冲击感也就是《黑客帝国》。
在元地星也差不多，有子弹时间技术的电影，可在《黑客帝国》就是真正的爆炸！
电影院居然出现小范围的哗然，显然是被帅到，经典场面。
最终尼奥和崔妮蒂开直升机，救下墨菲斯，杀毒软件穷追不舍，被史密斯拦住了，这次尼奥让墨菲斯和崔妮蒂用电话线先走。
尼奥和史密斯从地铁站打到楼上，眼看尼奥马上就可以找机会离开矩阵，可疏漏之际被史密斯逮到，几枪打死。
接下来很多人说是黑客帝国最扯的剧情，崔妮蒂亲了尼奥，尼奥成功变成救世主。
会说扯，是因为没有看完三部曲，崔妮蒂为什么一开始就对尼奥有别样感情，因为先知预言了崔妮蒂会爱上尼奥。
最后崔妮蒂激活救世主的吻，更像是一种程序设置。
病毒杀死了杀毒软件，尼奥把史密斯撕碎，矩阵的一切在他眼中成了数据代码，他无敌了。
也是酷得不要不要的。
电影院的影迷看得热血沸腾，但故事戛然而止——
出现配乐。
梵语意思大概是：从虚幻带领我到现实，从黑暗指引我到光明，从死亡超度我到不朽。……
“精彩！”艾伦第一个起身鼓掌，然后俱乐部成员跟上。
七八个人鼓掌后，原本打算起身离开的观众们也跟着鼓掌，影片质量值得掌声。
一个人在影院看电影千万别傻乎乎起身鼓掌，要是没人跟着，那会尴尬到死。
艾伦是有七个俱乐部成员，但无可否定的是，《黑客帝国》征服了所有人，“哗啦啦”的掌声。
都知道楚舜新作，要爆了！
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