崇祯二十七年五月十五日，六万明军分东、中、西三路，在平南王李定国，兵部尚书张国维，台州游击益田素子率领下，在浙东一战击败倭国援兵，阵斩倭将田川七左卫门，田川七左卫门的另一个身份是郑芝龙之子，是郑森也就是郑成功的胞弟。
朱由检宅心仁厚，近来佛法颇有造诣，《金刚经》已经抄写到第一千三百十七遍了，而且这位田川七左卫门在历史上风评颇佳，后世倭国平成废宅还将其作为偶像······朱由检本不想妄杀，奈何田川七左卫门不远千里从长崎赶来送死，而且临行之前还将朱由检设立在伊豆、萨摩、长崎等地的商业据点全部破坏，残害明国商人无数，考虑到明国接下来将开拓东南，商业版图将拓展到东南亚澳洲等化外之地，类似田川七左卫门这样冥顽不灵之徒，不杀不足以彰显天威。
于是这位原本历史上可以安享晚年的田川七左卫门，在崇祯二七十年，被大明皇帝下令押送回京，凌迟处死，以儆效尤。
击败倭国援兵后，郑氏盘踞舟山的舰队很快被全部歼灭，三万多冥顽不化的海盗或死或伤，考虑到这些海贼屡教不改，教化成本较高，崇祯皇帝下令，十三岁以上者，皆处死，尸体抛入大海，喂食鲨鱼。
郑芝龙高薪招募的荷兰雇佣兵以及两千多名幕府残部，战斗到最后一刻，给明军重大杀伤。朱由检对这些人的坚毅果敢颇为欣赏，除将其将领斩杀外，其余人等，既往不咎，皆送往北直隶血汗工厂，他们的余生，将在矿场庄园中，发挥更大的价值。
舟山海战，前后持续半月，附近海域，尽被血色染红，上千艘海盗战舰被击伤击沉，除十几艘飞剪船侥幸逃脱，其余全部覆灭。
纵横大明东南海域十余年，一度听封不听调的福建郑氏，终于迎来了它的末日。
五月十七日，明军正式登陆舟山，扫除郑氏残余势力，当天下午，贼首郑芝龙及其亲信藏匿之处被明军发现，罪魁祸首郑芝龙伪装成水手，在一艘即将离港的飞剪船上被李定国手下截获。
一起被俘的还有郑森、郑彪、郑一虎等人。
郑氏一族在舟山几乎被一网打尽，除了几个驻守厦门的郑氏部将，其余人等皆被朱由检擒获。
“你就是郑森，崇祯十七年，朕不是赐你名叫郑成功吗？为何不用呢？”
郑森歪着头，一副大义凛然状，眉宇之间却流露出年轻人常见的桀骜不驯。
跪在他旁边的东南王郑成功满脸堆笑，他双手被反绑，却不停朝崇祯皇帝扣头。
“皇上，臣一时糊涂，听了红毛人鼓动，这才冒犯天威，臣有罪，皇上宽厚，不要杀臣！不要杀臣！”
他边说边使劲儿磕头，朱由检一脸肃然，目光投向远方，见皇上这样，郑芝龙连忙扭着身子往前，想要朝朱由检身上趟。
“皇上，臣冒犯天威，臣有罪，臣愿献出家财，献出白银三百万两，只求饶臣全家性命·······”
朱由检脸上露出淡淡笑容，他对郑芝龙的道德水准本来就不抱什么期望，知道他会求饶，就像原本历史上他面对满清招抚时表现的那样。
听到三百万两这个数字，朱由检嘴角微微抽动了一下，他知道郑氏家族很有钱，却没想到竟然如此有钱，三百万当然不是郑氏的全部资产，不过郑芝龙若真能拿出这笔钱，崇祯是可以饶他不死的。
“郑大人，朕委任你为福建总兵，对你信任有加，你却怀狼子野心，今日之事，三百万两，只够买一人性命，你选吧？是要你自己性命还是你家公子，你家公子好像也不止一位啊。”
朱由检说罢，回头望向李定国张国维等人，充满惊诧道：
“福建郑氏，真是富可敌国啊，朕的大明，一年下来户部收入也不过区区千万两，他们一下子就能拿出三百万两，真让朕刮目相看，”
为对抗大明，郑芝龙将全部财力都投在了舰队上，朱由检并不相信他现在还能拿出三百万两银子，所以才让他们父子三人只能选一个活，当然这样做也是对这位海盗的最后折磨。
“臣，臣没有这么多银子啊······”
身材高大肌肉爆满的崇祯皇帝站在旁边冷冷望着他不说话，双眼血红的益田素子已经开始朝左轮手枪中装填子弹，郑芝龙见识过这把左轮手枪的威力，他亲自见到一颗子弹就可以把人头轰掉一半，他全身发抖，汗水顺着脸颊哗哗往下流。
“只能选一个，臣选，臣选，”
郑芝龙还要说话，旁边郑森忽然狂叫起来，对他父亲大声道：
“父亲，不可相信崇祯，崇祯连人都吃，十恶不赦，言而无信，这些年被他骗过的人不计其数，父亲不要被他骗了，一两银子都不要给他，咱们在厦门还有上万兵马，他想要攻占厦门，没那么容易！”
朱由检望着这个落魄英雄，脸上洋溢着胜利的喜悦，郑森还要说话，忽然一计重拳砸在他胸口，他双手被绳子绑住，没法去挡，身体重重挨了一下，退后几步，四脚朝天，摔倒在甲板上。
朱由检笑呵呵望着地上的郑森，哈哈大笑道：
“卿本佳人，奈何做贼？！你的弟弟田川七左卫门，朕已经先行送他上路了，实话给你说了吧，你和你父亲，也不能苟活，即便朕想饶你们性命，天下百姓也不会愿意，东南沿海遭受倭寇烧杀的百姓也不愿意！”
郑森不再叫骂，他被两名明军士兵按住跪倒在地，歪着脖子望向朱由检。
“无耻暴君，要杀便杀，无需多言！父亲！孩儿先走一步，你要跟紧了，“
朱由检淡淡道：
“赞草不除根，春风吹又生，这次，郑氏一族，一个也不能留，朕不会接受俘虏，不过你们暂时还不能死，如今天气炎热，尸体不易保存，所以你们几人性命暂时留下，等大军返回京师，关押诏狱，秋后问斩，传首九边，让天下人都知道阻挡大明中兴是什么下场！”
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