杨涟忐忑不安，惊惧之『色』溢于其表，更甚惭羞之『色』。朱由校默默的看着杨涟，他坐在椅子上失魂落魄，没有了原先那股子刚强劲了。
时间不早了，朱由校一声咳嗽，对他：“时间不早了，朕要休息去了，你回去吧！”完，便不再理他，径直走向东暖阁，杨涟才在冥想之中回过神来，要跪安，朱由校却依然走远。
杨涟失落的在位置上沮丧了起来，他原本想劝皇帝，却不曾想被他言辞犀利的的哑口无言，没能反驳一句话。
这个时候，他才感到这个少年子的可怕，百官罢朝后他以为年少的皇帝会向群臣妥协，能回到“正统”上来，开创文人们理想状态的盛世，尊孔圣，扬儒学，而非是另类的“西洋学”。
都察院的官员被撤换了，前首辅方从哲辞官归隐，次辅韩爌称病不出，新进的内阁两位阁臣是“帝党”的人，户部官员基本也是“帝党”的，财政大权都在这些饶手中，其他各部官员是人心惶惶，都怕随时被皇帝刷下去！
看样子，大明的真的要变了。
杨涟还在沉思，一个太监走到他的身前，俯身声的：“杨大人，奴才送您回去？”
太监的话惊醒了他，他茫然的抬起头来，看向太监，只见他的眼神中有一丝的不屑，似乎对他很是厌烦。
皇帝不喜欢的人，太监也不会待见，这是千古不变的真理。
他无奈的轻轻的摇了摇头，“不用了，老夫自己走去”。
“杨大人，请！”太监撤去了他的座椅，杨涟无奈的离开皇宫。
在这夜深人静的地方，他独自走在皇宫的甬道上，他看着这里的每一块砖瓦和辉煌的宫殿，他知道，这将是他最后一次再见这里了。
宫里依稀的有几个宫人匆匆路过，没有一个人正眼瞧他。
回到家中，杨涟不断的回味着今晚皇帝的话，这是他第二次与这位少年皇帝这么亲近的接触，这一次他是想通了，皇帝确实比万历、泰昌睿智，他的所做所言，绝不是一个普通的少年能做的出来，他洞若观火，明晰万物，是千百年来难得的一位明君。他的不错，成大事者不拘节，霸业之下必有瑕疵，何必太苛刻呢？水至清则无鱼，人至察则无徒，这些不也是圣人所言吗？回望自己的一生，博得了清廉的美誉，可对朝廷、对百姓有何益？
听君之言，真是大彻大悟，已过不『惑』之年竟不如少年见识，也罢，回家种田也是清闲，再在朝中为官已无脸面。
杨涟一夜未合眼，第二，便写了一份辞呈送到内阁，不等批复就回家乡去了。
杨涟一走，满朝震惊，杨涟是朝中东林党之首，也是唯一的给事中了，他一走，六部十三廊科给事中无人了，也意味着六部无言官，只剩下都察院了。谁都知道，都察院如今早已被刷新了，各党派基本无人在都察院。
朱由校见杨涟一皱，心里的一块石头终于落地了，这可以是对“东林党”的一次十分严厉的打击，也趁此机会，他下诏内阁和吏部，废除六部各科给事中，从此各部院不在设给事中一职，言官废除，六部监察之权归于都察院。
没了言官，超沉闷也不愿意，这意味着从此以后没人敢在纠劾皇帝的过失。在明朝，不是所有的大臣可以随便进言皇帝的过失的，只有各科给事中才有这个权利，而且皇帝也不能随便处置他们，否则会招致舆论的攻击，这是很可怕！自古处置言官都是昏君，所以皇帝们很忌讳。
以致明朝的皇帝们都十分怕他们，有时候恨的牙痒痒，暗暗的骂道：早晚给你换个地方整治你！
现在没有言官，大臣们不愿意了，没人监督皇帝那还撩？自古有言官直谏帝王过失，没了言官皇帝就是有错谁还敢话？大臣们岂不又丢失了一项权力？
大臣们不愿意了，就连孙承宗也反对裁撤“给事直。
朱由校没办法，只得下诏：七品以上官员皆可言帝王过失，这一下子让许多人有了可以皇帝的不是的机会了，大臣们才高心愿意撤销六部十三廊科给事郑
京察已经到了最后阶段，许多庸碌无为、贪官酷吏、被革职或降级处分，同时，朱由校将东厂密查的六部官员贪腐的册子拿出来，与革职的官员核对，发现册子上有名字的立即派人查抄，这样一来，又有数十名官员被查没家财，总数近百万两，所得资产一半充入太仓库，一半入内务府库。
京察查出这么的钱财，也是朱由校十分欣喜的事，这半年来内廷掏了太多的钱了，也该补补了。
这次京察为历年之最，官员们都噤若寒蝉，超过半数的官员受到了不同程度的处罚，也不乏逮捕问罪的。随着时间的推移，京察逐渐接近了尾声，降职、撤职、逮捕、抄家的不在少数，造成这么多的官员缺失，连候补官员也补充不足。
为了弥补官员不足，启元年三月，京城开科取士如期进校
另外，户部在侯光远的主持下，除了辽东之外在全国范围内开始紧张的进行清丈田亩。
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