2010年，林慕媛16岁，随着魔法少女们的命运被一位伟大的魔法少女林慕媛解放，最终魔女【午夜圣殿】再次被封印，这一届的魔法少女体系彻底解散，魔法少女们都重新恢复了普通少女的身份。
伟大的魔法少女林慕媛牺牲了自己的性命，灰飞烟灭魂飞魄散之际，丘比找上了林慕媛，说只要有人的存在，就迟早会有新的午夜圣殿，问林慕媛愿不愿意当下一任丘比，在下一次午夜圣殿降临之前，重新召集新的魔法少女们。
林慕媛答应了，林慕媛终于知道了丘比的真正身份，大圣杯的终端，拥有永恒的无尽寿命，每一任丘比都是上一次击杀封印最终魔女午夜圣殿而牺牲的魔法少女们的融合体，而因为这一次因为林慕媛主动牺牲了自己，所以这一次的丘比，就只是林慕媛一人为主意识。
而上一任的丘比之所以显得没有人情味儿，就是因为上一任的丘比是由1945年众多牺牲的魔法少女们的融合体，过于驳杂以至于上一任丘比陷入了失控状态，大圣杯为了让丘比正常工作，无奈抹去了丘比的感情，只留下了无数死去的魔法少女的记忆。（这是圣杯千年以来逐渐的研究出来的新的丘比的接替人模式）
同时因为魔法少女们的故事被其中一位名叫幸存下来的徐媛媛的魔法少女搬上了大荧幕，丘比也变成了人见人打的过街老鼠。
之后，终于，林慕媛接受了上一任丘比的重任，从2010年一直到2146年，林慕媛一直在世界上生存着。
2100年的时候，林慕媛终于感觉到了新的最终魔女午夜圣殿重生了，但是却跑到了网络里面成了数码魔女。
这一次的封印破除，是埋光缆的时候挖地挖的太深，导致封印破除，破除之后的魔女午夜圣殿顺势就进入了光缆里面，进入了网络世界。
于是乎，林慕媛开始了针对数码魔女午夜圣殿的数码网络世界的追踪和猎杀，第一次林慕媛利用自己对数码网络的了解，一个人将新生的魔女午夜圣殿逼入绝境，只可惜最后因为魔女午夜圣殿了解了网络是何物，主动把自己碎成了无数个单纯的字符数据而逃跑了。自此以后最终魔女午夜圣殿失去了踪影，而林慕媛因为自己的疏忽而懊悔。
2110年，林慕媛再次找到了魔女午夜圣殿的踪迹，之后布置了一系列的手段把魔女午夜圣殿的主体数据困在了一个服务器里面，但是考虑到魔女午夜圣殿的其他分散数据还散播在全世界，林慕媛于是乎想到了一个办法，开发一个人工智能虚拟现实的游戏，游戏的主体服务器就是困住了魔女午夜圣殿的这个服务器，然后用自己为诱饵把魔女午夜圣殿的所有分散数据都吸引过来这里面。
最后林慕媛在人工智能的帮助下，再次击破了魔女午夜圣殿，但并没有杀死她，而是把她养在了这个虚拟现实的网络游戏里面，因为如果真的杀死她，她还会重生，到时候一切都要重新开始，还会有新的魔法少女重新走上林慕媛的老路，因为每一代魔女午夜圣殿都对应着当代的丘比，所以林慕媛知道这个魔女午夜圣殿彻底死了，自己就必须找到自己的继承者，成为新的丘比，林慕媛想要找到其中的根本原因，彻底的结束魔法少女与魔女午夜圣殿之间的纠葛，但是林慕媛无论如何都找不到原因，因此只能出此下策，养着他。
直到2120年，世界上第一个虚拟现实网游正式发售。这个时候的纳米细胞还只存在于网络游戏中，现实中魔法少女还是沿用着古老的魔法少女的变身。
林慕媛作为网游的开发者的身份和总裁的身份亲自运营管理着这个网游，同时在网游中开启了魔法少女这个职业，并且在现实中寻找合适的少女甚至于是少年来变身魔法少女，这些孩子都是上一代魔法少女们的后代。
林慕媛化身丘比，告诉魔法少女们，魔女也与时俱进，在网络游戏上撒野，要求魔法少女们进入游戏中，成为魔法少女职业，参与消灭魔女的任务。因为游戏不是现实，所以开始有少女少年尝试接收魔法少女的身份。
同时魔法少女这个职业在游戏中属于NPC职业，是不公开的，所以成为魔法少女的少女们是不能把自己的身份透露出去的，她们可以在游戏中有正常玩家的游戏职业，也可以在魔法少女之间切换。
被养着的魔女午夜圣殿无法逃出服务器，只能制造各种大小魔女在游戏中到处破坏，担当着游戏各阶段怪物和各种boss的身份。
直到2121年，林慕媛终于发现了还存在着没有进入虚拟现实网络游戏服务器中的魔女午夜圣殿的分散的字符数据，它们也在其他的地方化身电脑病毒到处破坏。
于是乎，林慕媛开始组织魔法少女们化身杀毒软件到处杀毒。
直到有一天，一个偶然的事件，让林慕媛找到了真正的杀死魔女午夜圣殿的方法。
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