由此，冯云山准备将套用后世无敌军的方式进行改编，再加上用宗教思想来武装部队。保证自己对军队的绝对掌控，确立了“圣王指挥圣教，圣教指挥各级军队”的基本原则。这样的军队，战斗力必定不可小视。
主要通过在“圣军中每卒必须建立圣教小组，维护士兵利益，对一卒将士思想传教。”“官兵人格平等，不准随意打骂兵士”等一套治军方略，来提高冯云山对太平圣军的控制力，加强圣军对士兵的凝聚力，将各级将士紧密团结起来，爆发强大战斗力。
圣军编制仍旧大部分采用原有太平军编制，其实本就是原来的冯云山一手构想和建立的。
五人为伍，伍长管冲锋、破敌、制胜、奏捷四伍卒，均为战兵。
五伍为两，两司马管刚强、勇敢、雄猛、果毅、威武五伍长，两司马均兼任刚强伍长，勇敢伍长兼任副两司马，计25人。
四两为卒，卒长兼圣教教员，管东、西、南、北这四个两司马，再配以1名专职圣教副教员，1名副卒长，1名书使，计104人。
五卒为旅，旅帅兼圣教教司，管壹、贰、叁、肆、伍这五个卒长，再配以1名专职圣教副教司，1名协理（职同副旅帅），2名书理，计525人；
五旅为师，师帅兼圣教教师，管前营、后营、右营、左营、中营五旅帅，再配以1名专职圣教副教师，1名协理（职同副师帅），1名师尉，1名书理，计2630人；
五师为军，军帅兼圣教教长，管前营、后营、左营、右营、中营五师帅，再配以1名专职圣教副教长，2名协理（职同副军帅），3名军尉，3名书理，计人。
军帅之上，有监军、总制、将军、指挥、检点、丞相、军师，对应圣教职位只设立教监、主教，统归圣教圣王节制。
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