罗大纲吩咐留下三个团兵力的水师负责善后，继续寻找打捞落海的讨虏军将士和清军俘虏，归拢战船慢慢拖至南澳岛靠岸修理。
而他则和梁培友，各自率领近百艘大中型红单船，在虎门号等五艘西洋军舰的带领下，朝南澳岛方向，追击南澳总兵韩嘉谟。
廣东水师提督吴元猷和前提督洪名香双双战死，剩下清军将领不是被击毙，便是被俘虏。也只有南澳总兵韩嘉谟，能指挥剩下的清军水师了。
等众人赶到离南澳岛五里处，却见南澳岛上的最西端的深澳草寮尾主炮台和最东端的云澳炮台，两处烟尘滚滚。正疑惑间，两艘快哨船来报，南澳岛东北方3里许，发现了逃走的南澳总兵韩嘉谟船队。
见清军主力逃走，罗大纲便知道清军已彻底放弃南澳岛水师大营。于是，他留下四十余艘红单船的兵力负责清理炮台，他则和梁培友，各领八十艘红单战船，朝清军逃跑的水师全力追击。
而剩下的水师，派出两艘战船靠近两座炮台，出了滚滚浓烟，其他一丝一毫动静都没有。看来清军却是放弃了炮台。讨虏军不放心，又派出十余人登陆，爬至炮台上一看，清军早已全部撤走，将来不及运走的粮食和都甲衣等全部点燃。
接到信报后，讨虏军连忙全部登陆，纷纷浇水扑灭点燃的粮食，总算是抢救了几百石稻谷下来。
而这时的甲一师、甲三师，在林凤祥和陈玉成的率领下，轻松攻占惠来、普宁、揭阳等县城，已经将潮州府城团团包围。
在将近二万讨虏军的强大压力下，潮州府城的富户，竟然和城内的天地会众联合起来，向城外的讨虏军传出消息，说是要充当内应献城。正当林凤祥和陈玉成还在怀疑真假，疑虑之时，潮州府的知府竟然自尽身亡，潮州府城门被打开，城内数百天地会众和上百富户一道邀请讨虏军进城。
林凤祥和陈玉成这才知道原来城内的这些人是真的要投靠讨虏军，惊喜不已。一问得知，却原来潮州城内的大部分都是客家人，对满清的统治本就不大乐意，都还记住二百年前的那场屠杀了数万人的仇恨呢。
不过，对于富户，竟然也会投靠自己，林凤祥倒是很惊讶。他暂时也不知道如何处理。因此，他将此事让师参谋写了封急报，派人骑快马赶至广州，报告给圣王冯云山，由圣王定夺如何处置。
占领了潮州府城，林凤祥借用圣王的名义，传檄潮州府下面各县，要求各县限期5天内投降，而后，他让陈玉成坐镇府城，他自己亲领甲一师攻向澄海，打通与水师的联系，为水师提供补给地点。
澄海的防卫基本都面向韩江的入海口，澄海县令有心报效朝廷，准备发动城内城汛兵和民壮守城，但无奈清兵勇和城内的百姓早就听说廣州来的叛军的强大，都不愿替清廷卖命。无奈，澄海县令带领三十几名衙役和十余名家丁，在城楼来了两炮，便被谋反的衙役合伙抓住，开了城门押送到林凤祥面前。
而陈玉成，却也不愿干等着坐在潮州府城，他见清廷的各县城也没放多少守兵，便派出四个团，分为两组，攻向丰顺和饶平两县，顺便清扫乡间的零星溏汛兵。
其实也没什么溏汛兵了，得到讨虏军打来的消息，连县城的城防清军都四散奔逃，何况乡间的巡检司汛兵。
也才几天功夫，整个潮州府，除了最北边临近福键的大埔县，其余的全部被讨虏军占领。
罗大纲等率领水师追出近二十余里，又击沉了南澳总兵韩嘉谟的近十艘战船，见清军水师越逃越远，竟然朝远离海岸的苔湾方向而去，不得已，见天色快要暗下来，不得已，罗大纲命全体战船返回南澳岛。
当晚，罗大纲派人驾快船，向冯云山禀报南澳水师大捷的消息。次日，又接到林凤祥派人来邀请一干水师靠港，进入澄海城。
当下，审问俘虏，处理伤员，埋葬损失的七百多名水师将士，还有修理船只，补充粮食和弹药等，这些善后事宜，罗大纲亲自带着参谋部的人，忙碌起来。
五日后，罗大纲等人从愿意投降的清军水师中，挑选了部分属于潮州本地的身世贫苦之人子弟，补充进损失的讨虏军水师。
接着，继续沿海岸，朝福键境内出击。
由于，福键与廣东交界处的水师就是南澳镇水师，总兵韩嘉谟率领船队逃走后，周围再无水师来阻扰，很快，三天时间，甲五师和乙五师将福键境内的东山岛、诏安、云霄三地轻松占领。
而林凤祥和陈玉成的陆师，也从潮州府城出发，经饶平进入福键境内，攻占了大埔、永定和平和等地，并继续往前挺进，呈现包围漳州府城之势。
也是罗大纲他们大意，就在甲五师和乙五师进入南溪江，进攻漳浦城时，讨虏军留在南溪江口，浮头海湾处的二十余艘红单大船五十余艘红单小船，一共两个水师团的兵力，遭受到四支清军舰队的袭击。
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