孙可望看着这个朝廷本身就很厌恶，吃着我的饭，吃完一抹嘴道：“你看，不应该兴修水利，不应该把土地分给百姓种粮，这都是你的错，可是我们不计较。”
正是这样，矛盾越发变大了，让孙可望有了自立的想法。
这也是每每到了关键阶段，孙可望常会做出不利于时局的举动出来。
孙可望本来制定了一个宏大计划，希望与福建的郑家等取得联系。但刘文秀作为先锋失利，且损兵折将，导致计划功败垂成。可如此败局是刘文秀的责任吗？显然不全是，根源在于李定国和刘文秀对孙可望是否还能真诚共事发生严重猜疑。
刘文秀把自保和保护李定国视为行动主要任务。孙可望觉得李定国影响刘文秀不听指挥，偷偷搞小动作接走朱由榔，于是产生激化，孙秦王自然认为李晋王要自立门户，所以要赶快趁机吞掉他。
出于维护大西军的大义，刘文秀领一支人马回去帮李定国阻止孙可望，刘文秀更写血书交给孙可望进行劝谏，足见刘文秀所为情非得已，义气深重。可事以愿违，孙可望已经拿不下脸再与他们站在一起，选择出走投靠清军。
古人尽管有结盟的概念，但从沐天波、杨畏知包括朱由榔等人，没有什么结盟大西军的意思，完全是迫于形势忍气吞声。可心理还是朝廷招抚义军的感觉，所以暗中才给孙可望下套，孙李的分歧固然有自身一面，明方官吏反复施加的影响还是有一定煽风点火的关系。
随着孙可望的投清，还留下了三万将士不愿投清，归投了刘文秀麾下。如果此事到此结束，万众一心抗清，一致对外，明末小朝廷还是有一番作为的，可是结果又是新的一轮窝里斗开始了。
晋王李定国后期主事，刘文秀本来感到一番振作的希望，趁机进言让朱由榔北上贵阳。因大西军连番失利，引发内部问题，把皇帝向前推，对为收复四川，鼓舞人心士气大有积极意义，日后进一步入成都，巩固西南三省局面，再作北伐谋划。这一番重新规划，连窝囊多年的朱由榔都十分兴奋，愿意采纳这一方案。
居然李晋王的视野会否定这一建议：“李定国请尽撤川楚守边各镇将回云南。遂罢幸黔之议”。后人基本认为是李定国知晓朱由榔性格柔弱，希望他远离战事。可实际恐怕是希望把朱由榔留在自己掌握，不愿意朱由榔以此机会逐渐成为刘文秀的附庸。
更要命的是，李定国还干扰刘文秀收复四川。大臣金简上疏提醒：
“内患虽除，外忧方棘，伺我者方雁行顿刃，待两虎之一毙一伤以奋其勇；而我酣歌于漏舟，熟睡于积薪之上，能旦夕否乎？二王老于兵事者也，胡亦泄泄如是。”
刘文秀对李定国变得狭隘的危险有清醒估计，他无法阻止李个人变化，为了自己和大局就注意团结孙可望的部下兵将。他的豁达大度收效非常明显，愿意归附他的秦王旧部多达三万余人。包括大将冯双礼，甚至艾能奇之子艾承业，后来都与刘文秀关系更好，与李定国疏远。
如白文选等大将当初不愿同室操戈选择罢手，足见大批将士在关键时刻都懂得利害。可李定国对孙氏旧部心存芥蒂，“以收获孙可望之兵名曰秦兵，滇省旧兵名日晋兵”，“由是孙可望之兵心懒矣”。
既然李晋王意图排挤，刘文秀就建议把所谓“秦兵”三万多人收编，然后派遣去巩固边疆，将士们都欣然效命，愿前往四川作战。李定国居然对刘文秀团结将士，试图巧妙化解分歧而感不满，强行召回刘文秀中止收复四川行动，令这位仅存的兄弟十分悲痛心寒，次年就含恨而终（永历十二，顺治十五年，1658）。
临死前，刘文秀还大公无私把自己的窖藏捐出，建议疏通夔东十三家众义军和招募军士，一直为收复四川而费心谋划，更进一步激励李定国北上陕西，进发洛阳，希望他辅助朱由榔成就大事。
失去刘文秀，更加注定李定国独木难支，造成实力大大削弱。之后顺治十六年，清军吴三桂大举入云南，明方根基摇摇欲坠，朱由榔开始转移，都知道不到两年就玩完。
实际李定国去除孙可望的许多措施，例如营庄法等，也表明晋王治理地方并不如秦王有远见，只是一个忠于明方的顺臣而已。
明朝最大的弊端就是政军不分，李定国打仗还行，可是要他去经营政经就不行了，漏洞百出，能力远不及孙可望可比。
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