堡寨本身和其中的建筑，主要是用本地的原木建造的。二百年前，台南－高雄平原上覆盖着大面积的森林，木料是唾手可得的建筑材料。其余的建筑材料，除了铁制品和极少量的水泥之外，几乎全部是就地取材。包括本地的粘土、干草、野生麻、藤蔓和竹子。
除去用牛车运来的预制建筑构建搭建起来的两座木屋之外，营寨内其余的木屋都是原木按照井栏式修建起来的。木头与木头之间的缝隙用野麻混合泥土填塞，为了尽可能的防潮，地板下面是架空的。下面用石头作为柱基。
材料和人力都不缺，木料也不经过熏蒸或者剥皮，简单的去除枝叶就被用做建筑材料。因此修建房屋的工作进展得很快。到十二月二十八日，营寨内三十八座木屋拔地而起，其中八座是仓库和办公室，其余的作为宿舍。
从展厅展示的全景模型可以看出，真实的营寨远比复制品来得拥挤。木屋是按照六栋为一个单元呈组团式状排布，木屋的开门全部朝向组团内部，组团本身也有门户。即使敌人突入营寨，也无法冲入组团内部。
营寨内按照史料的描述，复原了其中的一个组团的全部建筑。这些房屋都是按照统一的标准建造的，每间房屋长20米，宽3米，净空高3米。每间房的标准容纳人数是三十人。这也是每个农垦小队的标准人数。
今天的人，大约无法想象一间屋子里住上三十个人是如何入睡的，平日里又是怎样生活相处的。但是二百年前的移民，有一张舒适的床可以睡觉已经很满足了。
双人床靠着一面的墙壁布置，另一面是移民们的储物柜。床上铺着草席和羊毛薄毯。枕头是藤编成的。床头柜里放着公发的内衣，每年两套。储物柜里放着他们的工作服和为数稀少的个人财物――因此是上锁的。墙壁上整齐的挂着他们的斗笠和毛巾，木板架放着茶缸和牙具，吃饭用得饭盒。这些全部都用黑漆写着每个人的名字，每天擦洗干净，摆放的整整齐齐。
每一栋房屋的入口处，都有武器架和弹药箱。军事化的管理意味着农垦本身就是一支武装。被编入基干武装中队的人都配有火枪，普通移民，不论男女只要16～60之间的年龄，都配发有长矛和砍刀。闲暇之余，他们会在空地上操练武艺。
看到这些武器的时候，才能意识到他们身处的环境的危险。我们无法推测，二百年前的每个夜晚，移民们是怀着怎样的心情入睡的，但是毫无疑问，即使在睡梦中他们也保持着警惕。
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按照模型，上寨里有八座作为仓库和办公室的建筑物。不过现在只能看到其中的三座：联队司令部、仓库和卫生所。
联队司令部和卫生所是仅有的两座预制件修筑的木屋。因而它们比较精致美观，内部的设施也更为齐全。关山跃和李东田两位元老在开拓鸟松的时候便是住在这里的。
现在这里已经被辟为纪念馆，收藏陈列了大量屯垦部队的文字资料和小型文物，还有两位元老的家族基金会捐赠的元老手稿和物件。包括李东田在垦殖期间穿过的胶靴，关山跃穿过的羊毛防水大衣。
卫生所内除了复原当时的情景之外，还有台湾防疟的专题展览。展示了开拓期间的防疟工作。在几百件资料和藏品中，最珍贵的当属一盒未拆封的1630年临高总医院直属试验药厂生产的奎宁药粉。当时就是这种装在锡盒内，用油蜡纸密封的不起眼的药粉，挽救了无数台湾开拓者的生命，被誉为“神药”。它的原料奎宁树，也是在台湾首先由农垦部队人工种植成功的。
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