第二项大的机构调整，就是对军警部了。除了将警务部门从军警部当中剥离之外，陆海军的划分也是此次机构调整当中的一个重大举措。
剥离了警务部门之后，再叫做军警部就有些名不正言不顺了，因此更名也是势在必行的事情。不过直接更名为国防部似乎太过招摇了一些，不符合这一阶段注重发展，韬光隐晦的主题。至于更名为“兵部”就更不用说了，执委会目前还没有跟大明撕破脸直接刚正面的打算。军方这帮人想来想去，最后还是决定使用“军事委员会”这个听起来功能比较模糊的名称，对外就称“海汉军委”，也不易因此而犯了大明的忌讳。
陆军部门将基本沿用原有的人员和编制，整个作战体系的改动不大，由颜楚杰担任陆军部队司令，陶东来任副司令，在援越行动中担任副总指挥的哈鲁恭任参谋长。值得一提的是前次作战中立下赫赫战功的钱天敦，也将升职担任尚在纸面上的“安南殖民区独立营”营长。
相比已经成型的陆军部队，新成立的海军相对就要麻烦一点，战船和水手倒是已经部分到位，不过海军所面临的最大问题并非这两方面，而是严重缺乏舰船指挥人员。
军方的人力资源虽然比较丰富，但最大的一个明显缺陷就是没有前海军服役经历的人员。几十号当过兵的成员当中竟然没有一个海军编制的出身，这也算是一个不大不小的奇迹了。
当然再怎么困难，海军终究还是要成立的，没船的时候都能在胜利港自行造出战船来，没指挥官自然也能慢慢培养出来。话说回来，虽然没有海军出身的人，但军方却是的的确确有拥有航海方面的专业人士。
在这种情况之下，因为出身海外而一直被当作半个外国人看待的王汤姆终于获得了军方的重用。陶东来在会场上当众宣布，王汤姆将出任新成立的海军最高指挥官，海军司令一职。
王汤姆在此之前所执行的数次任务中从未出现过问题，为穿越集团开辟安南殖民区立下了不小的功劳，前次的援越行动当中，担任参谋长一职的王汤姆也长时间在一线参与作战，表现有目共睹，这次能够得到重用可以说是实至名归的结果。而且就算是那些看不惯北美帮的人也不得不承认，在海军的指挥官职位上，穿越集团内部的确找不出第二个像王汤姆这样精于航海又具备一定军事素养的人选。
王汤姆对于航海的执念也是尽人皆知，这家伙当初选择参与穿越行动的主要理由，就是要到17世纪来作一名青史留名的航海家。而对于穿越集团的发展策略来说，在海军任职大概就是实现他梦想的最佳渠道了。因此在这个人事的任命上，军方与王汤姆本人可谓一拍即合，王汤姆甚至没有提出任何的附加条件便立刻答应了军方。
不过让王汤姆稍感遗憾的是，他的另外几名小伙伴却因为各自负责的部门工作较为繁重，而无法与他一起到海军任职。对此执委会最后还是作出了一定的让步和妥协，其他五名北美帮成员都将在海军担任特别军事顾问的职务，必要时可直接出任海军军官并随军出征。毕竟这帮人全都具备了较强的航海能力，哪怕现在不能直接登上战船担任海军军官，至少也得作为预备战力使用。
与已经成军大半年，并接受过实战洗礼的陆军部队相比，新成立的海军可以说还处于蹒跚学步的阶段。尽管军方为海军配置了王汤姆这个航海专家，但他也从未指挥过17世纪的海上作战部队，一切都得从头摸索。
按照王汤姆个人的看法，海军想要形成规模化的战斗力，除了一支火力强大的海上舰队之外，还得有相应的培训机构为这支海上部队源源不断地提供船员和水兵才行。相比陆军部队，海军需要学习的东西可就多出不少，仅仅靠着现有的作战人员培训体制将难以满足执委会希望海军能尽快形成战斗力的要求
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