为了守好大明朝东南的大门，明朝建立起了一套堪称完善的海防体系。首先，朱元璋采纳了方鸣谦的建议，整顿海防，设置卫所。
具体而言，就是在地理位置重要的城镇设卫，在小道、孤立的要点设置千户所，如果不能容纳更多士兵，则设置百户所。其次，明朝还在出海口或是海上航道汇聚之处附近的海岛上设置防御据点——即水寨，并划拨附近一定海域归其管辖，称之为水寨的“信地”，这是明朝“御之于海上”的一道防线。
这样明朝军队只需要在水寨之间以船只往来巡哨，就可以将倭寇歼灭于海上，避免东南沿海居民不必要的损失。
卫所和水寨都是军事防卫机构，地方政府无权调配，而为了确保没有“漏网之鱼”，明朝还设置了可以可供地方政府调遣的民兵系统，由巡检司统辖，既可以巡逻海上盗贼，又可以盘问往来奸细，构建起了一条陆上的防线。
这样一来，卫所、水寨和巡检司各司其职、互相支援，组成了明朝海防体系的多重防线。
平时，明朝水师战船在海上巡逻，遇到倭寇入侵，尽可能歼敌于海上；如果倭寇接近海岸，就由烽堠发出警报、卫所的陆军迅速赶赴倭寇的登陆点歼敌，如果还有漏网之鱼，那么就由巡检司调遣民兵追捕。从理论上看起来，这一套海防体系确实十分完善。但是在执行过程中，却出现了一个问题，那就是在明朝时，舟山群岛成为了倭寇的大本营，许多倭寇盘踞于此，袭扰东南沿海，这是为什么呢？
舟山群岛历史悠久，考古发现显示，早在5000多年前的新石器时代，就有人类在岛上活动的痕迹。不过，由于舟山地理位置特殊、又多是海岛构成，往来交通不便、土地贫瘠，导致舟山整体发展得十分缓慢。
在明朝以前，我国很少受到海上的威胁，因此军事防御的重心多放在西北部的陆上要塞，更令舟山群岛显得“无足轻重”。
到了明朝，这一情况有所改变，为了巩固海防，舟山群岛也受到了重视。史料记载，明太祖洪武十二年，舟山不过设了一个千户所，到了洪武十七年，就升级为昌国卫，这说明舟山守备也曾备受重视。
可当朱元璋指派汤和到浙江巩固海防后，汤和却开始大幅削弱舟山的军备。在明王朝保守的海防思想的指导下，汤和将海防的重点放在了沿海地区，放弃了舟山这样悬于海上的岛屿。
汤和将原本设置于舟山群岛的卫迁移到象山，令舟山只剩2个千户所，共计2200余人，防备力量大大削弱。甚至当时明王朝还废除了舟山的县制，要求居民迁移至内地，只留下了500余户，与军户一同守卫舟山。
后来，随着明朝卫所制度的逐渐崩溃，军户连生活都难以保障，他们不断私下逃离卫所。
而卫所长官为了获得更多朝廷拨发的钱粮，通常隐匿不报，卫所军户得不到补充，整体防备力量实际上就更加削弱了。数据显示，到明朝后期，舟山2个千户所所剩下的士兵仅有1116人，仅为满编制的一半左右。
到了1569年，明朝政府又将舟山2个千户所的500多名精兵强将组建为舟山营，单独进行训练，再加上昌国水营和原来的卫所，舟山群岛看似有了3种防卫力量。但实际防卫人数却没有增加，总共只有不到3800名士兵，其中半数为战斗力较差的民兵，船只也仅有100多条，就算每日勤加操练，但防卫人数不足这一硬伤仍然难以补足。
舟山守备的空虚，令倭寇更能够乘虚而入，到了嘉靖年间，海盗李光头、许栋、王直等人勾结倭寇集结舟山双屿港，进行武装走私，这让双屿港成为了当时亚洲最大的海上走私贸易基地。舟山不仅成为了倭寇的聚集地，倭寇、海盗还以舟山为据点，不断袭扰浙江沿海。虽然明王朝不断派出俞大猷等名将平倭，但收效甚微。
回头来看，舟山作为浙江的海上门户，舟山地理位置重要，其得失关系着浙江乃至全国的安定，那为什么明王朝要放弃舟山呢？
一方面是因为明朝保守的海防政策，以及片板不得入海的海禁政策，后来明朝甚至取消了军队必要的海上巡逻，既然如此，那么放弃舟山似乎也不过是“清理当中”了。
除此之外，舟山的地理位置和当时技术水平也决定了舟山“不得不”被放弃。
首先，舟山群岛易攻难守。由于舟山由岛屿组成，海岸线十分破碎，倭寇可能从“任何”地方登陆舟山并藏匿于某个岛屿之上，很难被发现，这极大地增加了防守难度。而且，舟山远离大陆，当时交通和通讯设施都不发达。一旦舟山遇袭，卫所之间相互支援不便，也许对于明王朝来说，不如干脆“放弃”，还可集中兵力。
其次，当时水师所用的均是帆船，以风为动力，而我国东南沿海夏季盛行东南风，这么一来，我国追击倭寇时就是逆风而行，倭寇攻打舟山则是“顺风顺水”，显然给水师造成了极大的困扰。
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