毛文龙镇江之捷，王化贞自以为立了奇功，熊廷弼说：“三方兵力尚未集合，文龙发动得太早，致使敌人恨辽地的人民，把周围四卫的军民屠戮殆尽，使东山军民灰心，让朝鲜君臣胆寒，令河西军队丧气，扰乱了三方并进的计划，耽误了联络朝鲜的打算，把它看作奇功，实际上是奇祸呢。”送信到京城，竭力批评化贞，朝臣们正把镇江一役看作大捷，听到他的话，心中多有不服。熊廷弼又明显地攻击鹤鸣说：“我既然担任经略，四方援军应当听我调遣，而鹤鸣径自发动，不让我知道。七月里我向兵部询问军队人数，到现在两个月了，没有回答。我有经略之名，无其实，辽左的战事都是张枢密和王抚臣一起办的。”张鹤鸣这下更加恼恨他了，王化贞还说虎墩兔的四十万部队快来了，请迅速出兵，熊廷弼说：“抚臣靠着蒙古人，想不虞而收战功。我不敢轻视敌人，不敢说能不战而胜。”后来，蒙古军队终于没来，王化贞也不敢进兵了。
当时，熊廷弼主张防御，认为辽地人不可信用，蒙古人不可凭仗，李永芳其人不可相信，广宁地方有很多间谍让人担心。王化贞则一切相反，绝口不提防御，说我们一渡河，河东人必为内应，并且飞书报告朝廷，说八月里你们就可以高枕酣睡，而收到我的捷报。有见识的人知道他一定坏事，因为疆场事关系重大，没有人敢说他的不好。到十月份，河上结了冰，广宁人认为后金一定渡过河来，纷纷想逃出广宁，王化贞和方震孺商议，分兵把守镇武、西平、闾阳、镇宁等城堡，而以主力驻守广宁。张鹤鸣也认为广宁值得担忧，请明熹宗命令熊廷弼出关，熊廷弼于是又出山海关，到达右屯，考虑用重兵内护广宁，外扼镇武、闾阳，于是派刘渠以两万人驻守镇武，祁秉忠以一万人驻守闾阳。又派罗一贯以三千人守西平。又重申他的命令说：“敌人来时，跨出镇武一步的，文武将吏都有杀无赦。敌人到达广宁而镇武、闾阳不出兵夹攻，敌人抢劫右屯饷道而三路兵马不救援的，罪也相同。”
熊廷弼刚刚部署完毕，王化贞相信间谍的话，突然发兵袭击海州，不久又退了回来，熊廷弼于是上书说：“抚臣进兵，到现在已经五次了。部队屡进屡退，敌人早看透了我方的计谋，我的虚名也因轻易出兵而受到损伤。希望陛下明确指示抚臣，对自己的行为慎重些，不要给敌人嘲笑了。”王化贞看到他的上书很不高兴，飞章上奏，为自己辩解，并且说：“我请求给我六万兵，我保证把敌人一举荡平。就是不如意，也一定能做到死伤相等，使敌人一蹶不振，管保它不再成为河西之忧！”并请准许他便宜行事。
当时，叶向高掌了大权，他是王化贞成进士时的主考官，很偏向王化贞，等王化贞请求把后金军一举荡平时，熊廷弼上书说：“就请按抚臣约定的办吧，应及早罢掉我的官以便于鼓舞士气。”这个时候，中外都知道经略、巡抚两人不和，一定会坏了边疆的大事，大臣们的奏章天天讨论此事，而张鹤鸣笃信王化贞，于是想把熊廷弼拿掉。
员外郎徐大化顺承其意弹劾熊廷弼大言欺世，嫉能妒功，不罢免他必将有害于辽地战事，他们的奏章一并被发给各部，张鹤鸣于是召集大臣们讨论。说把熊廷弼撤职的有几个人，其余大多主张让二人各尽其职，共谋成功。正好后金军这时逼近西平，就停止了争议，仍然兼用他们两人，责令他们共同努力，功罪一体。
没过多久，西平之围吃紧，王化贞相信中军孙得功的计策，发动了广宁的全部兵力，让孙得功和祖大寿前往和祁秉忠会合，然后向前去作战。熊廷弼也传令刘渠拔营赴援。在平阳桥遭遇后金军，刚刚交锋，孙得功和参将鲍承先等领头逃跑，镇武、闾阳的兵力于是也被打败，刘渠、祁秉忠在沙岭战死，祖大寿逃往觉华岛去了。西平守将待援不至，与参将黑云鹤也战死。熊廷弼当时已离开右屯，驻军闾阳。参议邢慎言劝他紧急救援广宁，却被佥事韩初命阻挠，于是熊廷弼撤退了回来，当时后金军在沙岭停下来不再向前来。
王化贞平常把孙得功看作心腹，而孙得功已偷偷地投降了后金，他想活捉王化贞作为自己的功劳，就诈称后金军已到城边。城中一时大乱，人各奔逃，参政高邦佐阻挡也挡不住。王化贞正关起门办理军书，毫无所知。参将江朝栋推门闯进来，王化贞大声训斥他，江朝栋大声喊道：“事情危险了，请你快走！”王化贞不知发生了什么事，朝栋就搀扶他出来骑马逃走，后边两个仆人徒步跟着，于是丢了广宁城，仓惶逃命。在大凌河遇上了熊廷弼，熊廷弼微笑着说：“六万军队就可以把敌人一举荡平，到头来怎么样呢？”
王化贞感到惭愧，建议驻守宁远和前屯，熊廷弼说：“已经晚了。现在只有保护老百姓入关去！”于是，把自己所领的五千人交由王化贞来殿后，把全部积蓄都放火烧了。熊廷弼和韩初命一起护送难民入得关来，王化贞、高出、胡嘉栋也先后入关，只有高邦佐自杀而死。孙得功率领广宁城的叛将把后金军迎入广宁时，王化贞逃跑已有两天时间。后金军追赶他们追了二百里，因路上没得粮食吃才回去，战败的消息传到朝廷，京城为之震惊，张鹤鸣害怕了，自请前往察看军队。
后金占领广宁，并接连占领明军放弃的义州、平阳桥、西兴堡、锦州、铁场、大凌河、锦安、右屯卫、团山、镇宁、镇远、镇安、镇静、镇边、大清堡、大康堡、镇武堡、壮镇堡、闾阳驿、十三山驿、小凌河、松山、杏山、牵马岭、戚家堡、正安、锦昌、中安、镇彝、大静、大宁、大平、大安、大定、大茂、大胜、大镇、大福、大兴、盘山驿、鄂拓堡、白土厂、塔山堡、中安堡、双台堡等40余座城堡，努尔哈赤下令把辽河以西的人民，驱赶到辽河以东。
归朝后，此事成为党争的一个大题目，就在东林内部为了“保熊斥熊”还自相内讧的时候，王化贞已经意识到东林党大厦将倾，就果断抛弃了还在为自己“重列朝班”而奔走辩护的“东林君子”们，投奔魏忠贤。魏忠贤趁机利用他揭露东林党“贪污辽东军饷”，一举击溃了东林党的残余力量。
熊廷弼以“失陷广宁罪”慷慨赴市，传首九边，魏忠贤虽对王化贞百般袒护，但罪行确凿，缓刑处死。
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