早先，陈新甲因为南北交困，派遣使者来与大清议和，背地里告诉过傅宗龙。宗龙离开京师时，把这事告诉了大学士谢升。谢升后来看到疆事大坏，就把宗龙的话讲给了崇祯。崇祯帝召陈新甲过来质问，陈新甲叩头谢罪。谢升进言道：“那边如果肯议和，和也可以。”崇祯帝默然不语。不久，指示陈新甲秘密进行这件事，朝廷里边人们都不知道。后来言官有一回去拜见谢升，谢升说：“皇上的意思是主张议和的，希望你们不要多话。”言官一听大为吃惊，纷纷上书弹劾谢升，谢升于是被罢官而去。崇祯帝在把议和一事交给陈新甲以后，和他手诏往返过几十次，都告诫他不要泄漏出去，朝廷里人们渐渐知道了，所以屡屡上书争议，但是他们都没有掌握到证据。
崇祯帝密使他与清兵图和议，兵部职方马绍愉从边关发回议和条件的密函，陈新甲置于案上，其家童误以为是塘报，交给各省驻京办事处传抄，事起泄露，群臣哗然，给事中方士亮首先举报他，崇祯帝恼火极了，把奏疏压在宫中不发下。过后，颁发一道严厉的圣旨，严厉批评新甲，要他自我解释。
陈新甲不引罪自责，反自诩其功，崇祯更加愤怒，将陈新甲下狱，新甲从狱中上书乞宥，崇祯不许。新甲只得贿赂高层，给事中廖国遴、杨枝起等多方营救，刑部侍郎徐石麒据不答应，大学士周延儒、陈演亦大力援救，并且说：“按照国法，敌兵不打到城下来，不应当杀掉兵部尚书。”崇祯说：“别的不说，使我的七位亲王遇害、受辱，不比敌兵打到城下更严重吗？”。刑部侍郎徐石麒曰：“人臣无境外交。未有身在朝廷，不告君父而专擅便宜者。新甲私款辱国，当失陷城寨律，斩。”斩于市，陈新甲既死，明朝丧失最后一次议和的机会。
陈新甲受到过杨嗣昌的引用，他们的才能、心术相似。在兵部期间，军书往来频繁，陈新甲马上可以裁答，从不拖延。崇祯帝起初很信任他，后来特别讨厌他泄漏机密，并且暴露了主上的缺点，因此毫不迟疑地杀掉了他。此后，给事中沈迅极力抨击陈新甲的过失，崇祯帝说：“假使你是新甲，恐怕还不如他。”沈迅惭愧地退了出来。
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