如果熊文灿能够妥善处理降众，将其就地遣散，那么他的汁划或许就能够圆满实现。但是，与此相反，熊文灿却准许张献忠依旧统领其数以万计的旧部，并将其作为屯军安置于湖广西北汉江流域的谷城地区。随后，他又从中挑选了三千精兵，加以武装充任官军，但却在缺乏有效监督的条件下仍令其驻扎于谷城。熊文灿仍将自己的大营设于襄阳，龙在田率领滇兵在襄阳北面的双沟清剿起义军残部，取得大捷，此处位于湖广、河南交界，于是起义军逃往河南西南部的山区过冬。
此后不久，另一位起义军领袖罗汝才也开始了商谈归降事宜，起义的平定似乎指日可待。然而，恰在此时，清兵入塞，包括左良玉麾下精兵在内的诸多军队从山西、河南等地被调往京师赴援。在北方军事压力陡增的情况下，一些处于困境中的小股起义军重新得到了喘息的机会，虽然后来左良玉取得了一些胜利，但仍然无法阻止张献忠东山再起的决心。
张献忠突袭谷城，杀掉当地知县等地方官员，并在县中大肆劫掠，随后率众进入西部山区，占据有利地形。很快，罗汝才等部也加入张献忠的队伍，只有刘国能仍效忠于朝廷，左良玉在追击张献忠时，遭受重创。由于这次失败，熊文灿被免职，受命等待其继任者杨嗣昌的到来。熊文灿被逮捕，并押送至北京受审。此时，熊文灿的朋友姚明恭虽然身为内阁大学士，但却无法相救，熊文灿遂被斩首，张献忠初占领蕲水后，屠戮熊文灿的家属，熊文灿的长子熊曰绘幸免于难，并有一段时间在福建寄于郑芝龙篱下。
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