有些人争相请求皇上征召任用韩爌，被逆党杨维垣等人压制了，只是赐圣旨慰问他，让他的一个儿子做官。到了五月，才派遣行人召用他，回到朝廷，重任首辅。皇帝在文华后殿批阅奏章，召见韩爌等人，告诉他们草拟圣旨务求消除不同的意见，开诚布公，互相团结，希望做到最好。韩爌等人叩头称谢，退出来说：“皇上所说的非常好，而机密政务，各臣讨论拟旨，不必在外廷明确表示分歧意见。至于我们早晚进入宫中，势必不能报答宾客。商量政事的人，应该在朝房相见，而禁止在私人府第交谈国事。”皇帝立即下诏让百官遵守执行。
不久，皇帝便命韩爌与李标、钱龙锡主治魏党，列名二百六十二人，罪分六等，名曰“钦定逆案”，布告全国，分别予以处置。崇祯帝要韩爌、李标等阁僚拟定惩治“魏党”名单，韩爌等认为，要犯从严，协从不问，不宜诛连太多太广，况多数人实为魏忠贤淫威所逼，以求自保而为之，遂仅列首逆要犯五十余人上报，崇祯帝不满。再次上呈的名单仍然只有几十人，皇帝还是不满，后皇帝所想惩治的258人被一一列上，方才满意。但崇祯帝仍怀疑朝内有党，疑忌大臣，并安插很多厂卫探子，对朝臣进行暗地监视，搞得朝庭上下，人人自危。这时，韩爌等顾命老臣向皇上上奏：“人臣不可以党事君，人君亦不可以党疑臣。总当详核人品，辨别忠奸，然后举措得当。若堂上戈矛妄起，宫中横分畛域，恐非国家之福。”并被崇祯帝采纳。
当时，谈逆案论的人，都争相攻击吏部尚书王永光，其中以南京礼部主事王永吉最为卖力，皇帝很不高兴，将要处罚他。韩爌等人说王永吉得不到宽恕，王永光一定不会安宁，于是只剥夺王永吉的俸禄一年。工部尚书张凤翔报告厂、库原来的陋****发脾气，召见廷臣当面询问责备。巡视科道王都、高赉明二人极力辩白，皇帝命令锦衣官逮捕他们，韩爌、李标、钱龙锡一起营救他们。而这天王永光因为毛羽健上疏弹劾他，请求皇帝追究主使的人。韩爌退朝，再三营救王都等人，并且说王永光不应该请求皇帝追究言官。皇帝不接受，然而毛羽健最终得以幸免，韩爌当时中允持正，保护官员、压制邪党，此对当时稳固政权，安抚人心，起到了相当重要作用。
大学士刘鸿训因为张庆臻敕书的事情被重罚，韩爌上疏营救，皇帝不听。温体仁攻击钱谦益，御史任赞化也上疏攻击温体仁，皇帝召见廷臣，温体仁极力诋毁任赞化和御史毛羽健是钱谦益的死党。皇帝很愤怒，痛切责备任赞化。韩爌请求宽免任赞化，安抚温体仁。皇上于是说：“提意见的人不为国担忧却培植私党，自命名为东林，对朝廷事务有什么补益？”韩爌退回，他的上奏说：“臣子不可以拿结党拉派来服务皇帝，皇帝也不可以拿结党拉派来怀疑臣子。只看他才能品性的好坏，是否有职业修养，以此来决定他的升迁或降贬。如果朝廷纷争，宫府拉帮结派，只会对国家有百害而无一利。”又率领同事极力营救任赞化，皇帝不采纳。皇太子降世，韩爌请求将全国拖欠的租赋一概免除，皇帝同意了。
熊廷弼任辽东经略使，当时后金崛起于东北，他到任后招集流亡，整肃军令，训练部队，加强防务，后金不敢进攻。魏忠贤专权时熊被冤杀，传首各边镇，不许廷弼家属收葬尸体。崇祯即位后，廷弼的儿子给皇帝上书，请归葬其父，即向崇祯帝说明熊廷弼实由魏忠贤冤杀，并株连其妻和儿女，乃是一件极大冤案，经爌剖白后，崇祯帝才允许熊廷弼的儿子收葬父尸。
当时，辽东战局危急，朝廷议论裁减各镇的兵员，又因为兵科给事中刘懋的奏疏，讨论裁减驿卒，皇帝征求韩爌的意见，韩爌说：“减裁兵员只应当清除那些滥冒和新增的冗员。军事要地符合兵额的士兵不可以裁减。驿站的士兵很辛苦，应当责令巡按核实裁减，以解除人民的困苦，裁减兵员所节省下来的费用仍然交还给人民。”皇帝认为是这样。御史高捷、史翲被免除罪行，王永光极力引用他们，都御史曹于汴坚持不同意。王永光再次上疏争取。韩爌说，按惯例应听取都御史的意见任用。皇帝正在宠幸王永光，不接受他的意见。九月将要举行庆祝典礼，因为这个缘故，韩爌请求皇帝停止秋季审判，皇帝也不听。韩国公李善长十世孙李世选陈奏，家藏太祖高皇帝的诏旨，许诺再次封爵，帝遣韩爌等核验，都认为这是伪诏，于是将李世选下狱论死。
袁崇焕是崇祯时抵抗后金的名将，督师蓟辽，后金多次入侵，均被崇焕挫退。后金军绕道古北口入长城，进围北京，后金兵进入京城附近，京师戒严，袁崇焕闻讯后率部星夜驰援京师，获广渠门、左安门大捷，力解京师之危。
当初，袁崇焕上朝，曾跟钱龙锡谈论边防事务，钱龙锡是东林党首领，王永光等人阴谋利用袁崇焕制造大案，可以将东林党一网打尽。王永光带头说后金兵的进攻，是由于袁崇焕杀害毛文龙导致的，高捷于是带头攻击钱龙锡，驱逐他。不久，也将袁崇焕逮捕下狱，并判磔刑处死。
中书舍人原抱奇，弹劾韩爌主政误国，招敌欺君，毁坏省城，国家濒临危亡，不能想出一个计策、选拔一个人才，坐视国家的成败，把国家命运寄托在偶然出现的机会上，应该和钱龙锡一起排斥。他所说的主和者是因为韩爌是袁崇焕的中进士时的老师，皇帝重视韩爌，降了原抱奇的官级。不久，左庶子丁进因为提升延误了日期怨恨韩爌，也弹劾他，而工部主事李逢申跟着上疏弹劾韩爌。韩爌无奈，三次上疏称病，下诏赐给他白金、彩色丝织品，乘驿车派遣行人护送他回家，全部都如常法一样。
起初十月京师戒严之时，皇帝命太监王永祚询问韩爌方略大计，韩爌以迁都来回答，王永祚正色答道：“国家根本、陵寝宗庙都在这，怎么能随便提出这种建议？”。自此以后皇帝开始有了轻视士大夫的意思，至此添设太监监察军务，内臣从此始观军容，故天下大事更加败坏。
李自成攻陷蒲州，逼迫韩爌出来相见，韩爌不从，贼兵便抓住韩爌唯一的孙子进行威胁，无奈，为救孙子，韩爌只好依从，孙子得救，韩爌却因此而病倒，无多日便愤郁而卒，终年八十岁。
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