不久，机会便来了，经筵向来不讲《春秋》，崇祯帝认为《春秋》有裨治乱，命内阁择人进讲，文震孟精通《春秋》，为当时名家，他原本就是讲官，无疑是最佳人选。但温体仁嫉恨文震孟，摒而不用，内阁大臣钱士升盛誉文震孟，说他可当此任，温体仁无奈，遂佯装道：“差点漏了这个最佳人选！“列名奏上，文震孟进讲，很合崇祯皇帝的心意。过了几个月，崇祯帝准备增加阁臣，召廷臣数十人，考试票拟，文震孟列名其中，但他自知得罪了内阁首辅温体仁，难以与他共事，遂托病不参加考试。但崇祯帝觉得文震孟是个人才，遂未经考选，特擢文震孟为礼部左侍郎兼东阁大学士，入阁参预机务，文震孟两次上疏辞谢，崇祯皇帝不允。
文震孟成了一名内阁大臣，按照惯例，阁臣一经任命，即向司礼监投递名帖，拜见司礼监太监。文震孟向来鄙夷太监，不与他们往来，他被任命为内阁大臣，也不去司礼监投递名帖求见。司礼监掌印太监曹化淳，雅慕文震益的才学，令人辗转传活，望文震孟去司礼监叙话，文震孟断然拒绝。在文震孟入阁时，温体仁恰好在家休假，待他回朝，方知他嫉恨的文震孟已是阁臣了，狡诈的温体仁设计排挤文震孟。他每拟圣旨必同文震孟商量，文震益有什么建议、改动，他都欣然听从。打了几次交道之后，文震益便放松了警惕，转而赞誉起温体仁来，他逢人便说：“温公虚怀若谷，怎么竟说他是奸臣？”阁臣何吾驺警告他说；“此人老奸巨猾。不可轻信！”文震孟不以为然。
温体仁见时机到了，遂露出了真面目，撰拟圣旨不再同文震孟商议，文震孟有什么建议，一概置之不理，文震孟这才知道自己被耍弄了，不禁大怒，把奏疏摔到温体仁面前，质问他为什么戏弄他，温体仁视若罔闻。温体仁开始明目张胆地排挤文震孟，想方设法陷害他。有个叫许誉卿的，在魏忠贤专权时，置身家性命于不顾，毅然上疏弹劾，誉满天下。文震孟和何吾驺想任用他为南京太常寺的长官太常卿，温体仁忌恨许誉卿刚直，不想用他。
不仅如此，他还想利用此事大作文章，把文震孟和何吾驺赶出内阁。于是，他授意吏部尚书谢升弹劾许誉卿与福建布政使申绍芳营求美官。接着，温体仁上疏，提出对许誉卿的处理意见，他故意地把许誉卿的所谓罪行写得很重，而提出的处罚却极轻。崇祯帝不明真象，但见许誉卿的罪行重大而处罚很轻，遂驳回重议。这正是温体仁所希望的，因为崇祯帝此举，无疑首肯了许誉卿的罪行重大，温体仁送拟旨将许誉卿革名斥逐，申绍芳逮捕审问。文震孟力争不得，愤愤地说：“许誉卿革职为民，乃天下最光荣的事，幸赖温公玉成之！”温体仁闻言大喜，急忙将文震孟此语奏告崇祯帝，崇祯帝龙颜大怒，责斥文震孟、何吾驺扰乱国政，将二人罢官。
文震孟被革职后，回到老家长洲，外甥姚希孟病死，文震孟与姚希孟的感情极深，甥舅二人曾在一块读过书，后又同殿为臣。姚希孟死后，文震孟悲痛万分病倒了，竟不治而亡。噩耗传到北京，一些公卿大臣奏请抚恤，崇祯帝不允，后来才下令恢复文震孟的官位，追赠礼部尚书，南明福王追谥“文肃”。
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