曹文诏抵达霍州，在汾河、盂县打败农民军，又乘胜追击到寿阳。巡抚许鼎臣派遣谋士张宰在大军赶到之前先期尝试着跟农民军战斗，农民军给惊退了。曹文诏追击他们，在碧霞村杀了混世王，剩余的农民军被猛如虎驱赶跑，在方山同曹文诏的军队相遇，又被打败，五台、盂县、定襄、寿阳的农民军都平定了。许鼎臣命令曹文诏驻军平定，防守太原的东部，命令张应昌驻军汾州，防守太原西部，曹文诏接连又在太谷、范村、榆社等地打败农民军，太原的农民军差不多被剿平了。
朱由检因为曹文诏立功最多，命令他所经过的地区多积攒粮草犒劳他的兵马，并且敕令曹文诏尽快镇压农民军。山西监视军情的宦官刘中允上书说：”曹文诏在徐沟、盂县、定襄围剿贼兵时，这些地方的主管部门不但不给他们稻米，反而用大炮打伤他们的士兵。“朱由检就把此事交给御史察问。
农民军从河内登上太行山，文诏在泽州打败了他们，农民军逃往潞安曹，文诏到阳城遇到农民军没有打击它，而是从沁水偷偷地出兵拐回来，在芹地、刘村寨袭击他们，斩获了千余首级。农民军屯兵润城，另外的队伍又打下了平顺，杀害了知县徐明扬。曹文诏一到，农民军就撤退了，于是曹文诏半夜里袭击润城，斩获农民军一千五百人。紫金梁、老回回从榆社逃往武乡，过天星逃往高泽山，曹文诏都赶去把他们打败了，另外的农民军围攻涉县，听说曹文诏打下了黎城，就赶忙解围离去。
朱由检派宦官孙茂霖做曹文诏军中的中军官，农民军攻打沁水，曹文诏把他们打得大败，活捉了他们的首领大虎，又在辽城毛领山西面打败了他们。农民军在屡次战败的情况下，避开曹文诏的主力，大都流向黄河以北去了。朱由检于是命令文诏移兵前去讨伐，而农民军已在林县打败了邓玘的军队，曹文诏率领五营兵力夜晚出袭，打败了他们。又在柴陵村打败了怀庆的农民军，斩杀其首领滚地龙，又在林源追杀了老回回。
曹文诏在洪洞时，同当地休闲在家的御史刘令誉不和。到这个时候，刘令誉来按察河南，四川石石主土官马凤仪的军队在侯家庄被打败，靠着曹文诏的快马赶到才打退农民军。战斗结束后曹文诏刚刚解甲休息，同刘令誉见了面，说话又不投机。曹文诏拂衣而起，当面斥责了他。刘令誉恼了，就把凤仪的败亡作为曹文诏的罪过，兵部认为曹文诏仗着打了几回胜仗就骄傲起来了，于是把他调往大同。
清军入关西征插汉，回师时就随便进入了大同境内，攻占了得胜堡，参将李全自杀身亡，于是就围攻怀仁县以及井坪堡、应州等地。曹文诏同总督张宗衡先驻扎在怀仁坚守，怀仁解了围，就移兵驻扎在镇城，向清军挑战，失败而回。后来，灵丘以及其他屯兵的城堡大多失陷，清军凯旋而归，朝廷评定各将的罪过，曹文诏、张宗衡以及巡抚胡沾恩一同被定罪充军到边地的卫所。命令刚下达，山西巡抚吴生生就上书推荐文诏知兵善战，请求把他安排到山西来，于是朝廷命令他做援剿总兵官，让他立功赎罪。
这个时候，河南的战祸尤其厉害，朱由检本来已经同意了兵部的意见，又传令让曹文诏率兵紧急前往河南剿贼。吴生生又抗言上书力争，请求让曹文诏先平定山西的农民军，然后进军河南，朱由检没有同意。然而，曹文诏因为吴生生对自己有恩，最后还是取道太原，被吴生生留住了。
山西的农民军首领高加计已被歼灭，而凤阳失陷了，曹文诏于是整顿军队南下，洪承畴在信阳相会。洪承畴非常高兴，立即就让他到随州进攻农民军，曹文诏追杀农民军三百八十多人。洪承畴驻扎在汝州，因为农民军全跑到关中去了，决定回头先铲除农民军的老巢，于是分别命令各位将领把守要害，发布檄文召曹文诏入关，曹文诏于是骑马到灵宝拜见洪承畴。
洪承畴认为农民军在商州和雒南两地，如果听说明军过去，一定会先逃往汉中，那时大军由潼关进入汉中，反而会落在农民军的后面。于是，命令曹文诏从阌乡取山路到商州和雒南，直捣农民军老巢，然后再从山阳、镇安、洵阳等地赶到汉中来，阻止他们逃跑，并且对他说：“这次行军，道路迂回曲折，路程遥远，将军很辛苦，我聚集关中的兵力等待将军的到来。”然后亲切地拍着他的背为他送行，曹文诏二话没说就前去了。
曹文诏抵达商州，农民军距城三十里，军营的灯火遍山都是。曹文诏半夜率领侄子参将曹变蛟，守备官曹鼎蛟，都司白广恩等在深山老林中打败了农民军，追赶到金岭川。农民军仗着险要地势以一千名骑兵出来迎战，曹变蛟大声呼叫着冲进敌阵，各路兵马一同向前，农民军又大败逃亡。曹变蛟勇冠三军，农民军中一听说大、小曹将军，都非常畏惧。
没过多久，闯王高迎祥、八大王张献忠率领的各路农民军攻打凤翔，向汧阳、陇州挺进，曹文诏从汉中奔赴前线，农民军都奔向静宁、秦安、清水、秦州一带，兵力将近二十万人。洪承畴因为文诏的兵力同张全昌、张外嘉的兵力加在一起也只有六千人，两方实力悬殊，于是向朝廷告急，却没有得到任何指示。
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