袁可立在很大的压力下核查毛文龙“满浦、昌城之捷”的战报使二人产生矛盾并被人发酵导致袁可立下台，对毛文龙、袁可立和大明三方都是一个全输无一赢的结局，甚至可以说自此成为辽战总局由盛转衰的一个转折点也不为过。所以即使是总体肯定毛文龙战绩的董其昌在谈到袁可立离任登莱这个事情上对毛文龙也有微词，至少毛在策略和结果上都是全盘皆输的。
袁可立一直为东江毛帅鼓与呼，募兵筹饷，殚精竭虑，直到袁可立下台八个月后还在朝中为毛文龙摇旗呐喊请功请饷，他说道：“奴酋逆天顺犯，于今七载，赖毛帅倡义屡获奇捷，大张挞伐之气，据所报功级解验前后大小三十余战，斩首共一千九十七级，数逾上捷者共五次，总获器械、弓箭等件共五万。当我圣主宵旰之时，人心危惧之日，海外有此奇功，其应陛应赏应恤之官兵相应敕部，行巡按御史覆勘，再为议序以侯俞旨施行。”
袁可立核查毛文龙是迫于朝官的压力而为，是当时的文官统御武将体制和东江军镇兵饷长期不足的一个瓶颈缩影，并没有影响到袁可立对毛文龙支持的初衷和辽海大反攻既定战略。千军易得一将难求，袁可立支持毛文龙，说到底是因为毛文龙能打仗，这正是一个战略家的眼光和独到之处，而非站在远处隔岸观火指手画脚之辈所能相比。袁可立去，毛文龙无人能御，且再想通过袁可立这个大神级人物合法讨要粮饷以难似上青天，导致了后来一系列悲剧事件的发生，这可能也是毛文龙和当时的明廷所始料未及的。
袁可立离任仅仅半年，缺乏有效调度和策应的大将张盘战死，接着努尔哈赤大举迁都沈阳，又半年孙督师发生柳河之败，明清军事对峙形势因袁可立的离任而急转直下，前后对比，天壤有别。朝中有识之士对袁可立离任前后辽南战略态势的急转直下对毛文龙提出了质疑，自袁可立下台后，明朝并不缺文臣一员，缺的只是袁可立那样的节镇良臣。
到了这个时候，袁崇焕就以阅兵为名，乘船到达双岛，毛文龙前来会面。袁崇焕同他设宴饮酒、行乐，每每到半夜才罢，毛文龙没有觉察袁崇焕的意思，袁崇焕同他商量更改营制，设立监司，毛文龙很不高兴。袁崇焕用离职返乡劝说他，毛文龙回答说：“以前有这个意思，但现在只有我了解东部战事，等东部战争完毕，朝鲜衰弱，可以一举而占有。”袁崇焕更加不高兴，就邀请毛文龙来观看将士们射箭，先在山上设了帷帐，命令参将谢尚政等安排身穿铠甲的士兵埋伏在帐外。毛文龙来后，他手下的士兵不能进帐里来，袁崇焕说：“我明天出发，海外的事情全寄托在您身上了，请受我一拜。”互相拜见之后，一起登上山来。袁崇焕问起他随从军官的姓名，多是姓毛的，毛文龙说：“这些人都是我的孙子。”袁崇焕笑了，说道：“你们在海外劳苦多日，每月禄米也只有那么一斛，说起来痛心呢，也请受我一拜，大家都为国家尽力。”这些人都叩头道谢。
袁崇焕就此诘问毛文龙几桩违令的事情，毛文龙做了对抗性的辩解，袁崇焕高声喝斥他，让人扒下他的帽子和袍带，把他捆了起来，毛文龙仍很倔强。袁崇焕说：“你有十二条该斩头的大罪，知道吗？按我朝祖宗定下来的制度，大将领兵在外，必须接受文官的监视。你在这边一人专制，军马钱粮都不接受核查，一该杀；大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀；大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀；每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀；擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀；部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀；从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀；强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀；驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀；用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀；铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀；设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，毛文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。
袁崇焕召他的部将来说：“毛文龙这样的罪状，该不该杀他？”大家都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？中间有称道毛文龙数年劳苦的，袁崇焕训斥说：“毛文龙本是一个平民百姓罢了，官做得最高，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他怎么就这样悖乱违逆呢！”接着就磕头请求皇帝的旨意说：“我今天杀毛文龙以整顿军纪，将领中间有和毛文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀毛文龙一样杀了我。”于是，取下尚方宝剑在帐前把毛文龙的头砍了下来，出来告诉他的将士们说：“只杀毛文龙一个人，其他人都没有罪。”
这时候，毛文龙麾下凶猛强悍的官兵有数万人，都怕袁崇焕的威风，没有一个敢乱动的，袁崇焕命人用棺材埋了毛文龙。第二天，用肉酒等祭品祭奠他说：“昨天杀你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出于同僚、友人的感情。”并为他落下了泪。接着分拨毛文龙的士兵二万八千人为四协，任用毛文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。收回毛文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管，又犒劳军士，传檄安抚各岛人民，全部废除了毛文龙的苛政。
回到镇上以后，把毛文龙一事上书报告皇帝，末尾说：“毛文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”当时，崇祯帝突然听到这个消息，大吃一惊，但想到毛文龙既已死去，当时又靠着袁崇焕，所以就以赞扬的态度下诏书褒奖他。不久，又传旨公开毛文龙的罪行，用以稳定袁崇焕的心，毛文龙埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。袁崇焕又上书说：“毛文龙一介匹夫，不守法竟至于这种程度，是因为海外便于作乱。他的部队连老带幼一起算有四万七千人，假称十万，并且中间有很多百姓，兵还不到两万，擅自设将领千人。现在不便于再设总帅，就以继盛代行其事，这样算来是方便的。”崇祯回答可以。
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