由于提学御史倪元珙、海道副使冯元飚没有按照温体仁的意思办，才使其图谋未能得逞。常熟人陈履谦负罪逃到北京，怂恿温体仁置钱谦益于死地，并让常熟县衙书手张汉儒攻讦已下野的政敌钱谦益、瞿式耜居乡不法，结党营私，妄议朝政，列举罪状共五十四条。奏疏呈进后，温体仁立即代崇祯帝拟旨：逮钱谦益、瞿式耜下刑部狱。
钱谦益被逮捕后，求救于司礼监太监曹化淳和原大学士冯铨。不久，受温体仁指使的陈履谦炮制钱谦益“款曹击温”的匿名揭帖，又要王藩出面自首此事，告发钱谦益出银四万两托周应璧讨好曹化淳。这个匿名揭帖激怒了曹化淳，当即向崇祯帝请求清查此案。随后，曹化淳以奉旨大力追查，终于查清了陈履谦父子的罪行，把他们逮入东厂。他自己与东厂太监王之心、锦衣卫掌印指挥孟明在五更突击审讯，陈履谦招出张汉儒如何起草诬告钱谦益的状子，王藩如何出首，以及他们父子二人如何捏造“款曹和温”又改为“款曹击温”等情节。继而又审出以上这些情节“俱乌程一手握定”。
崇祯帝得报后，开始怀疑温体仁“有党”，马上处死了张汉儒。此时，温体仁住进了湖州会馆，向崇祯帝上疏，假意引疾乞休，自以为崇祯帝必定温旨慰留。次辅张至发在温体仁的乞休奏疏上已票拟好谕旨呈进时，崇祯帝毫不犹豫地提起朱笔，抹掉一些字句，批上三个大字：“放他去！”奏疏批答传到温体仁那里时，他正在吃饭，一看到“放他去”三字，大惊失色，以致筷子掉到了地上。京城百姓听到温体仁去职的消息，欢声雷动，妇孺都举手相庆，距温体仁入阁刚好七年整。
温体仁回乡时，推荐了薛国观和蔡弈琛，并在潞河上一揭帖，告发外戚周奎、周鉴、田弘遇等不法之事，而在此之前从未说过他们坏话。温体仁去世，享年六十六岁，崇祯帝得知后，觉得很可惜，为之辍朝，追赠太傅，赐祭九坛，加祭四坛，并且一反由阁臣先拟谥的惯例，亲自决定温体仁的谥号为“文忠”。南明建立后，温体仁一度被削谥，在其同党张捷、蔡弈琛的支持下复谥。
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