明军上报在崇明县擒获倭船一只，军方指称上有倭寇三十四名，南京为之震动，南大司马周世选上报至京师，并夸张战报说打了胜仗，击毙倭寇数百，还有大量物资船械。急于报功的军方要求迅速坐实结案将人犯处决，推官袁可立在审验时发现没有战俘的任何口供，坚持不可草菅人命。袁可立接手时，发现被指倭寇的实际人数只有二十人，且两人已毙死杖下，另外的十八人也被以毒药致哑，偶有能语者“皆鸟语不可辩”。
袁可立据理力争，主张将人犯缓死暂系吴县监狱，重新查验所缴获的物品，竟惊讶地发现三把“倭刀”很是面熟，仔细勘验后发现就是千总在数月前让自己看过的那三把“倭刀”，又被当作“战利品”上报其中。于是，顿觉案件大有蹊跷，推翻前案进行重审，马上找来李姓千总对质，但千总盛气凌人，死不承认诬良为寇，并一不做二不休一口咬定说就是在海上俘获的倭寇。
琉球贡使来中国转至南都，袁可立请他们指认，‘倭寇’见贡使至大哭，贡使一眼就认出这些全都是琉球国良民，是一次在海上运输粮食时因风漂落才不幸被官兵捕来的，贡使所述人数特征完全相合。后来这十八个琉球国民被无罪释放回国与妻子团聚。为感谢袁可立救命之恩，在琉球国建庙塑像奉祀，敬若神明。结果上报京城，御批：“今后沿海地方获有夷人船还要详译真伪，毋得希图功赏枉害远人。”
袁可立在任苏州府推官，事起于日本关白丰臣秀吉侵朝，倭寇出没，吴中一带实行“海禁”，一些势家动以“通海”罪名兴起大狱，相互倾轧。
秦灯，无锡望族江西布政使秦梁之子，喜欢听曲唱戏。和太仓王弇州次子王士骕、云间乔一琦三人甚相投。“王能文章，秦能说善论，乔善书能武，各有时名。”三人顺应当时的形势，招募乡兵御倭保家，年轻气盛，有一个叫赵州平的恶少混迹进来，一来二去和地方富豪大户结下梁子。鲜衣怒马，瞠目语难，招摇都市，遂有告其谋叛者，仇家举报说他们大肆招兵买马，企图聚众谋反。指控说三人在一酒楼内指天划地拜把子起誓，竟口称“朕”大逆不道。福建巡抚许敬庵接报后大惊，立即通报应天巡抚朱弘谟，朱弘谟本就对江南世家有看法，又好大喜功不懂戏文，立刻兴大狱将三人做实。
事件惊到了身居九重的万历帝：“朕意此恐风闻，若擅发行必骇众听，惑乱人心”，三司大惊。错愕不知所出，第拟旨：抚按会勘。兵部尚书石星感到事情重大，一旦坐实就不是三个人头落地的事，怕有出入再次派人查实。吏科给事中耿随龙曾上奏说“丹阳县民赵州平等恶少酒狂，初非倡乱不得误入”，但不知道什么原因奏疏被压了下来。巡抚朱弘谟担心自己官帽不保便抢先定调判决，判秦灯斩、王士骕入监、乔一琦充军南汇所。人犯被押赴刑场，大声喊冤不止，袁可立觉得疑点重重，不顾巡抚阻扰，请以乌纱前程作保暂缓处决。
后经袁可立多方查证，发现他们的招供状全是子虚乌有错讹百出，最终洗清了冤屈。而所谓的称‘朕’，不过是王的一个家丁好说书，给大家说讲赵官家陈桥兵变黄袍加身的段子引得哄堂大笑，秦灯口无遮拦学说对答即兴称“朕”，秦、王先后死于狱中。当乔一琦从死牢被解救提出时，天空无云而雷，吴中传为“雷鸣案”。最终活下来的乔一琦从军报囯，在明金萨尔浒战役中身陷重围，壮烈殉国，从死者四十二人，祀忠义祠。
袁可立治行报到吏部尚书孙丕扬那里，以政绩第一拟擢升给事中，受到万历帝特别召见，“内召当锝谏省”时有吏科都给事中林材者巡苏州，官员们都畏惧他，行跪拜大礼，独袁可立按法定礼节“长揖不拜”，林材就此怀恨，挟私报复阻遏，当地驻军为袁可立鸣不平汹汹不已，袁可立作长揖平息事端，从容赴任山西道监察御史。
奉命巡视京都西城，有皇帝宠幸的弄臣仗势杀人，百官不敢问，可立重捶抵罪，将罪行张榜于五都衢，“重棰问抵”。这时便有人持重金至袁可立门上，可立勃然大怒道：“杀人者死，朝廷法也，即弄臣顾可脱乎？吾知有三尺，不知弄臣”。”遂将说者逐出门外，众阉恨之切齿。然而，皇帝绕过内阁直接下中旨豁免弄臣，袁可立不给皇帝留面子，毅然抗旨将弄臣正法，京师称“真御史”。自袁可立巡城，无论皇亲国戚或朝中大臣，凡贪纵不法，袁可立皆一并弹劾论处，万民高呼“袁青天”
御史袁可立请录谪臣，上疏针砭时弊：“近年以来，议论兹多，致干圣怒，摈斥不下百十余人。岂言事诸臣尽不可用耶？如使诸臣为济私，孰与缄口持禄，附会保全之为便？使诸臣为市恩，孰与将顺曲从，得君固宠之为愈？使诸臣为沽忠卖直，亦必其人有怀忠慕直之心，耻为依回淟涊之态者。如概弃不用，臣恐謇谔之士不蒙甄录，相率噤口结舌，国家大事谁复为皇上言之！”疏上，夺俸一年。
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