对于边境局势，他也多有关心，朱由校赐给他景王府所属的宝坻等县及塌河地租银六千三百两，他立即上疏，以“边境多虞，军需告匮”为由请求将这些地租银两还给国库，以补边防之需。朱由校被朱由检能为国分忧的至诚之心所感动，收回成命，以遂其愿。但随即将汝王、福王所留地租赐予朱由检，以便充作养赡之用，并展现他的“亲亲至意”，朱由检再次辞去。
朱由检出宫居住后，每年获得米三千石、钞一万贯，等待就藩之国，但缺等到了朱由校病入膏肓，没有留下任何子嗣。朱由校召皇五弟信王朱由检入宫，朱由校躺在病榻上，对朱由检说：“吾弟当为尧舜。”朱由检恐惧万分，说：“陛下为此言，臣应万死！”朱由校接着嘱托他善待张皇后与信用魏忠贤，朱由检更加恐惧，请求出宫，朱由校表示自己在召见朱由检以后“朕心甚悦，体觉稍安”。
朱由校驾崩于乾清宫，魏忠贤哭得眼睛都肿了，并与党羽商量对策。据说魏忠贤打算自立，被兵部尚书崔呈秀劝阻，另有人提议令宫妃假称怀有身孕，而将魏良卿之子领入宫中，接替皇位，由魏忠贤辅佐，就像“新莽之于孺子婴”那样。魏忠贤以为言之有理，便派人婉言暗示张皇后，被张皇后拒绝，魏忠贤得知张皇后的严正态度，也无可奈何，不再强迫她，只好派亲信宦官涂文辅、王朝辅接朱由检入宫。
由内阁起草遗诏，内称“皇五弟信王聪明夙着，仁孝性成，爰奉《祖训》兄终弟及之文，丕绍伦序，即皇帝位”。在张皇后的告诫下，朱由检自带麦饭入宫，不吃宫中食物，对宫中的一切保持高度警惕。到了夜晚，朱由检秉烛独坐，偶然看见一名小宦官持剑而过，立即叫到跟前，索要其剑，详加审视，许诺将给他赏赐，并将剑留在自己桌上。当听到宫中巡夜者击打木梆的声音，他起身前往慰劳，并回头问左右侍从如何赐酒食，侍从回答说由光禄寺负责，于是，朱由检下令旨让光禄寺准备酒食，赐给宫中值班巡夜之人，一时欢声如潮。
对于魏忠贤，朱由检也屡赐温词，曲加慰劳，以安其心。经过文武百官三次劝进，朱由检穿上衮冕，祭告天地，即皇帝位于皇极殿，改元崇祯，在登基大典时突发天雷之声。朱由检即位后，“总揽权纲，天下想望太平”，而他完成的第一件大事就是铲除魏忠贤及依附他的“阉党”集团。
朱由检即位之初，仍像朱由校那样对待魏忠贤及其党羽，该赏赐的照样赏赐，该封官的照样封官，魏忠贤反而感到不安，便对出身信王府宦官的司礼监秉笔太监徐应元毕恭毕敬，馈赠珍奇异宝，结为兄弟，并上书乞求辞去东厂提督之职，借以试探虚实。结果，朱由检不仅没有批准，而且还好言相劝，慰留一番，过了两天，朱由检准许魏忠贤的对食奉圣夫人客氏，出宫到私人宅第居住。魏忠贤上书乞请免去户部丧礼香蜡三万金，朱由检立即表示同意。
司礼监掌印太监王体乾请求辞职，朱由检不允。魏忠贤上书乞请停止为其建立生祠，朱由检批准以前生祠保留如故，不再新修，又夸魏忠贤“有功不居，更见劳谦之美”，又以“赞襄典礼”和东江战功为名给魏忠贤、王体乾等荫官。通过对魏忠贤、王体乾及其党羽的恩荫赏赐，在一定程度上打消了他们的疑虑，也麻痹了他们。
铲除魏忠贤的行动始于“阉党”内讧。“阉党”成员南京通政使杨所修参劾崔呈秀等，朱由检反而“责其轻诋”；另一“阉党”成员云南道御史杨维垣，两度参劾崔呈秀各种罪状，崔呈秀内心不安，请求回家守制，朱由检批准其请。崔呈秀倒台之后，魏忠贤成为下一个被弹劾的对象，陆澄源、钱元悫、钱嘉征等陆续弹劾弹劾魏忠贤罪状，尤以贡生钱嘉征言辞最激烈，列举了“并帝”“蔑后”“弄兵”“无二祖列宗”“克削藩封”“无圣”“滥爵”“掩边功”“朘民”“通同关节”十条“滔天之罪”。
魏忠贤得知此疏，在朱由检面前痛哭流涕，连呼冤枉，朱由检不为所动，命内侍当廷诵读钱嘉征奏疏，让魏忠贤亲耳聆听，魏忠贤“震恐丧魄”。之后，魏忠贤以身体不适为由，请求辞职，徐应元本起于信王府，与魏忠贤相互勾结，但见魏忠贤将要失势，也请求养病，朱由检顺势批准魏忠贤、徐应元回家养病。朱由检在一切准备妥当之后，正式下旨将魏忠贤之罪昭告于世，贬魏忠贤至凤阳祖陵管理香火，客氏送至浣衣局收管。
魏忠贤出京时，带着大量随从，威风不减，朱由检以魏忠贤“将素畜亡命之徒，身带凶刃，不胜其数，环拥随护，势若叛然”为由，下令将其逮捕至京。行至阜城的魏忠贤从“阉党”成员李朝钦那里提前得知这个旨意，两人痛饮一番后双双自缢，客氏被杖杀，崔呈秀亦自缢。其后，朱由检召回各地镇守太监，平反天启末年迫害东林党的冤狱，毁《三朝要典》，定“钦定逆案”，将魏忠贤等255人定为“逆党”，魏忠贤和客氏被凌迟戮尸，其党羽或处死，或削籍，或充军，从而实现了拨乱反正。时人评论此举“不动声色，潜移默夺，非天纵英武，何以有此”。
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