刘邦率军东征，趁项羽攻齐之际，汉军打入西楚首都彭城，被项羽回军杀败，军队崩溃逃回荥阳。汉军在荥阳集结，萧何征集关中老弱及尚未成年的人都到军队前线去，韩信也收聚士卒与刘邦会师，刘邦此时又军威重振。与楚军在荥阳南边京索之间交锋，打败了楚军，汉军在道路两侧筑垣墙，通到河边，以运取临河倚山的敖仓粮食。
刘邦返回都城栎阳，立儿子刘盈为王太子，赦免罪人，命令诸侯之子在关中的都集中到栎阳担当近卫。萧何留守关中，侍奉太子刘盈，主理都城栎阳。制定各种法令制度，设立宗庙、社稷、宫殿、县邑，总是先向刘邦上奏报告，刘邦也总是予以批准，准许施行。有时来不及上奏，就根据实际情况用最合适的方式先行办理，等刘邦回来再报告。萧何在关中管理户口，通过水路和陆路转运军粮，供应前方的军队。刘邦在战场上多次损失军队逃散，萧何常常又征发关中的士卒，及时补充汉军的损失，刘邦因此把关中的事务专门委任给萧何。
刘邦与项羽两军在京索之间对峙，刘邦多次派遣使者到关中去慰劳萧何，鲍生对萧何说：“大王在外，风餐露宿，却屡屡派人来慰劳您，这是起了怀疑您的心思。为您着想，您不如把自己子孙兄弟中能够作战的都派到前线军队中去，这样大王一定会更信任您。”于是，萧何听从了他的计策，刘邦大为高兴。
西楚霸王项羽身死，刘邦在泛水北岸称帝，在洛阳南宫大宴群臣，席间询问群臣：“你们都说实话，我为什么能够夺取天下？项羽又为什么会失去天下？”群臣众说不一。刘邦听了之后说：“你们只知其一，不知其二。若论在军帐中制定作战策略，以此决定千里之外的战役胜败，我比不上张子房；镇守国家，安抚百姓，供给粮饷，保证运粮道路不被阻断，我比不上萧何；统率百万大军，开战则必定胜利，攻城就一定占取，我比不上韩信。这三个人都是人中的俊杰，我却能够使用他们，这就是我能够取得天下的原因所在。项羽虽然有一位范增却不能信用，这就是他败在我手上的原因。”因此萧何、张良、韩信三人也被后世称为“汉初三杰”。
其后论功行赏，刘邦认为萧何功劳最大，封他为酂侯，食邑最多。众将不服，争辩说自己在前线卖命征战，萧何只是在后方舞文弄墨，逞口舌之力，不应位居众人之上。刘邦用“功狗功人”来比喻萧何功劳之大，又说：“诸将都是只身追随我，最多再加上两三个亲属，而萧何用整个宗族几十个人都跟随我，他的功劳我是不能忘记的。”群臣听了才不敢再说什么。
等列侯分封完毕，到了排定朝中位次时，群臣都推举曹参说：“平阳侯曹参身受70多处战伤，攻城略地，战功最多，应排第一。”刘邦已经压过众人一次，重封了萧何，对排位次的事就不好再说什么，不过他心里仍然认为萧何应该排在第一位。关内侯鄂君说道：“在楚汉之争中，陛下有好几次都是全军溃败，只身逃脱，全靠萧何从关中派出军队来补充。有时，就是没有陛下的命令，萧何一次也派遣几万人，正好补充了陛下的急需。不仅是士兵，就是军粮也全靠萧何转漕关中，才保证了供应。这些都是创立汉家天下流传后世的大功劳，怎么能把像曹参等人只是一时的战功列在万世之功的前面呢！依臣之见，萧何应排第一，曹参第二。”
鄂君的言论正中刘邦下怀，于是就下令萧何排名功臣第一，赐给他特殊的礼遇：可以带剑穿履上殿，入朝拜见时不必同别的臣下一样小步快走。当天，刘邦还全部封赏了萧何的父子兄弟十多人，又因为当年萧何送行时比别人多给了两百钱，刘邦加封萧何二千户食邑。这样，萧何位列众卿之首，被称为“开国第一侯”，食邑万户。
行赏分封诸侯后，定都的问题又迫在眉睫。起初，打算定都洛阳，后来戍卒娄敬面见刘邦，建议依借关中的险要形势，定都关中。刘邦征求张良的意见后，当即决定定都关中，并封娄敬为奉春君，赐姓刘。刘邦暂居栎阳，长乐宫落成，丞相以下官员都转移到都城长安办公。
萧何营建未央宫，建立东阙、北阙、前殿、武库、太仓。刘邦回来，看见宫阙极为壮丽，非常生气，对萧何说：“天下喧扰不安，苦战数年，成败尚未可知，现在为什么要修建宫至豪华过度呢？”萧何说：“正是因为天下没有安定，所以才乘这个时机建成宫室。况且天子以四海为家，宫室不壮观华丽，就不足以彰显天子的尊贵和威严，并且也是为了不让后代再来加盖。”刘邦心情这才好起来。
楚王韩信因“擅发兵”被夺去兵权带到洛阳，降格为淮阴侯。阳夏侯陈豨发动叛乱，刘邦亲自率领兵马前往讨伐，韩信托病没有随从，他暗中派人到陈豨处说：“只管起兵，我在这里协助您。”随后和家臣商量，趁夜假传诏书赦免各官府服役的罪犯和奴隶，打算发动他们去袭击吕后和太子。部署完毕，等待着陈豨的消息。
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