在“武周”时期，“北庭都护府”分立之后，“安西都护府”分管天山以南的西域地区。这时的“西域”已经没有了众多的小国家，但依然有很多游牧民族和少数“沙漠绿洲”农耕民族在这个区域生活。其实，唐朝实施的依然是间接统治，但已比汉朝的“西域都护府”时候更进一步了，因为已没有小国的国王作为代理人了。
“安西都护府”也随着唐朝的衰落而落入到其他国家的手中，其标志性事件就是发生在西元751年的“怛逻斯会战”。此次大规模交战，决定着古典中华帝国与新兴的阿拉伯帝国对中亚乃至西亚主权的最终归属。
“怛罗斯”即后世哈萨克斯坦的江布尔市。结果，在“唐番联军”与“大食联军”交战时，因“属国”葛逻禄临阵倒戈，使得唐军溃败，八万联军战死了五万多人，剩下两万多唐朝步兵做了阿拉伯“骆驼骑兵”的俘虏。
从此，中国古代“四大发明”中的“造纸术”、“印刷术”、“指南针”也随之被阿拉伯人掌握，并传到欧洲。而与此同时，二十万五万大食联军则因唐军作战勇猛且“陌刀队”杀伤力巨大而死伤超过十万人！后来，因唐将“高仙芝”在副将李嗣业等人率领亲军护卫拼死护送下成功撤退，只可惜将“葱岭”以西让给了阿拉伯人！
尽管唐朝“高丽籍”大将“高仙芝”在上奏朝廷并析原因时强调只需三年时间就能重新夺回“旧地”，但唐玄宗李隆基此刻忙着宠幸杨玉环，并未将此事放在心上，直到四年后爆发“安史之乱”，再无机会收回失地。
至于后来的“宋朝”，军事实力弱得不能再弱，连北方的“燕云十六州”都一直没能收复，更不可能恢复唐朝疆域了。到了“元朝”时期，“蒙元朝廷”采用“行省制度”，直接将整个“西域”纳入到了朝廷直接统治之下。
“明朝”对于西北边疆地区的统治更进一步，因为“西域都护府”靠近甘肃省的部分领土已经直接纳入到明朝的统治，而对于其余部分（新疆东部），“明朝”则设置了“关西七卫”进行统治。至于“新疆西部”，则归于“亦力把里”（东察合台汗国）统治。尽管明朝对“西域”的统治范围远不及汉、唐，但也跟“元朝”差不多了。
“亦力把里”乃“东察合台汗国”在某个时期的首都，而明朝“永乐朝”也曾短暂地设置过“亦力把里卫所”。
西元14世纪中叶，统治中亚的原“蒙古帝国”四大汗国之一的“察合台汗国”分裂为“东察合台汗国”、“西察合台汗国”二部，而“东察合台汗国”的国王(可汗)主要活动于“别失八里”。由于“八里”为突厥语，其意思就是"城"，故“东察合台汗国”都城在明朝人的记载中，就被称为“别失八里”或“亦力把里”，乃新疆“伊梨城”。
据《明太祖实录》记载，在“洪武二十四年”（西元1391年）秋七月癸丑，“别失八里”朝贡。当时，明朝人所称的"别失八里"即后世的“新疆伊犁”。不过，当时并未来得及在“西域”设立“卫所”，直到“永乐朝”。
另据《明太祖实录》记载，“帖木儿帝国”(明人称为"撒马儿罕")先后在洪武二十一年九月、二十二年九月、二十五年三月、二十七年九月、二十九年九月向明朝称臣朝贡，表示愿意归顺明朝统治并寻求庇护。
但后来，“明成祖”朱棣根据多路线报得知，突厥人的“帖木儿帝国”先后吞并了南面的“伊儿汗国”，并制服了东面的“钦察汗国”，又在西面战胜了“奥斯曼帝国”后，其野心迅速膨胀，竟扬言准备要发兵征服明朝。
永乐二年（西元1404年），帖木儿领兵八十万东来攻明，但刚占领新疆“伊犁”后还没来得及攻占“新疆东部”，却在中途病死。于是，帖木儿帝国大军返回。帖木儿死后，其孙哈里承袭王位，并在永乐五年恢复了和明朝的朝贡关系。明成祖亦派使臣往祭故王帖木儿。不过，朱棣鉴于西域重要，故设置“关西七卫”。
永乐十六年(西元1418年)，歪思成为“东察合台汗国”的后代，举众西迁伊犁河谷(后世的新疆伊宁)，改称“亦力把里”。"亦力"乃“伊犁”的另一音译，"把里"即“八里”。歪思与明朝继续保持经贸联系，贡奉不绝。
西元1432年，其大汗歪思卒，其后裔互不相下，导致“东察合台汗国”分裂。其时，“亦力把里”已分裂为“亦力把里”、“叶尔羌”和“土鲁番”三国，其王皆“察合台”后裔。其后裔中一支仍采用“亦力把里”的名义，作为明朝的附属国；“叶尔羌汗国”尽有天山以南葱岭以东博斯腾湖以西之地。另一支则以“吐鲁番”为中心。
“土鲁番汗国”即以后世的新疆吐鲁番作为活动中心，又译作“土尔番”，地处往来“西域”交通要道。“吐鲁番”在汉朝时，其地属于“车师”，隋时属“高昌”，唐灭“高昌”后置“西及交河县”，至宋时则为回鹘所占据。
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