自万历二十七年至崇祯十七年，是明朝与朝鲜的“宗藩关系”发生重大变化的时期。虽然明朝的国力已经日薄西山，但因为两次出重兵，并且花费了巨大的人力、物力、财力去帮助朝鲜抗击日本入侵，最终赢得胜利，成功保住朝鲜而备受朝鲜感激，由此产生的明朝“再造之恩”甚至影响了朝鲜近百年对清的政策。
明亡之际，面对更加强大的“后金政权”（满清朝廷），朝鲜也不得不根据现实的东亚局势而调整对“后金”的态度。然而，表面上的屈服并不能掩盖其心理上的“尊明”思想，而中、朝之间的“宗藩关系”便在这种复杂的改朝换代过程中，继续不尴不尬又很尴尬地发展起来了。
西元十六世纪末，日本尾张国“奴仆出身”的丰臣秀吉被其领主织田信长重用，随后在继承信长军事权力的基础上，逐步完成了对日本的统一，结束了日本群雄割据的所谓“战国时代”。为了转移日本国内各大领主之间的矛盾，丰臣秀吉居然策划并实施了大举入侵朝鲜的对外扩张政策。
丰臣秀吉的火速入侵与朝鲜落荒而逃的狼狈，在此形成了鲜明的对比。不到两个月，朝鲜就已经有了亡国之迹象。而明廷本着“兴亡继绝”的对藩原则，最终让“懒政皇帝”明神宗果断下达了救援朝鲜的命令。
但由于明廷内部贪污腐败、党争不断、腐朽堕落、财政困难等诸多因素影响，导致双方战况持续僵持不下，前前后后一拖再拖，打了七年才有了结果。这还得归功于一场意外，那就是“倭寇”首领突然暴毙。
西元1598 年8月18日，丰臣秀吉病死。早已疲惫不堪的日军趁机想要撤军，而明、鲜联军立马在“露梁海峡”对此进行拦截并发动攻击，于是双方展开了声势浩大而惨烈的海上大战。
最终，日本军队主力被歼灭，明朝和朝鲜也牺牲了邓子龙、李舜臣两员大将，历经七年牵扯中、日、朝三国的“壬辰战争”就此画上了句号。
经此一役，原本就国力已见衰颓之势的明朝更加元气大伤，而因作战不力导致的战期延长也暴露了明朝自中央政府至朝廷官员的无能与腐败。
清朝人编写的《明史》评论此次战役耗费巨多，将战争结束的根源归结于日本关白丰臣秀吉之死，也不是没有一点道理。万历二十七年（西元1599年）闰四月，明神宗以“平倭”诏告天下，标志着明朝的“抗倭援朝”战争终于结束了。
朝鲜因为明朝的援助而免受灭国之灾，在原本亲明的基础上，又产生了强烈的“再造之恩”的感念。因此，中、朝两国之间的“宗藩关系”也由此变得更加紧密起来。
不过，“壬辰战争”结束后，明朝忧虑的主要边患却变成了东北地区的“建州女真”诸部。在对抗后金袭扰的过程中，明朝曾下令朝鲜出兵协助剿敌，但无论主观上还是客观上，朝鲜能够助力的方面都少之又少。
当初，“高丽”不服明朝管制的原因，在于其与蒙元统治阶级的上层贵族有着实质性的“姻亲关系”，在心理上更加亲元；而两百多年后的“李氏朝鲜”，由于在“壬辰战争”中，明朝的鼎力援助而产生了“再造之恩”。
因此，朝鲜民众心理上更加亲明，但在综合实力上与满清相差悬殊，的确是有心无力。此后，朝鲜本身的政局也几经变换，更是有自顾不暇之感。
“后金”最初对朝鲜的冷漠态度并不放在心上，认为只要控制住朝鲜，就可以轻易打破明朝东北部的防线。然而，在皇太极称帝、定国号为“清”之后，朝鲜闻讯大惊，君臣羞愤，其“司宪府”掌令洪翼汉甚至提出直接斩杀后金派来劝进（招降）的使臣，并奏明中国（明朝），由此可见，朝鲜对明廷的态度是真诚的。
面对清朝的劝进（招抚），朝鲜起初分为“主和派”与“斥和派”，但双方就是否归降满清而意见不合，最终还是“斥和派”占了上风。这种君臣一体全面反对屈服的态度和名族气节，立刻引起了“后金政权”的不满。
于是，在西元1636 年十二月，皇太极统兵十万，挥师朝鲜。由于双方战备实力差距悬殊，朝鲜仁祖退避南汉山城。朝鲜王室弃城奔逃，虽心有不甘，但最终仍被攻城俘虏。
到了西元1638 年正月，皇太极命令“朝鲜国王”去掉明朝“年号”而奉清朝为“正朔”，向清朝称臣并按时纳贡，遣送两王子入京为“质子”，还要求朝鲜在义州、会产、应源等三处开放互市。
皇太极规定朝鲜必须“年贡一次，如有调兵必须扈从，不得擅筑城垣、不得擅收逃人、不得复与逃人贸易等等。”朝鲜历史上称此次战乱为“丙子虏乱”，从纪念名字上就能看出朝鲜对清朝在心理上厌恶和排斥。
朝鲜上到国君，下到臣民，在心理上还是倾向于依靠了近三百年的“大明王朝”。因为无论是真金、白银的物质馈赠，还是以书籍为媒介的中原文化，朝鲜在中国学习和发扬的是一种文化或者说文明，远非“满清”这种脱胎于游牧民族的野蛮与残暴所能恫吓的。这使得当时的朝鲜人在精神上无法立即做出适当割舍。
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