公元前595年12月--594年1月，巴比伦尼亚发生军队骚动。尼布甲尼撒二世残酷地镇压了骚动，巩固了自己的统治。密谋的参与者被送上以国王为首的军事法庭，他们被控背叛国家，破坏对国王的誓约而被判处死刑，其财产亦被没收。
公元前590年，埃及法老普萨美提克二世鼓动腓尼基与巴勒斯坦起来反对新巴比伦王国，以达到由埃及控制这一地区的目的。这些地区的一部分倒向了埃及。这时，米底同新巴比伦王国的联盟出现裂痕。为防米底入侵，尼布甲尼撒二世在西帕尔以北筑了一道长城，横越两河流域平原作为屏障。不过，由于米底另有强敌，因而与新巴比伦王国的矛盾未曾激化。
公元前587年，尼布甲尼撒二世再度进军巴勒斯坦，围困了耶路撒冷。埃及抛弃了倒向自己一边的谢德基亚。耶路撒冷被围一年后城破，城市遭到大肆抢劫和严重破坏，大部分居民被掳往巴比伦尼亚，史称“巴比伦之囚”。由此，新巴比伦王国在叙利亚巴勒斯坦的统治巩固了下来。
尼布甲尼撒二世虽将大部分精力用于对外征战，却未忽视国内建设。他注意发展经济，在尼普尔附近修建了一个巨大的水池，使很多河渠流往这里，在干旱时可调节水的分配。他注重巴比伦的城市建设，使该城成为一个重要的国际商业中心。城市有豪华的宫殿、着名的“宫中花园”、以及马尔都克神庙、伊丝塔尔女神神庙、巴比伦塔楼等着名建筑。在他统治时，巴比伦城修有两道围墙和一道护城河，城门装饰华丽，成为一个坚固的军事堡垒。
在尼布甲尼撒二世统治时期，王国处于极盛阶段。奴隶制经济有较大发展。奴隶广泛用于经济生活的各个领域。剥削奴隶的方式有新的变化，奴隶可代主人经商，可以租种主人或第三者的土地，甚至可以同自由民订立契约，但其人身隶属关系并未改变。神庙经济中大量使用奴隶，神庙奴隶（喜尔库）受到残酷的剥削和压迫。神庙拥有大量地产，并经营商业和手工业。大奴隶主阶级分为军事贵族和商人僧侣两大集团。僧侣集团势力强大，首都巴比伦城的马尔杜克神庙僧侣在诸城神庙中居领导地位，是新巴比伦王国政治生活中举足轻重的力量。代表军事贵族的那波帕LS和尼布甲尼撒二世均大量营造神庙，以争取神庙僧侣的支持。尼布甲尼撒二世建造的“空中花园”，后被誉为古代世界七大奇观之一。
公元前562年，强有力的尼布甲尼撒二世死后，新巴比伦王国的政局骤然恶化，在5年里换了三个国王。公元前561年即位的阿麦尔—马尔都克在军队的参予下于公元前561年被推翻；新上台的国王涅尔迦尔—沙尔—乌初尔又于公元前556年被赶下台；一个阿拉美亚人部落领袖的儿子那波尼德上台当了国王（公元前556--539年）。
从私法文书的情况看，那波尼德统治时期巴比伦尼亚的商品货币关系仍然非常活跃，国内形势似乎是很稳定的，他甚至离开巴比伦而在阿拉伯一呆便是10年，目的是为巴比伦尼亚寻找一条新的商道。
但有三件事引起了统治阶级中相当多的人的不满。一件事情是那波尼德不再崇奉原来巴比伦的主神马尔都克，而信奉月神（辛神），而且这个月神又不是原来巴比伦尼亚的月神，而是一个阿拉美亚人的月神，这引起了巴比伦祭司集团的不满；第二件事情是他长期离开巴比伦，而将朝政交给他的儿子贝尔—沙尔—乌初尔（《圣经》中称他为瓦尔塔沙尔），这不为统治阶级所理解；第三件事情是当时波斯人灭了米底王国和小亚细亚的吕底亚王国，这不仅使巴比伦尼亚同小亚希腊人的贸易受阻，而且使巴比伦尼亚处于半被包围的状态，使新巴比伦王国在国际上处于孤立地位。因此，巴比伦尼亚的工商业奴隶主同那波尼德的矛盾也尖锐化了。
而新巴比伦王国内部的阶级矛盾和民族矛盾（尤其是同犹太人之间的矛盾）本来就十分尖锐。
因此，当公元前539年波斯居鲁士二世率军大举入侵巴比伦尼亚时，虽然巴比伦城有两道围墙环绕，还有一条护城河包围，本是十分牢固、固若金汤的，但祭司竟打开大门放波斯军队入城，伯沙撒被杀，那波尼达被俘，新巴比伦王国存在了不到一百年便灭亡了。
新巴比伦王国虽然为时短暂，但它存在的时期却是两河流域历史上奴隶制经济最繁荣的时期，它在两河流域历史上留下了深深的印记。新巴比伦王国的灭亡，标志着两河流域历史独立发展的完结。从此它被一个个的外族入侵和统治，直至公元7世纪阿拉伯人入侵并统治这里。
考古发现：19世纪下半叶，在巴格达附近发掘出很多泥版和圆柱，使人对古巴比伦的历史认识大增。其中之一是深具价值的一份文献，称为拿波尼度编年史，现今收藏于大英博物馆。巴比伦王拿波尼度曾与儿子伯沙撒共同摄政。但他比儿子活得更久，后者于公元前539年10月5日的晚上在居鲁士手下的军队攻陷巴比伦时被杀。拿波尼度编年史就巴比伦的陷落提供一项注明日期的记录，帮助确定事件发生的时间。
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