司马德戡等人领兵从玄武门进入宫城，炀帝听到消息，换了衣服逃到西，裴虔通和元礼进兵推撞左门，魏氏开，乱兵进了永巷，问：“陛下在哪里？”有位美人出来指出了隋炀帝的所在。校尉令狐行达拔刀冲上去，隋炀帝躲在窗后对令狐行达说：“你想杀我吗？”令狐行达回答：“臣不敢，不过是想奉陛下西还长安罢了。”说完扶隋炀帝下去。
裴虔通本来是隋炀帝作晋王时的亲信，隋炀帝见到他，对他说：“你不是我的旧部吗！有什么仇要谋反？”裴虔通回答：“臣不敢谋反，但是将士想回家，我不过是想奉陛下回京师罢了。”隋炀帝说：“朕正打算回去，只为长江上游的运米船未到，现在和你们回去吧！”裴虔通于是领兵守住隋炀帝。天明后，孟秉派武装骑兵迎接宇文化及，宇文化及浑身颤抖说不出话，有人来参见，他只会低头靠在马鞍上连说：“罪过”表示感谢。
宇文化及到宫城门前，司马德戡迎接他入朝堂称丞相，裴虔通对隋炀帝说：“百官都在朝堂，需陛下亲自出去慰劳。”送上自己随从的坐骑，逼隋炀帝上马，隋炀帝嫌他的马鞍笼头破旧，换过新的才上马，裴虔通牵着马缰绳提着刀出宫城门，乱兵欢声动地。
宇文化及扬言：“哪用让这家伙出来，赶快弄回去结果了。”隋炀帝问：“虞世基在哪儿？”乱党马文举说：“已经枭首了。”于是将隋炀帝带回寝殿，裴虔通、司马德戡等拔出兵刃站在边上。隋炀帝叹息道：“我有什么罪该当如此？”马文举说：“陛下抛下宗庙不顾，不停地巡游，对外频频作战，对内极尽奢侈荒淫。致使强壮的男人都死于刀兵之下，妇女弱者死于沟壑之中，民不聊生，盗贼蜂起；一味任用奸佞，文过饰非，拒不纳谏，怎么说没罪！”
隋炀帝说：“我确实对不起老百姓，可你们这些人，荣华富贵都到了头，为什么还这样？今天这事，谁是主谋？”司马德戡说：“整个天下的人都怨恨，哪止一个人！”宇文化及又派封德彝宣布隋炀帝的罪状。隋炀帝说：“你可是士人，怎么也干这种事？”封德彝羞红了脸，退了下去，炀帝的爱子赵王杨杲才十二岁，在炀帝身边不停地嚎啕大哭，裴虔通杀了赵王，血溅到隋炀帝的衣服上。
叛军要杀炀帝，隋炀帝说：“天子自有天子的死法，怎么能对天子动刀，取鸩酒来！”马文举等人不答应，让令狐行达按着炀帝坐下。隋炀帝自己解下练巾交给令狐行达，令狐行达绞死了隋炀帝。当初，隋炀帝料到有遇难的一天，经常用罂装毒酒带在身边，对宠幸的各位美女说：“如果贼人到了，你们要先喝，然后我喝。”等到乱事真的来到，找毒酒时，左右都逃掉，竟然找不到，萧后和宫女撤下漆床板，做成小棺材，把隋炀帝和赵王杨杲一起停柩在西院流珠堂。
隋炀帝死后，隋炀帝与其党孟秉等推宇文化及为丞相，宇文化及首封司马德戡为温国公，食邑三千户，加光禄大夫，仍统本兵，宇文化及很猜忌他。宇文化及以左武卫将军陈棱为江都太守，总管留守事宜，命令内外戒严，声称准备回长安。皇后和六宫都按照老规矩作为御营，营房前另外搭帐，宇文化及在里面办公，仪仗和侍卫的人数，都比照着皇帝的规模，他们抢了江都人的船，取道彭城由水路向西行。
宇文化及因折冲郎将沈光骁勇，让他在御营内统领给使营。行进到显福宫，虎贲郎将麦孟才、虎牙郎钱杰和沈光商议：“我们都受了先帝极大的恩典，现在低头为仇人做事，受他驱使指挥，有什么脸见人！我一定要杀了他，死了也没有什么遗憾的！”沈光流着泪说：“这正是我指望将军的。”于是，孟才联合了与他有恩旧的人，率领数千名部下，约定早晨起床后准备出发时袭击宇文化及，消息走露，夜里宇文化及和心腹走到御营外面，派人通知司马德戡，让他去诛戮麦孟才等人。沈光听到营里喧哗，知道事情被发觉了，马上袭击宇文化及的营帐，空无所获，碰着内史侍郎元敏，就列举了元敏的罪状，杀了他。司马德戡领着兵进入营中围住沈光一行，杀了沈光，沈光手下的几百人全都拼杀而死，没有一个人投降，孟才也死了。
宇文化及拥有十几万人，占有六宫，自己的供养与隋炀帝完全相同，每天象帝王一样面朝南坐在帐中，有人奏事，他默然无语，下朝后，才取出上报的启、状和唐奉义、牛方裕、薛世良、张恺等人商量着处理。把少主杨浩交付给尚书省，命十几名卫士看守，派令史取少主签署的敕书，百官不再朝见皇帝。到彭城，水路不通，又抢百姓车、牛得二千辆，用来运载宫女和珍宝，长枪铠甲武器准备，全都由士兵背着，因为路远，累得很，士兵开始不满。
司马德戡私下里对赵行枢说：“你真是害我不浅！当今治平乱世，一定得靠杰出而有才干的人，化及没才能又糊涂，一群小人在他身边，肯定要坏事，那该怎么办？”赵行枢说：“全在我们这些人了，废除他又有什么难？”宇文化及部署诸将分别领兵，以司马德戡为礼部尚书，表面看是升官，实际是夺他的兵权。司马德戡因此愤恨不平，得到赏赐，都用来贿赂宇文智及，宇文智及替他说情，才派他领着一万多后军殿后。
于是，司马德戡、赵行枢与几位将领李本、尹正卿、宇文导师等策划，准备用后军袭击诛杀宇文化及，改立司马德戡为主。派人到孟海公那里，联结他做外援，拖延着没有发动，等着孟海公的回音。许弘仁、张恺知道了他们的计划，报告了宇文化及，宇文化及派宇文士及装作游猎，到后军，司马德戡不知道事情败露，出营迎接，宇文士及趁势逮捕他。
宇文化及责备司马德戡道：“我和阁下共同努力平定海内，冒着天大的风险。如今事情刚刚成功，正想一起保富贵，阁下又为何要谋反呢？”司马德戡说：“本来杀昏主，就是受不了他的荒淫暴虐，推立足下，却比昏主有过之而无不及，迫于人心，也是不得已。”宇文化及吊死了司马德戡，并杀了司马德戡十九名同党。
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