李茂贞在一封写给昭宗的信中嘲笑朝廷的软弱态度，信的结尾这是那句名言，“未审乘舆播越，自此何之！”，唐昭宗勃然暴怒，与宰相杜让能商议惩罚李茂贞，杜让能却进谏道：“陛下初登大宝，国难未平，李茂贞近在国门，不宜与他构怨，万一不克，后悔难追。”昭宗大骂让能：“王室日卑，号令不出国门，这正志士愤痛的时候，朕不能坐视陵夷，卿但为朕调兵输饷，朕自委诸王用兵，成败与卿无干。”战争是打响了，但朝廷的军队还是以失败告终，李茂贞领兵进军长安问罪。忠心的宰相杜让能站出来，用性命为昭宗化解了一难，此后大臣们也和昭宗走的远了。
李茂贞指使宦官杀死宰相崔绍纬，再次移师长安，唐昭宗被迫逃往河东去寻求李克用的庇护。而走到半路被李茂贞的盟友、华州刺史韩建追上，韩建恐吓昭宗说：“车驾渡河，无复还期。”挟持昭宗，抵达华州。堂堂一国之君就这样被大臣幽禁了将近三年。期间，皇室宗亲覃王李嗣周，延王李戒丕，通王李滋，沂王李禋，彭王李惕，丹王李允，及韶王、陈王、韩王、济王、睦王等十一人被杀。
朱温占据了东都洛阳，局势发生了重大变化，导致李茂贞、韩建和李克用建立暂时的联盟，他们决定宁可让昭宗回到长安，也不能让他落到朱温手里。唐昭宗回到长安，改元“光化”，以资庆祝，在宦官和官僚们之间的旧有矛盾又引起了另一场危机。以中尉刘季述为首的宦官垂死挣扎，进行最后的抗争，他们策划废黜唐昭宗，拥立太子。
宦官们实现了他们的计划，将昭宗关在了最熟悉的少阳院，为了防止昭宗逃跑，又熔铁浇在锁上，每日的饭食则从墙跟挖的小洞里送进去。但是宦官们害怕李克用、李茂贞和韩建等人会兴师问罪，将包袱抛给了朱温。而朱温并不想在残酷的宫廷政治中使自己陷得太深，相反他派人将实行政变的宦官们一个个都暗杀了，拥立昭宗复位，昭宗改元天复，加封朱温为梁王。
而李茂贞听说昭宗复位，特意从凤翔赶到长安，厚颜无耻的请求加封岐王，无功受禄，显得异常跋扈。此后，宰相崔胤想借朱温的力量诛杀宦官，大宦官韩全诲则和李茂贞联合，请来李茂贞的几千兵马驻守京城，保护长安。半年后朱温领兵讨伐韩全诲，韩全诲便迫使昭宗一起逃到了凤翔，朱温紧追不舍，将凤翔城包围起来。一直围困了一年多，李茂贞守得粮草用尽，从冬到春，雨雪又多，城里每天饿死和冻死的就有一千人，唐昭宗在宫中弄个小磨，每天磨豆麦喝粥，喝得他一点力气也没有。宫人们每天也有三四人死亡，百姓更惨，吃人的现象都很普遍了，“人肉每斤值百钱，犬肉值五百钱，每日进奉御膳，就把此肉充当。”
李茂贞实在没法再守下去了，和昭宗商量了一下，便将韩全诲等二十多名宦官斩杀，将他们的首级送给城外的朱温，同时将昭宗也交给了朱温，朱温带着到手的皇帝撤兵东去。回到长安，朱温命令他的士兵将几百名剩下的宦官赶到内侍省，在那里将他们残酷地杀掉，困惑中晚唐的宦官问题终于被朱温解决了，但是昭宗也完全落入了朱温的监控之下，苟延残喘的度过了他生命中的最后时光。大概是为了报答朱温，昭宗任命朱温为诸道兵马副元帅，相当于军队副总司令，又加封朱温为梁王，并赐“回天再造竭忠守正功臣”的荣誉称号，还有御笔《杨柳词》五首，可朱温早就利欲熏心，不可能看重这些。
朱温再次表请迁都洛阳，当昭宗“车驾至华州，民夹道呼万岁，上泣谓曰：‘勿呼万岁，朕不复为汝主矣！’”又对他的侍臣说：“朕今漂泊，不知竟落何所！”朱温把昭宗左右的小黄门、打球供奉、内园小儿等200余人全部缢杀，而代之以他选来的形貌大小相似的亲信。“昭宗初不能辨，久而方察，自是昭宗左右前后皆梁人矣！”
昭宗正在皇宫安歇，朱温的手下蒋玄晖和史太带领一百多人深夜来到宫殿，言军前有急事相奏，欲面见皇帝，昭宗的妃子见来人众多，正在犹豫，史太挥刀杀死她，闯入宫内。蒋玄晖入宫后见到昭仪李渐荣，问她：“皇帝在哪儿？”李渐荣大声说：“宁可杀了我们也不能伤害皇帝！”昭宗由于内心苦闷，喝了些酒，正在睡觉，听到有人入宫寻他，暗觉不妙，急忙起身。史太等人已经拿着剑冲入了椒殿，昭宗只穿着单衣绕柱躲藏，史太逼近，将昭宗杀害，时年三十八岁，昭仪李渐荣为了保护昭宗，伏在昭宗身上，也被杀害，群臣上谥曰圣穆景文孝皇帝，庙号昭宗。
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