在解决了镇海这个心腹大患之后，乃马真后又瞄准了耶律楚材与牙老瓦赤二人。
可耶律楚材不是那么好对付的，作为铁木真留给窝阔台最重要的的政治遗产之一，他在蒙古帝国内部享有极高的声望，而且他也是所有汉地官员的一个代表，贸然动他肯定会引起朝廷内部的动荡。
所以乃马真后与奥都剌合蛮、法玛提二人商量了一下，决定先除掉牙老瓦赤。
此时的牙老瓦赤已经被调往了中原协助耶律楚材理政，但他的儿子麻速忽却接替了他的职务，继续镇守西域，不过毕竟山高皇帝远，麻速忽也没有他爸在西域的根基深厚，根本不用担心他们能闹出什么乱子，所以乃马真后动起手来毫无顾忌。
可牙老瓦赤心里也明白，自己与奥都剌合蛮素来不合，经常为了税收的问题吵架，政治思维完全不在一个层级上，如今奥都剌合蛮搭上了乃马真后，定然会朝自己下手，于是他也效仿镇海，在乃马真后派出抓捕他的人马到来之前便逃出了都城，同样去投奔了阔端。
接连让镇海和牙老瓦赤两个人都跑了，乃马真后气的咬牙切齿，但又无可奈何，心里想着抓不着老的，我还对付不了小的么？于是急忙派人去河中之地抓捕牙老瓦赤的儿子麻速忽。
谁知道麻速忽比他爹还精，直接跑到了拔都的地盘乞求庇护，拔都与贵由势同水火，所以也丝毫没给乃马真后面子，直接拒绝放人，将麻速忽保护了起来。
乃马真后心里这个无奈呀，但威还是要立的，于是她只好随意抓个人来泄愤，管理呼罗珊的长官阔里吉斯就成了那个倒霉蛋；说起这个阔里吉斯，他的故事其实挺有意思的，他是畏吾儿人，却起了一个基督教徒的名字，可他又不是基督教徒，反而是个佛教徒。
他在年轻的时候因为有文化被术赤所赏识，于是命他专门负责教授皇室子弟们学习畏吾儿文字，在这期间他与镇海相识，镇海觉得他非常有能力，又将他举荐给了窝阔台，负责管理呼罗珊地区的内政（今伊朗、阿富汗等中亚国家地区）；他也兢兢业业地干活，在刚刚到任之后就立下了法规，禁止蒙古那颜与各级军官横征暴敛，不允许他们随意杀人抢劫，保护了波斯地区的百姓不受侵害。
最逗的是在他治理呼罗珊的期间，他受到了伊斯兰教义的影响，又从一个佛教徒变成了一个虔诚的穆斯林。
但因为他的所作所影响了蒙古贵族们的利益，于是在许多被他挡了财路的蒙古贵族进言挑拨后，他在乃马真后的眼里就成了为她立威的道具。
在杀掉了阔里吉斯后，乃马真后倒也没有胡乱折腾，而是从中书省中选择了一个叫阿儿浑的人去负责呼罗珊地区的行政事务，至于为什么选择这个人，则是因为他也懂得回鹘语，同样是西域人，比较了解当地的风土民情，能够更好地为蒙古帝国攫取利益；阿儿浑到任之后却没有横征暴敛，反而继续执行了阔里吉斯的政策，与民休养，完善法令，保护了当地的百姓，而且巧妙地化解了那些贪污的蒙古贵族对他的恶意中伤，最终得以善终。
一次又一次吃瘪后，乃马真后终于艰难地立了威，而后她便将奥都剌合蛮叫到自己的宫中，毫不避讳地与他苟且在一起，除此之外，她甚至还亲自将一批加盖了玉玺的空白圣旨交到奥都剌合蛮的手里，允许他在上面随意书写。
耶律楚材闻讯，急忙进宫劝谏，对乃马真后说道：“如果你们一定要如此做的话，那我坚决不会奉诏。”而后施礼告退。
乃马真后大怒，对耶律楚材暗生杀机，但碍于耶律楚材的地位又迟迟不敢下手，于是尝试着派法玛提带了五万两白银去耶律楚材的家里，希望能用钱来打动他。但耶律楚材岂是那等贪财之辈，他狠狠地训斥了一顿法玛提，并将她撵出了门外，并且传令对于不合理的旨意，中书省各级官员不得予以批复。
法玛提被折了面子十分生气，于是便在回宫之后添油加醋地描述了一番耶律楚材所说的话，乃马真后彻底怒了，觉得耶律楚材实在是太不上道了，遂决定跟他撕破脸皮。
第二天一早，耶律楚材刚到中书省衙门，便接到了乃马真后的旨意：“奥都剌合蛮所批准的奏折，史官都要记录下来，谁如果不执行，就砍断他的手。”
在场众人将目光聚焦到了耶律楚材的身上，耶律楚材怒喝道：“国家典故都是先帝委托到我的手中，事情如果合理我自然奉行，但如果不合理，我死都不怕，又怎么会怕断手 ？”
使者闻言轻蔑地一笑，对着耶律楚材说道：“那照中书令的意思，就是不准备接旨了？”
耶律楚材反唇相讥：“我为两位可汗做事三十多年，没有任何对不起国家的地方，皇后难道能在我没有犯错的情况下杀掉我么？”
使者自知理亏，气冲冲地离开了，但耶律楚材也自知抗衡不了乃马真后和奥都剌合蛮，心胸郁结之下竟重病不起，经过一番调理之后方才痊愈。
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