两株宝药到手，时间已经两个月过去。沈飞和完颜萍的行程也没有原来那样急匆匆了，开始在浙江各地慢慢闲逛。这次出来是关于医药方面的事情，沈飞顺便想验证一下后世一个中医的说法。李明珍《本草纲目》中提出“古今异制，古之一两，今用一钱可也”，成为此后医家用药的剂量的标准，明代一钱大约3.7克，民国一钱约3.1克，连现代《方剂学》教材都按这个标准以1两3克折算张仲景《伤寒论》里的剂量。直到八十年代汉代大司农权出土，搞清楚了汉代一两的份量，发现了这个问题，才引起了对李时珍的怀疑。被诟病者称为“从李时珍一直错到中国药典”。
也就是说以李时珍的说法为标准，从明末开始《伤寒论》经方里使用的剂量只有原方的十分之一，药效可想而知。明末是大瘟疫爆发的时候，沈飞化装连换了几个面目在民间行医，找了一些病人试了试，按《伤寒论》原方剂量用药效果如神，而按李时珍的标准把剂量减到十分之一则根本无效，后世中医的怀疑没错，确实是李时珍误导了用药剂量。
沈飞犹豫要不要点破一点，想了想还是放弃了。既然决定了旁观，就不要过度插手一些事情，否则单凭沈飞和完颜萍两个人就可以杀穿整个清军。崇祯六年明末大瘟疫就会在山西爆发，医生们就是治疗这次瘟疫时发现《伤寒论》的经方不管用了，另寻对策，这才从吴有性《瘟疫论》开始催生了温病学，到后来经过叶天士、吴鞠通等人发展，成了中医一个重要分支。
而且吴有性对瘟疫形成的原因“疹气”与现代病毒概念一致。薄珏制作玻璃镜继续钻研下去，或许再过些年就能制作出显微镜，确定能发现“疹气”。一次大瘟疫爆发和医治，能促进医学和科学重大进展，沈飞想着还是不要打乱这个过程了，只需要兜底，确保一些重要人物在瘟疫中的安全，不至于使局势恶化就行了。
在浙江行医闲逛的过程中，听到一些茶馆酒楼书院的议论，没有想到吴昌时卑劣小人，胆大包天，策划了焚烧玄武湖黄册案，甚至找倭人刺客南京户部尚书兼管吏部的郑三俊，还有平时秘宅养一些美女招待各种官员进行性贿赂的事情，还看到一些小册子和说书人到处宣扬这些事情，不过比较零碎，拼凑不出事件的全过程。
玄武湖在南京，遇刺的郑三俊也是南京高官，加上董应举说的制作饾版拱花的刻印专家吴正言也在南京，崇祯派阎应元南下整顿南京锦衣卫和京营，还有要收拾的左光先和陈洪范两个人也都在南京，南京是整个事件的中心，有很多重要人物在那里，看来只有去南京才能了解的事情的来龙去脉了，当下沈飞和完颜萍两人又迅速赶往了南京。
一到南京就先见到了阎应元，阎应元在第一次登场遇到崇祯时就看到过沈飞和完颜萍在场，知道两人也是崇祯的核心亲信圈子里的人，得知沈飞想了解吴昌时案情，就又像他介绍了钱谦益，讲述起了事件的过程。
钱谦益刚到南京第一天，就遇到了玄武湖黄册被烧事件，火势遍及岛上各处房屋，明初到现在两百多年的黄册全部被烧，岛上有负责定期晾晒黄册的五十个南京国子监监生、三十个办事吏员、三十七个水兵、两个医生，算赶来将近三百多人，这些里有很多不会水不能跳湖逃跑的，被烧死烧伤几十个人。
虽然黄册两百多年都是照抄胡编，但是毕竟是国家重要档案，更别说死伤这么多人，已经算是泼天大案了。在场的吴昌时说前几天冒辟疆应邀去阉党余孽阮大铖家里喝酒看戏，就听阮大铖酒后说现在要人口普查，后湖两百多年的黄册都没用，一把火烧了最好，一定是阮大铖指使人干的。
这案子如果深入调查岛上将近三百人没有死的一一询问不知道要多久，下午又出现一个大案，南京户部尚书郑三俊从玄武湖大火现场回来，骑马回户部衙门时，刚一下马就被埋伏在街边屋顶上的刺客打了一鸟铳，击中肩部靠近脖颈处，南京从来没有出过这样的事情，当时郑三俊身边都是一些文职的师爷和衙役，惊慌间只忙着救护，没人注意凶手的去向。不过已经又传出风声说又是阉党余孽干的，要在南京制造变乱，先在玄武湖黄册库房纵火，接着又刺杀郑三俊。郑三俊现在正在昏迷中，死活还不知道。
钱谦益不想陷在南京的案子中，提出先到昆山去看看。那里离张溥和张采的故乡太仓很近，算得上士子势力核心地区，汪汝淳也同意了。阮大铖这时不太南京，他的宅子当天已经被南京士子围攻过一次，他女儿阮丽珍以当众自杀威胁才逼退了众人，钱谦益在外围看见了。当晚临走前交代王世德保护一下阮大铖宅子和阮丽珍的安全就先去了昆山。
刚到了昆山就遇到退休阁老顾秉谦被当地士人和乡民围攻，八十多岁弃家逃走，宅子都被烧了，顾秉谦当过魏忠贤的走狗，天启六年辞官回乡，自然被当成了阉党。打听后得知之前有书生来拜访县令秦士奇，说要建立复社，在苏州举办尹山大会，想先整治一下顾秉谦立威，整肃一下风气。
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