随后命令中朗将辛獠儿领兵为前锋，深夜前进。攻破高昌城外围防线，直到高昌都城下。
侯君集领大军赶到，把高昌国都城团团围住。
高昌国兵士从城墙上用粗大绳索绑着吊筐，放下 一个人来。
唐军兵士上前围住查问，原是他是高昌国派往唐军帅帐送信的使者。
使者从吊筐里拿着一封文书走下来，由唐军兵士引导，入唐军帅帐进见侯君集。
使者递上文书，侯君集打开看，上面写着：
“得罪大唐天子是我国先帝，上天惩罚了他，他已经死了。
新国王麹智盛继承皇位没几天，盼大唐吏尚书侯大将军多加可怜同情！”
侯君集看完，对高昌使者说：
“你们新继位国君如果真心悔过，应当束手投降，我可以让他不死。”
使者得了唐军统帅意思，仍然跑着坐到吊筐里。由多名兵士在城墙上往上提拉大绳，把他提上城去。
侯君集耐心静静等了一天，并不见麹智盛出城投降。
于是下令兵士用正方形布作包袱盛装沙土，背土填沟，填平了护城沟堑，越过沟堑猛攻高昌都城。
城上的箭像下雨一样射下来，各种大小形状不同的石头也从城墙上面往下扔。
唐军被射死砸死的，射伤砸伤的，每天有几百人。
侯君集命兵士制造了多辆高架巢车(望楼车），车底有轮子，可推动。
楼车高近十丈，比城头还高过几尺，可以俯瞰城中。
车顶作战高脚屋蒙着生牛皮，敌人射箭扔石头伤不到高屋内兵士。
唐军兵士在高脚屋内往下射箭，城内高昌兵士害怕得很。被唐军射中的哀叫着死去。
麹智盛盼着西突厥来增援。西突厥同高昌国有协议，紧急情况相互帮助。
西突厥这次也曾发兵相救，因听说唐军这次是10万人马，援兵走到半路又折回去了。
麹智盛孤立无援，无可奈何命兵士打开城门，他领兵出城投降。
侯君集命令兵士绑住麹智盛，看押起来。
又把唐军分成多路人马，攻打占领高昌国境内其它城池。
连续攻下二十二座城，收降8046户人家，人。得高昌国土地东西800里、南北500里。
唐军进城前，高昌国曾有童谣传唱：
“高昌兵，
如雪霜，
唐家兵，
如太阳。
太阳照雪霜，
转眼都化光！”
到麹智盛归降，算是童谣应验。
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