随着清军的节节胜利，北疆地域全部都被左宗棠大人拿了下来。随后，清军的大部队直接从北疆跨过了戈壁滩和沙漠，走过了许多人们从未走过的路，沿着玛纳斯城的古迹，他们来到了达坂城下，达坂城区作为首府的东大门，自古就是丝绸之路上的重要驿站，联系南北疆的交通要冲，“达坂”维吾尔语是“山的脊梁”即隘口，自汉唐开始，即作为军政要地受到广泛关注，由此出现了重要的要地通道和交通要道白水涧道，以及军事要塞“白水镇”，并由此成为丝绸之路北道的重要经过地。
达坂城作为新疆南疆的第一道府县，它也是被推上了风口浪尖。新疆本就是一个地广人稀的地方，分别有整整十个府：“分别叫迪化、焉耆、疏勒、莎车、温宿、伊犁、库车、和阗、英吉沙尔厅和乌什厅。十个府但其实这并不是新疆的大致行政区划，麾下还有塔城、库尔喀喇乌苏、精河、吐鲁番、哈密、镇西共8直隶厅，兼巴楚一散县，共辖二十五各县，并且新疆民族纷繁复杂，稍有不慎就可能造成很大的灾害，维吾尔族人民他们凶猛彪悍、悍不畏死，从塔城守了十二年就可以看出他们的气魄和血性是一般人不可比的。新疆，分为天山北路的准部和天山南路的回部，统属於伊犁将军。其中的蒙古游牧地区实行盟旗制。维吾尔、布鲁特、塔吉克等族地区则实行伯克制。蒙古旧土尔扈特部与中路和硕特部设立旗、盟：旧土尔扈特部为南北东西四路乌讷恩素珠克图盟，和硕特部为巴图塞特奇勒图盟。
凖部地方设乌鲁木齐都统，统辖乌鲁木齐、库尔喀喇乌苏、吐鲁番、哈密、古城、巴里坤等城。其中迪化州、镇西府由新疆与甘肃省双重管辖。塔尔巴哈台由塔尔巴哈台参赞大臣管辖。伊犁及其以西地方由伊犁参赞大臣、领队大臣管理，回部设总理回疆事务大臣（喀什噶尔参赞大臣），统辖喀什噶尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔等城，等新疆建省，实行与内地相同的府、厅、州、县体制。在清朝的以前都称谓新疆不叫新疆，而叫：“回疆”，它的具体范围也是十分宽广，具体范围界定为，天山以南，昆仑山以北，东界为玉门关、阳关，西界在帕米尔高原，即今新疆南疆及东疆吐鲁番、哈密两地。中间有库鲁克塔格山相隔，形成两个相对独立的区域，其西部为塔里木盆地，东部为吐鲁番盆地，回部与天山北路的准部相对，并称“南回北准”，但是按照前人对于新疆的管理也是不一样的。
在塔里木盆地，朝廷设立“总理各回城事务参赞大臣”（亦称喀什噶尔参赞大臣），管辖回部喀什噶尔（今喀什）、英吉沙尔、叶尔羌（今莎车）、和阗（今和田）、乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔（今焉耆）等城办事、领队大臣及其军政事务，同时参照内地官制改造回疆旧有的伯克制度，任命维吾尔上层为各级伯克，管理各城、村事务，东部吐鲁番、哈密两地，清朝实行军、民两套体制并行的政策，军政方面设立吐鲁番领队大臣、哈密办事大臣，受制于乌鲁木齐都统；民政方面，设吐鲁番直隶厅，隶属迪化直隶州，哈密设理事粮厅，属镇西府，迪化州、镇西府组成镇迪道而隶属于甘肃省。这也算是划归一部分有经济实力的地方给了甘肃省，吐、哈两地维吾尔上层因归属清朝较早，且参加平定回疆叛乱有功而被授予王、贝勒、贝子、公、台吉等爵位，实行札萨克制度，拥有世袭领地，但受本城大臣监督，驻防的八旗兵丁在各城附近修筑规模略小的要塞，称为“满城”或“汉城”，供满、蒙、汉人官员及旗人居住，并驻扎军队。原有的旧城则称为“回城”，由伯克按照伊斯兰教法管理，伯克制是新疆维吾尔族地区历史上以“伯克”统领地方事务，具有封建领主制性质的统治制度。“伯克”为突厥语音译，意为“首长”、“王”、“头目”、“统治者”、“官吏”，后成为对新疆维吾尔族地方官吏或头人的称号。伯克原为世袭官职，一直延袭至和卓统治南疆时期。乾隆二十四年(1759年)，清朝平定和卓叛乱，统一新疆，任命维吾尔族原来官吏为各种伯克，管理各城事务。
随后就有了伊犁将军所管辖的大范围领土，直达葱岭和巴尔喀什湖一带，这个疆域范围不得不称其为小了。当清军兵临城下的时候，阿古柏的亲信他们依旧认为达坂城可以抵挡住清军的炮火轮击，刘锦棠将军对于这些来自中亚蛮邦的小国狂妄自大不屑一顾，他只管好自己的排兵布阵，给那些阿古柏军队来一点小小的大清震撼。在十一月六日，在刘锦棠、金顺等部清军的攻击下，阿古柏叛军坚守了3个月的玛纳斯光复，左宗棠拔除了阿古柏在北疆的最后一个据点，顺利底定北疆，阿古柏只得退守南疆。左宗棠收复新疆的战事出乎了所有人的意料，不仅是朝廷没想到左宗棠的进展有如此迅猛，就连支持阿古柏的英国人也没想到。为了保住阿古柏这个“代言人”，大英帝国罕见地与自己的宿敌沙俄帝国达成了一致，即共同支持阿古柏。英国人是想让阿古柏做统治新疆的代言人，而沙俄则是怕左宗棠平定阿古柏后能够腾出手来收复他们侵占的伊犁河谷地区。
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