虽然福州船政局也有一定规模，但是繁文缛节、琐碎的事情无时无刻的干扰着他，但是依然困难重重，如经费困难、官僚主义和腐败问题严重、工匠学习积极性不高等。但是沈葆桢没有被困难吓倒，他不断探索，解决问题，推进船厂的建设进度，终于在一年内建成了有所规模宏大、设备齐全的大型船厂。早在戊辰年间的第二年，“万年清”号轮船下水，马尾船厂已经生产了15艘轮船，轮机最初从外国进口，后来开始自造。但是此阶段建造的轮船都是木质轮船，轮机也较小，载重不足，速度慢，攻击力有限。
也是无巧不成书，甲戌年间，东南方向的日本发生了“牡丹社事件”，给我国带来了不小的影响，也就是这一年开始，中国水师卧薪尝胆，吃得苦中苦，方为人上人的精神激励着一代又一代人为了科技的蓬勃发展和轮船制造业的进步飞升，他们花费了无数个日日夜夜才完成了他们自己的作品，就是那一艘艘可以保家卫国的轮船就是他们津津乐道的作品。他们也不后悔在这件事情上花费了自己的青春和汗水。
随后为了解决人才的事情，沈葆桢决议在乙亥年挑选人才进入马尾造船厂和福州船政局学习并且当海军。为了解决船厂技术落后的问题，沈葆桢于乙亥年从船政学堂中选派魏瀚、陈兆翱、陈季同，刘步蟾、林泰曾 5 名学生到法国参观学习。后来，船政学堂又派遣三批学习到欧洲留学。事实证明沈葆桢是有先见之明的，这些学生回国后“南北洋争先留用，得之唯恐或后”，成为了我朝各大水师的骨干。
马尾船厂从依靠洋员造船变为华人设计自造，并逐渐制造铁甲战船。从乙亥年开始，马尾船厂开始自行设计、建造“艺新”号，到丙戌年建设完成，实现了国产轮船设计建造技术的飞跃。同时，沈葆桢决定自行建造铁甲舰，成功建造了“威远”号和“超武”号。此后，马尾船厂所造舰船的吨位大增，最大吨位达到了2400吨。根据统计，马尾船厂在大清帝国一共制造了40多艘舰船，其中多艘成为了北洋舰队的主力战舰。
也是辛苦福州船政局和马尾造船厂所有的工人和百姓共同奋斗努力的结果。左宗棠大人凭着一腔热血和忧国忧民的博大胸襟，终于把马尾造船厂建成了东南海疆里面最有实力的一座造船厂，并且负责东海一带的巡逻和保卫作用，必要时刻可以进行开炮还击。
马尾造船厂是左宗棠大人的心肝宝贝，也就想江南制造总局一样是李鸿章大人的心肝宝贝一样，这两个东南利器为大清国的东南海防尽了最大的两份力。
（牡丹社事件：，12月，琉球船只于台湾南部触礁，船员登岸后被牡丹社高山族人所误杀。琉球当时为中国属地，日本却声称为其领有，借口保护“属民”，策划侵略中国台湾。十二年（癸酉年），日本政府派外务卿副岛种臣等来华交涉。中国声称“二岛（台湾岛和琉球岛）俱我属土，属土之人自杀，裁次固在于我”。翌年（甲戌年）五月，日军于琅峤登陆，大举向牡丹社一带进攻，遭到以阿禄父子为首的高山族人民的反抗。迫于日军火力退入深山。日军为实现长期占领和不断扩张，在占领区内修桥筑路，并设立都督府。朝廷得悉，派船政大臣沈葆桢为钦差大臣、福建布政使潘蔚为帮办，前往台湾部署军事，加强海防。日军后援不继，又遇恶性疟疾流行，经英国公使威妥玛出面“调停”，与我国签订《中日台湾事件专约》，给日本政府白银50万两，作为“抚恤”及在台湾修路、建屋等补偿。日军于同年十二月撤军。）
这也就导致二十年后中日两国之间必定是有一场避免不了的战斗的。
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