司马昱使其后改年号为咸安，以明年为咸安元年。
由于司马昱与褚蒜子是叔嫂关系，称褚蒜子为太后似有不妥，但是鉴于褚蒜子巨大的声望，司马昱还是保留了褚蒜子崇德太后的尊称，并准许她继续居住在崇德宫。
由于司马昱为桓温所立，司马昱很清楚自己就是个傀儡，同时也十分清楚桓温想要什么，因此一登基便册封桓温为丞相，录尚书事，加九锡，总摄内外朝政，同时晋封桓温为楚王，再赐十郡给楚国，使楚王国成为一个拥有三十个郡的庞大独立王国。
桓温终于得到了自己梦寐以求的加九锡特权了，而且成为楚王后，他又多了一层身份，那就是楚国的君主，这是非常重要的一步，这也意思着桓温拥有自己组建楚国官员的资格，桓温将自己的老根据地，荆州的江陵立为楚国都城，在江陵营造宫室，封南康公主司马兴南为楚王妃，青城公主李娇为楚王次妃，长子桓陆改名为桓熙，立为楚王世子，改封次子桓济为临贺郡公，三子桓歆为临贺县公，四子桓伟、五子桓玄由于年幼尚未得封。
鉴于桓温巨大的权势，之前因为拒绝将女儿嫁到桓家的王坦之担心桓温会报复，因此主动为长子王恺求取桓家女，桓温也十分的大方，将长女桓伯子嫁给了王恺，同时为次子桓济求取已成为皇帝的司马昱之女为妻，司马昱将三女，已封为新安公主的司马道福嫁给桓济为妻，桓济因此也被封为驸马都尉。
由于上一任皇帝司马奕是桓温所废，所以桓温担心司马奕日后会报复，当时为了取得群臣的同意所以桓温才保留司马奕东海王的爵位，现在司马昱正式登基，木已成舟，所以桓温上书司马昱建议直接将已经降为东海王的司马奕直接废为庶人。
这让司马昱十分的为难，司马奕虽然已是废帝，但是毕竟大家都是同宗同族，而且所有人心里都明白，司马奕根本就没有什么过错，纯粹是桓温没事找事，所以没有同意桓温的请求。
桓温见司马昱不同意，便又退了一步，建议将司马奕从王降为公，封为海西公。
司马昱还是觉得不妥，毕竟司马奕是侄子晋成帝的亲儿子，都是晋元帝司马睿的血脉，如此根正苗红的皇室血脉降封为公实在是不妥，但是司马昱很清楚自己只是一个傀儡，桓温若是硬要这样做的话自己也没有办法，于是司马昱便主动找到了褚蒜子。
褚蒜子也觉得此事桓温做的实在是有些过份，已经把人家皇帝之位给废了，还要想把人家的爵位给废黜，实在是不应该，于是便主动召见桓温，要求桓温不得再为难司马奕一家。
桓温一看这事连褚蒜子都反对了，害怕会犯众怒，所以也就没有再坚持，但是为了防止司马奕东山再起，桓温虽然同意保留司马奕东海王的爵位，但是坚持要将他流放到外地。
可能司马昱也觉得司马奕若是留在京城的话，早晚会被桓温所害，所以也就同意了桓温在不给司马奕降爵的情况下，将司马奕一家流放到吴县的西柴里居住，由吴国内史刁彝和御史顾允领兵监管。
在将司马奕一家监管起来之后，桓温又以“滔乱宫闺”之名，将司马奕的三个庞臣相龙、计好、朱炅宝以及司马奕的两位嫔妃田美人和孟美人，连同两位美人所生的三个孩子全部杀死，以绝后患。
这事做的就相当不对了，本来桓温以阳痿之名废掉司马奕本身理由就太过扯蛋，天下人都知道桓温是故意找茬，不点破你也就算了，你还拿此为理由杀掉了人家的老婆跟孩子，让人家断子绝孙，这就有点太过份了。
尽管司马氏统治天下不得人心，但是桓温这样糟蹋一个当过皇帝的人，实在是不应该，因此天下很多人都十分的同意司马奕的遭遇，一些别有用心的人开始假借他的名义，声称奉他的诏命，聚众起事，起兵反叛朝廷。
由于当时的道教势力很大，也分了不少派别，其中一派的首领卢悚便有意借司马奕之事起兵反叛，因此便派弟子许龙秘密来到司马奕居处，自称奉了太后褚蒜子的密诏来迎司马奕回京复辟。
司马奕听了有些心动，桓温如此对待自己，不但废了自己的皇位，还杀害了自己的老婆孩子，要说不仇恨，那是假的，司马奕也想复仇，因此便想要答应共同起事。
但是这个司马奕的家眷出来极力劝阻，这也司马奕也意识到以桓温的势力并不是许龙之流能够对抗得了的，若是兵变失败肯定连他自己的性命也不保，经过反复思量，最终司马奕还是决定当个缩头乌龟，因此便又拒绝出门，并斥退了许龙。司马奕虽然拒绝了，但是卢悚还是以奉迎司马奕复位的的名义起兵造反，并且从者云集，卢悚起兵之后，临湘县令朱宝、西阳太守赵岳、广平太守步遐、东阳太守唐寓之、长山县令刘泓等纷纷起兵反叛，而且无一例外的都打着奉迎司马奕复位的旗号起兵，虽然这些叛乱都无一例外的被桓温强势镇压了下来，但是毕竟都是打着司马奕的旗号，这也让桓温再次对司马奕充满了警惕。
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