不久，徐阶因为劝谏朱载坖得罪了不少宦官，加上张居正与高拱联手对敌，于是徐阶下线，李春芳成为内阁首辅。
隆庆三年十二月，高拱复出，立刻开始报复徐阶，他指使言官上疏攻击徐阶起草的世宗遗诏有问题，又揭露徐阶三个儿子在乡间横行霸道，为恶一方。
徐家兼并田亩达数万顷、高息放贷，获取暴利虐民等事，自己也连上《正纲常定国是以仰裨圣政》及《辩大冤明大义以正国法》两疏。
指责徐阶欺谤先帝，假托诏旨！
对此，朱载坖的处理办法是嘉奖高拱，但不处理徐阶……据说是因为没听懂高拱的奏疏里说了啥。
高拱：……我的母语是无语！
隆庆五年五月，李春芳致仕，朱载坖任命高拱为内阁首辅。
他和张居正同心辅政，创造了一系列重大业绩，比如重用明朝水利大师潘季驯兴修水利，治理水患，大名鼎鼎的束水冲沙法就是潘季驯的得意之作。
另外，高拱、张居正都认为，能否进行改革，改革能否奏效，成败的关键首先在于用人。
于是将整顿吏治放在最重要的地位，要求自六部至地方各级文武官员，处事办案均定有程限限制。
必须按期准确办完上报，而且必须卷牍清楚，册档登载详细，以备检阅查核。
在高拱的建议下，朱载坖改革人事考绩制度，强调因事用人，不能因人设职。
强调惟才是举，因才酌用，不许庸碌贪婪者滥竽充数，浑噩官场。
强调严功罪以定迁黜，提倡以实心行实政，办实事。
不以科目等级名次作为用人的主要标准，根据业绩破格用人，他官不得与之同论俸资。
凡领凭而不到任之官，一律免职降用，对经查实有据的贪婪官员不许再朦胧复职，而对于虽被科道弹劾之员，仍必须核实证据然后再作处置。
对冒牌伪官一律拿解严惩；对冗官冗吏一律裁革。
甚至于，对世袭山东曲阜知县的孔氏后人，高拱、张居正也敢下手，同样革免世职特权。
另一方面，高拱又多次专疏奏荐贤能，如请起用原礼部尚书高仪、原工部尚书朱衡及名将谭纶、戚继光、王崇古等。
同时，颁行《考察论劾事例》，规定凡官员贪酷异常者提问，才力不及者分别等第或调简僻，或调闲散，或降级或改教，二次不及者以罢软论。
这些规定比原来的处分均有加重。对于寄生于各衙门的冗官冗吏大力裁斥，对于衰疲老迈之员，分别安排退休。
明朝首辅，张居正称第一，高拱不说二三，至少也能占个第四。
可惜，朱载坖死后，两人争权，最终高拱失败回家，终老乡野。
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