建兴五年（317年）4月6日，司马睿承制改元，即晋王位（尚未称帝），改元建武，史称东晋。他广辟掾属以为辅佐，有“百六掾”之称。农历六月，孤悬在北方的晋地方长官刘琨、段匹磾、刘翰等一百八十人上书劝进。[1]
登基称帝
建武二年（318年）4月23日，晋愍帝死于汉国的讣告传到江东，司马睿才于4月26日即皇帝位（“上尊号”），改元太兴。东晋据长江中下游以及淮河、珠江流域地区。
司马睿即位后，因为在皇族中声望不够，势单力薄，所以得不到南北士族的支持，皇位不稳。但是，他重用了王导。王导运用策略，使南方士族支持司马睿，使北方南迁的士族也决意拥护司马睿，稳定了东晋政权，维持了偏安局面。司马睿十分感激王导，任他为宰相，执掌朝政。时人谓之“王与马，共天下”。[3]
大权旁落
司马睿完全信任王导，叫他“仲父”，把他比作自己的“萧何”。王导也经常劝谏司马睿克己勤俭，优待南方士民，与人为善。司马睿和王导在草创期上演了一场君臣相敬相爱的佳话。琅琊王家也达到了权势的高峰，除了王导担任丞相，王敦控制着长江中游，兵强马壮；四分之三的朝野官员是王家人的或者与王家相关的人。另外，王家在南朝时期出了八位皇后。
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