淝水之战后，东晋趁北方大乱之机，收复了巴蜀及山东河南大片失地，一直打到黄河北面的邺城。后来由于翟魏、西燕、后燕等胡族政权的反攻加上东晋朝廷的内斗，东晋在淝水战后所收复的淮北土地至孝武帝末年又大部丧失。
主相相持
淝水之战的胜利延续了东晋王朝的命脉，但内部的权力结构却发生了微妙的变化，随之而来的则是统治集团的内讧。在门阀政治下隐忍已久的孝武帝司马曜在前秦南侵期间的太元八年（383年）九月便以胞弟琅邪王司马道子录尚书六条事，开始分谢安的权。[1]陈郡谢氏主导了淝水之战的胜利，却遭遇功高不赏的窘境。这一是因为长江上下游的桓、谢矛盾，但该矛盾由于淝水战后不久桓冲死去、桓氏暂时无人而化解；二是因为孝武帝、司马道子代表的司马氏皇权向士族门阀的挑战，这是导致谢氏面临危机的主要原因。当时太原王氏的王国宝等人以“谗谀之计”离间孝武帝与谢安关系，再加上谢安本有名士情结，不愿争权夺利，便作出让步，于太元九年（384年）八月自请北征，并于翌年四月出居广陵，八月去世。司马道子顺理成章地成为扬州刺史、录尚书事、都督中外诸军事。随着谢安被排挤及死去，谢玄也不能自安于北府之任，加以北伐失利和疾病的原因，于太元十二年（387年）正月解除兵权，退就会稽内史，一年后去世，他所节制的徐、青、兖三州也先后被司马道子（兼领徐州刺史）和谯王司马恬（青、兖二州刺史）这两位皇室成员瓜分。谢玄的引退标志着陈郡谢氏的门阀政治落下帷幕，也意味着孝武帝完成了皇权的收回。
尽管孝武帝实现了亲政，“威权己出”[1]，但他显然不是一位合格的君主。孝武帝与其弟司马道子一起沉湎酒色，把宫廷搞的乌烟瘴气，又信奉佛教，宠幸僧尼，朝政日益昏暗。然而，在孝武帝和司马道子“酣歌为务”的表面下，兄弟之间却潜藏着深刻的矛盾，从而形成了太元后期的“主相相持”格局。主相相持直接表现为外戚太原王氏内部的矛盾，即孝武帝王皇后出身的王恭一系和琅邪王妃出身的王忱、王国宝一系之间的斗争。太原王氏虽继陈郡谢氏而兴，但既无人才亦无事功，不足以制约皇权并维持政局的平衡，只有分别依附司马氏而贪图门户利益，这与此前的门阀政治格局已大不相同。司马道子成为宰相后，权势越来越大，袁悦之更劝司马道子专揽朝政，王恭乃请孝武帝杀袁悦之。孝武帝托以它罪杀袁悦之于市中，“既而朋党同异之声，播于朝野矣”。主相之间的矛盾由于袁悦之被杀而公开化了，这是太元十四年（389年）十一月的事。
太元十四年（389年）六月和太元十五年（390年）正月，镇江陵的荆州刺史桓石民和镇京口的青、兖二州刺史谯王司马恬相继死去，对上下游的争夺遂成为主相相持的焦点。江陵、京口两藩分别为王忱和王恭所得，到太元十五年（390年）八月，司马道子又以其同党庾楷为豫州刺史。
太元十七年（392年）十月，王忱病死于荆州刺史任上，激起了孝武帝夺回荆州的努力，东晋政局又为之一变。司马道子欲以王国宝继其弟为荆州刺史，孝武帝自然不乐见荆州这块肥肉落入司马道子手中，他迅速采取行动，不经司马道子所控制的吏部铨选，以“中诏”任命心腹近臣殷仲堪为荆州刺史。与此同时，孝武帝还任命“以才学文章见昵”的郗恢代替以老病退的朱序为雍州刺史，镇守襄阳。透过这一系列的人事变动，孝武帝在主相相持中占了上风。
戏言被弑
孝武帝的皇后是“嗜酒骄妒”的王法慧，她在太元五年（380年）去世，此后孝武帝未再立后，而是宠幸淑媛陈归女和张贵人。
太元二十一年九月庚申日（396年11月6日），孝武帝在后宫清暑殿中与张贵人一起喝酒。孝武帝喝高了，对张贵人开玩笑说：“你年近三十，美色大不如前，又没生孩子，白占着一个贵人的名位，明天我就废了你，另找个年轻貌美的姑娘。”张贵人听了后内心妒火中烧，而烂醉如泥的孝武帝毫无察觉，玩笑越开越厉害，张贵人遂起杀心。她先让孝武帝周边的宦官们也喝醉，等孝武帝和宦官们纷纷醉倒睡去后，她召来心腹宫女，乘孝武帝熟睡之际，用被子把睡梦中的孝武帝给活活捂死了。
随后，张贵人谎称皇帝于睡梦中“魇崩”。中书令王国宝深夜前来，叩打禁宫的大门，打算进去替皇帝撰写遗诏，被王恭之弟侍中王爽阻止。而当时司马道子（已徙封会稽王）也终日声色犬马，由其子司马元显执政，这对父子原本就站在孝武帝的对立面，正当主相相持中被孝武帝一方压制，对孝武帝之死求之不得，因而对张贵人不予追究。皇太子司马德宗即位，是为晋安帝，晋安帝的智力残疾程度甚于晋惠帝，自然也不会追究父皇之死。史学家吕思勉怀疑孝武帝以酒后戏言而被张贵人所弑乃真凶散布的谣言，但他被宫人弑杀应属无疑，从而暗示孝武帝之死很可能是司马道子父子及其党羽王国宝等人策划的阴谋。
司马曜死后，谥号孝武皇帝，庙号烈宗，与孝武定皇后王法慧共葬于隆平陵（今JS省NJ市钟山之梅花山）。
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