政变遇害
隆昌元年（494年）七月二十日，萧鸾派萧谌、萧坦之等在办公楼里诛杀曹道刚、朱隆之等人，然后率兵从尚书省进入云龙门，王晏、徐孝嗣、萧坦之、陈显达、王广之、沈文季都跟着进来。萧昭业当时在寿昌殿，听说外面有变，便派人关闭内殿各房阁，让宦官爬到兴光楼上察看情况，回来报告说：“看到一个人穿着军装，后随数百人，全副武装，在西楼下。”不一会儿，萧谌领兵先入宫来，截阻寿昌阁，萧昭业跑到爱姬徐氏的房里，拔剑自杀不中，用帛包扎着脖子，乘小车出延德殿。萧谌一入殿时，宫中宿卫将士都拿着弓盾准备拒战，萧谌对他们说：“我们要找的不是你们，你们不要乱动！”宿卫相信他，等看到萧昭业出来，他们还想奋战，萧昭业竟一言不发。萧昭业出西弄，便被杀死，年仅二十二岁。小车拉着尸首出徐龙驹府宅，按照王礼殡葬。余党也都被杀掉。七月二十一日，萧鸾以皇太后王宝明名义下诏，追贬萧昭业为郁陵王，并提议立新安王萧昭文为皇帝。七月二十五日，萧昭文继位。
历史评价
萧子显《南齐书》：①“郁林王风华外美，众所同惑。伏情隐诈，难以貌求。立嫡以长，未知瑕衅，世祖之心，不变周道。既而愆鄙内作，兆自宫闱，虽为害未远，足倾社稷。《春秋》书梁伯之过，言其自取亡也。”；②“十愆有一，无国不失。郁林负荷，弃礼亡律。”
李延寿《南史》：“郁林地居长嫡，瑕衅未彰，而武皇之心，不变周道，故得保兹守器，正位尊极。既而愆鄙内作，兆自宫闱，虽为害未远，而足倾社稷。郭璞称永昌之名，有二日之象，隆昌之号，实亦同焉。”
轶事典故
萧昭业的曾祖父齐高帝萧道成在南朝宋担任丞相时，镇守东府，当时萧昭业五岁，在床前玩耍。齐高帝正让左右侍从给他拔白头发，就问萧昭业说：“孩子你说我是谁？”萧昭业回答说：“太翁。”齐高帝笑着对左右说：“难道有做别人曾祖父却要拔掉白头发的么？”随即扔掉镜子和镊子。后来有客人到府上询问，齐高帝指着萧昭业对客人说：“我有他，就够四代。”
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