小智一行人打赢了可尔妮后，继续旅行。
期间，希特隆的勒克猫回归了。
然后小智继续旅行中。
再次遇到了三平，呱头蛙进化成了甲贺忍蛙。
然后又遇到了之前遇到的乌贼王，这一次，小次郎的好啦鱿进化成乌贼王干趴了三只乌贼王。
结果三只乌贼王被黑暗种子的力量吸引，变成黑暗神奇宝贝了。
结局自然是甲贺忍蛙一刀斩断黑暗力量后，被小次郎的恶乌贼打成了狗。最后被藏在暗处的君莎小姐一把抓获。
然后小智就遇到了黏黏宝。
由于小智有龙波导，很轻松收服了黏黏宝，帮助黏黏宝克服了害怕妖精系的问题后，拉鲁拉丝进化成了奇鲁莉安。
随后，众人到了新的城市，打败了道馆训练家福爷，随后准备道馆战。
走到了荒野地区，遇到了一只被黑暗种子之力侵蚀的噗噗猪。
黏黏宝进化成黏美儿，打败了噗噗猪后，甲贺忍蛙解决了这边的黑暗种子。
随后，希特隆回去解决道馆的麻烦去了，闪焰队再次袭来。
误打误撞结果放火烧山，于是，黏美儿强行吸收了小智身体里巨量的龙波导力量唤醒基因里面的远古活性，变成了洗翠的模样后，用超强大的祈雨降下大雨，随后，强行进化成古代种的黏美龙。
然后就是经典的皮卡丘收割时间。
回到密阿雷市后，小智把情况跟博士们讨论了一下。
【火蛾子：我倒是听说过，好像这是洗翠元年事情了。】
【大婆婆：龙波导确实有唤醒精灵细胞远古记忆的能力。】
【希罗娜：看起来奶奶有研究课题了。】
【布拉塔诺：速速送来研究！】
于是，小智带着神奇宝贝们打赢了希特隆的道馆后，黏美龙被留在研究所暂时进行研究，小智则要了一块觉醒石，让奇鲁莉安进化成艾路雷朵。
莎莉娜的奇鲁莉安吃下神奇糖果直接进化成沙奈朵。
随后，小智的艾路雷朵和莎莉娜的沙奈朵进行了一场mega战。
紧接着，小智回到了黏美龙的故乡，黏美龙这次有了古代的力量加上已经完全消化龙波导带来的加持，轻松用急冻光线打败了花洁夫人。
但是，这时，一只全身被黑暗力量覆盖的花叶蒂突然乱入了。
“黑暗种子，居然也在这里！”
小智没想到这里居然也被污染了。
随后，又一次被复活的狗豪出现了。
【狗豪：多谢了，花洁夫人，你的好妹妹我就不客气地奉献给黑暗了，还有你忠实的小迷弟们！】
花洁夫人都明白了，当初自己是信错人了。
“花洁夫人。”
小智不知道发生了什么。
【喵喵：花洁夫人说，当时她的家乡受到了黑暗种子的攻击，她的妹妹重伤，于是，她遇到了狗豪，狗豪假意治病然后告诉他这边有治疗一切伤势的泉水，她才兴战的。】
【胆小龙：你这个混蛋，老子跟你拼了！】
【永远的老大：真TM畜牲啊。】
【武藏：这等滚蛋必须就地正法！】
【小次郎：没错！太可恨了！】
【狗豪：没用的，让你们看看我的影响力吧！】
话音刚落，全部的神奇宝贝都变成了黑色。
【狗豪：现在，这里全部的神奇宝贝都是黑暗神奇宝贝了。】
黑暗花洁夫人立刻率领神奇宝贝们攻击小智他们。
于是，黏美龙彻底被激怒了，一记龙星群下去，把黑暗神奇宝贝们打的七七八八。
火箭队三人组立刻使用净化装置全部净化。
随后，黑暗花洁夫人立刻用月亮之力偷袭黏美龙。
黏美龙吃痛后，用急冻光线冻住了黑暗花洁夫人。
“小智，花洁夫人似乎还有意识，用强大的雷电可以粉碎邪恶的意志！”
小次郎看出了端倪，立刻喊话。
黏美龙立刻使出祈雨加上打雷，驱散了花洁夫人的邪恶力量。
【狗豪：黑暗之力！】
狗豪继续用黑暗种子的力量要影响他们。
但是花洁夫人用了神秘守护后，用藤鞭抓住了花叶蒂。
黏美龙立刻使用龙星群。
随后，甲贺忍蛙一刀净化了花叶蒂，随后用水炮将狗豪打飞，撞在山下。
狗豪立刻吸收全部泉水中的复活力量，变成尸体神奇宝贝。
结局自然是日光束加上龙星群加上十万伏特组合攻击与甲贺忍蛙的净化力量一刀斩解决了对手。
“太好了，黏美龙。”
黏美龙最后决定将这里交给花洁夫人照顾，花洁夫人也将花叶蒂托付给小智。
小智报销了一块最高等级的光之石让她进化并治好了这只花洁夫人。
【花小妹：各位大佬好。】
【老喷：你好啊，小老妹，你的好哥哥在那边哦。】
【花小妹：这就是关都吗。】
【天涯孤客：妖精系的神奇宝贝比较少，所以，你那边很清闲哦，你的小哥哥可以去找你玩。】
【胆小龙：小妹妹，哥带你熟悉一下环境吧。】
这边完美解决后，甲贺忍蛙的身体出现了变化。
“甲贺忍蛙，你没事吧？”
小智不知道甲贺忍蛙怎么了。
但是在路上，他们遇到了蒂安希。
找到了伊裴尔塔尔和哲尔尼亚斯后，两只神兽告诉小智，甲贺忍蛙吸收了太多邪恶的力量，开始影响他的心智了。
于是，在蒂安希的帮助下，甲贺忍蛙恢复正常，然后就是一顿神兽组合大礼包。
然而，小智还不知道，甲贺忍蛙体内已经被灌入了神秘的力量。
于是，小智转过头继续挑战道馆，拿到了熏衣道馆的徽章同时认识了小迷弟翔太。
于是，小智继续旅行前往新的道馆所在地。
路上，摔跤鹰和怪力对练的时候发现了一枚蛋。
于是，火箭雀帮忙孵化后，小智收服了嗡蝠。
路上还让刚出生的嗡蝠参加空中接力赛熟悉飞行。
然后就是前往下一座城镇时，遇到了火焰鸟，小智的火箭雀进化成烈箭翁了。
而且还和火焰鸟打平了。
很快，小智就到了百刻市。
结果却遇到了不明人士的袭击。
当甲贺忍蛙出现的时候，日晷居然迸发出一股光芒。
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