一些着名的科学家在自己的实验室中遭到袭击，珍贵的研究资料被销毁，实验设备被破坏。
一些教育家的学校被纵火烧毁，学生被强制转入宗教学校。
对于那些影响力较大的反对者，宗教组织采用了更加直接的暴力手段，他们组织了专门的暗杀小组，对这些人进行有计划的谋杀，这些暗杀往往伪装成意外事故或普通的犯罪案件，但知情人都清楚真正的幕后黑手是谁。
着名的物理学家马克森博士是第一个遭到暗杀的知识分子，他因为公开批评宗教组织的反科学政策而成为目标，一天晚上，当他从实验室回家的路上，遭到了几名蒙面人的袭击，虽然表面上看起来像是抢劫案件，但马克森博士的钱包和贵重物品都没有被拿走，这明显是一起有预谋的政治暗杀。
工程师联合会的主席汤姆逊先生也遭到了类似的命运，他因为拒绝让工程师们放弃技术工作而成为宗教组织的眼中钉，在一次工程事故中，他"意外"死亡，但事后调查发现，事故现场有明显的人为破坏痕迹。
除了直接的暴力手段之外，宗教组织还采用了系统性的诋毁和污蔑策略，他们利用自己控制的媒体和宣传机构，对反对者进行恶意的人身攻击，这些攻击不仅针对反对者的政治观点，还涉及他们的个人品德、家庭生活、过去经历等各个方面。
宗教宣传机构会编造各种虚假的罪名来污蔑反对者，包括贪污腐败、道德败坏、叛国通敌等。
这些指控往往没有任何事实依据，但在宗教狂热分子的反复宣传下，很多普通民众开始相信这些谎言，一些原本受人尊敬的知识分子和社会精英因此名誉扫地，失去了社会影响力。
更加卑劣的是，宗教组织还会利用反对者的家庭成员来进行要挟和威胁，他们会绑架反对者的妻子和孩子，用他们的生命安全来要挟反对者放弃抵抗，一些坚持原则的人士为了保护家人的安全，不得不选择沉默。
在这种全方位的暴力镇压和恐怖统治下，反对宗教极端主义的声音逐渐消失了，那些曾经试图力挽狂澜的有识之士要么被杀害，要么被迫流亡，要么选择了沉默，整个重城陷入了宗教极端主义的黑暗统治之中。
到了第一百年的时候，重城内的信教百姓比例已经达到了惊人的百分之八十五，在这个时候，宗教组织已经完全控制了重城的政治、经济、文化以及军事等各个方面，他们不再需要掩饰自己的真实意图，开始公开实施更加极端的政策。
就在这个关键时刻，宗教组织做出了一个令人发指的决定：他们要把所有不信教的百姓驱赶出重城，让这些人在城外进行种植、生产和狩猎活动，以此来供养城内的宗教信徒。
这个决定的残酷性和非人道性达到了令人震惊的程度。
宗教领袖们宣称，重城是神圣的宗教圣地，不应该被异教徒的存在所玷污，他们声称，让异教徒离开重城是为了维护宗教的纯洁性，也是对异教徒的一种"仁慈"，因为这样可以避免他们继续生活在"罪恶"之中。
这种驱逐行动是有组织、有计划的大规模迫害活动。
宗教组织制定了详细的驱逐计划，包括确定驱逐对象、安排驱逐时间、分配驱逐区域等，所有不信教的家庭都被强制登记造册，他们的财产被没收，只允许携带最基本的生活用品离开重城。
驱逐过程极其残酷和屈辱。
宗教武装人员挨家挨户地搜查，强制非信教家庭在规定时间内离开住所。任何试图反抗或拖延的人都会遭到暴力对待，老人、妇女、儿童都不能幸免，他们被迫在恶劣的天气条件下长途跋涉到指定的城外区域。
这些被驱逐的人们在城外的生活条件极其艰苦，他们没有固定的住所，只能搭建简陋的棚屋来遮风挡雨，他们没有足够的工具和设备来进行农业生产，只能用最原始的方法来耕种土地。
食物短缺、疾病流行、死亡率高成为了他们日常生活的常态。
宗教组织控制这些城外非信教百姓的方法既简单又有效，除了使用武力威胁之外，他们主要通过控制生产工具和生活物资的供应来实现控制，所有的农耕工具、种子、药品、布匹等必需品都掌握在宗教组织手中，非信教百姓必须用自己生产的粮食和猎获的动物来换取这些物品。
这种交换是极不公平的。
宗教组织故意压低农产品和猎物的价格，同时抬高工具和物资的价格，确保非信教百姓永远处于贫困和依赖的状态，即使是最勤劳的农民，也只能勉强维持基本的生存需要，根本无法积累财富或改善生活条件。
更加残酷的是，宗教组织还会定期派遣武装人员到城外进行"检查"和"收税"。这些所谓的检查实际上是抢劫和勒索，武装人员会强制征收大量的农产品和猎物，经常让非信教百姓面临饥饿的威胁，任何试图隐瞒产量或反抗征收的人都会遭到严厉的惩罚。
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