此时沈充麾下谋士陆修看到二人犹豫不决，于是说道：“今天子正在于前，我军前锋以败，军心骚乱。此时不可犹豫不决当速速而定！”
沈充说道：“请问先生，可有破敌之法？”
陆修说道：“有上中下三策也。”
又说道：“开凿湖水引灌京城，用水师速进，大事定也，不战而屈人之兵，此上策也！现在军中不知王敦已故，士气仍可用也，合诸将之力，与其一决雌雄，此中策也！转祸为福，因败未成，弃钱凤而逃，此下策也！”
沈充说道：“此下策，乃上策也！”
王含说道：“此时若败，当败也，若胜不失为公侯。”于是出营命周抚率军渡济水强攻，朝廷以护军将军应詹，率军拒守。王师被破，应詹大败。周抚等人攻至宣阳门，王导急命征虏将军刘建，威晋将军公孙成急攻周抚。此时，兖州刺史刘遐，鹰扬将军苏峻率军自南塘而攻，周抚被围。
沈充率军而来，解围周抚。两军交战，沈充大败。王师四面围上。
苏峻喊道：“破贼之时，正在今日！众将与某共守晋业！”王师士气大振，士卒无不当先。
沈充见状弃军而逃，周抚兵败投降。王含得知沈充败逃，亲自率军前来，与苏峻等人相战，两军交战，王含大败，弃军而逃。钱凤得知军队纷纷溃败，欲北投后赵。与其子钱骞逃至历阳被斩，传首建康。此时沈充败逃吴兴郡，被麾下吴宣斩首邀功，传首建康。
王含逃回芜湖，见到王应，王应劝说王含：“父亲此时营当投奔王舒，王舒甲兵俱在，仍有一战之力！”
王含说道：“我欲去江州，汝要随我一同前往。”
王应说道：“江州地广人稀，不易前往！不如转投荆州刺史王彬。”
王含答应，于是父子二人前往荆州，荆州刺史王彬得知此时王敦兵败如山倒，且已经病死，于是拒绝两人入城。又命麾下将领率军攻打，王含，王应不敌王彬，王应，王含二人皆被王彬沉湖淹死。王舒得知王含要来，于是备好车马和渡船，过了一日，才得知王含王应已经被处死了。对着湖面说道：“天意也，此乃天意也。”
王敦家眷皆被废为庶人，麾下领兵者纷纷发配戍边。
晋明帝司马绍大宴众将，赏受军功。将鹰扬将军苏峻升为冠军将军、历阳内史、散骑常侍，封邵陵县公。封温峤为建宁县公，庾亮为永昌县公，郗鉴为高平县侯，应詹赐亲阳县侯，卞壶为建兴县侯，授刘遐泉陵公，升任北中郎将、徐州刺史。封征虏将军刘建为于湖伯，侍中。将刘超改任射声校尉授，而威晋将军公孙成赐为广德伯。
此时沈充麾下陆修起兵造反，攻入武康，公孙成受命领军征讨，陆修拒守武康，闭门不战。公孙成没有强攻，命士卒堆土，将土堆堆至城墙齐平，士卒踩着土堆，杀入城中，大破陆修，公孙成斩杀陆修，传首建康。
王导推荐虞翻孙子，虞潭任吴兴郡太守，庾亮准许。
有司建言：“王敦罪恶滔天，目无君上，且王敦有崔杼王浚之心。当开棺戮尸，以惩其恶！”司马绍同意有司之言。
于是晋明帝司马绍命人将王敦开棺，焚其衣冠，斩其首级，与沈充钱凤等人首级，全部悬挂于城南。以应詹替王舒，任江州刺史，王舒被封会稽内史，抚军将军即刻上任。
王舒却说道：“为避父亲名讳，我不能上任会稽内史！”
庾亮回道：“你父乃王会，你避何人名讳？”
王舒说：“我父姓王名会，你命我去会稽郡就任！你如此不尊故者也！”
庾亮说：“「会」乃多音字也，二者字同音不同！”
王舒继续说道：“二者字同，音却不同！却乃同一字也！”
庾亮无奈说道：“便改「会」为「郐」！同音相似之字，这样如何？”
王舒说道：“这样便好！”王舒即刻前去上任。
朝廷又将陶侃改任，为征西大将军，都督荆州，湘州，雍州，梁州四洲诸军事，荆州刺史，改王彬为安南将军，广州刺史。王彬不满。
上书朝廷说道：“广州地荒人鲜，我去之后，难以适应广州气候，且我年事渐高，恐不久矣。”
朝中同意，于是又改任王彬为湘州刺史，朝中商议后又命靳阳淳任湘州长史监视王彬。司马绍又立司马衍为太子，封虞胤为右卫将军，以司马宗为禁军总管，又命西阳王司马羕入朝议事。
至此王敦之乱被平，朝野暂时安定。石勒得知晋室大乱发兵南下…….
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