就在陕西发生变故的时候，整个大明北方各省也没有太平。
山西四十万农民军肆虐，农民军趁机入据磨盘山，分其众为三：阎正虎据交城，进逼太原；邢红娘、上天龙据吴城，进逼汾州；紫金梁、张献忠攻沁州、武乡，陷辽州。高迎祥部则出山西入河南，李自成攻陷修武县，开始直接威胁河南和北直隶了。
山东孔友德作乱攻陷登州城，杀官吏绅民几尽。之后又围攻莱州，朝廷调令兵部侍郎刘宇烈督理山东军务，讨孔有德。诏总兵邓玘将蓟门、四川兵，副将牟文绶将密云兵往援莱城，山东巡抚朱大典率兵数万，汇合关中劲旅抵德州，杀叛敌陈有时，后兵分三路，金国奇率兵从中路进昌平，总兵陈洪范率兵从南路进，参将王之富等从北路进。诸军皆带三天粮至沙河，孔有德迎战，被打败，二十日莱州城围始解。
整整经历了半年多的时间山东的局势才算稳定一些。
洪承畴率兵五万进驻运城准备伺机反攻，他将贺人龙、李卑、艾万年三将留在山西，助张宗衡、许鼎臣围剿农民军。
带人巡视完黄河沿线之后，洪承畴认为，要从黄河之上强渡，可能性不大，即便成功也必定损失惨重，只能将攻击重点放在潼关了，打通潼关之后官军大队才能源源不断的支援陕西剿贼，但顾虑到敌军的火器优势，洪承畴向朝廷奏请调拨更多的重炮和火器前来支援。
当然也不能就这么干等着，一方面积极肃清运城附近的农民军，一方面派人偷渡过黄河，联络西安府和远在甘肃附近的临洮总兵官曹文昭，让曹文昭向贼军老巢延安进攻，西安方面驻兵配合攻击黄河渡口和潼关。
曹文诏，山西大同人，勇毅而有智略。早年在辽东从军，历事熊廷弼、孙承宗，积功升至游击，崇祯二年冬，皇太极包围北京，曹文诏随袁崇焕入关勤王，在保卫北京中立有战功。
崇祯三年二月，总理马世龙把朱由检赐给他的尚方宝剑交给曹文诏，命令他率领参将王承胤、张叔嘉、都司左良玉等埋伏在玉田的枯树和洪桥，因鏖战有功升为参将。然后他从大堑山转战到遵化附近，又跟随马世龙等攻下大安城以及鲇鱼等关口。因为收复四城的功绩，朝廷给他加官为都督佥事。
七月，陕西民变势大，曹文诏被封为延绥东路副总兵，带领关宁军入关进行征讨。
四年四月，曹文诏击灭据守河曲的变民首领王嘉胤，以功升任临洮总兵官。
后点灯子从陕西进入山西。曹文诏追击他们，追赶到稷山的时候，招安了七百名农民。点灯子逃跑了，不久又被生擒后斩杀。李老柴、独行狼占据了陕西中部，巡抚练国事、延绥总兵王承恩包围了他们。五月，庆阳的农民军郝临庵、刘道江前去援助。恰巧曹文诏从西面凯旋，就同榆林参政张福臻联合围剿他们，杀死了李老柴及他的同党一条龙，其他的同党逃往摩云谷，副将张弘业、游击将领李明辅战死。曹文诏于是就同游击将领左光先、崔宗荫、李国奇分别围剿绥德、宜君、清涧、米脂等地的贼寇，分别在怀宁川、黑峪泉、封家沟、绵湖峪等地展开战斗，都取得了重大胜利。扫地王被斩首。
红军友、李都司、杜三、杨老柴都是神一魁的余部，他们屯兵镇原，准备攻打平凉。练国事发布檄文要求甘肃总兵杨嘉谟、副将王性善扼住他们的攻势，农民军只好败退到庆阳。曹文诏从陇州的小路出发前来同杨嘉谟、王性善会合。
五年三月，曹文诏与农民军大战于西濠，斩首千级，生擒杜三、杨老柴。他们的余部纠合另外的农民军洗掠了武安监，占领华亭，又再攻打庄浪。
曹文诏、张嘉谟赶到，农民军屯兵张麻村，明军直压过去，合力打击他们，农民军逃往高山上了。
游击将领曹变蛟、冯举、刘成功、平安等人呐喊着冲了上去，农民军又一次败逃。这时王性善与甘肃副将李鸿嗣、参将莫与京等到来，他们一起战斗，斩获了五百二十多个首级。明军乘胜追击，先后在咸宁关、关上镇打败了农民军，追到陇安时，嘉谟和变蛟联合夹攻，又打败了他们。
几千名残余农民军想逃往汉南，被游击将领赵光远阻截，于是从长宁驿逃到了张家川。有一支从清水分出的贼寇力量较强，副将蒋一阳同他们相遇后战败，都司李宫用被捕。曹文诏于是使用反间计，使其他首领上当，让他们杀死了红军友，然后赶至水落城打败了他们，追到静宁州的时候，贼寇飞奔占领了唐毛山，曹变蛟率先攻上山头，全歼了这支农民军。
民变首领满天飞、郝临庵、刘道江被王承恩打败后，退保铁角城。独行狼、李都司赶去同他们会合，满天飞、刘道江于是就携手围攻合水。曹文诏前去援救。农民军隐藏了自己的精锐部队，只让一千多骑兵出来迎战，引诱明军抵达南原时，伏兵大起。城上的人都说曹将军已经死了。曹文诏拿着长矛来回冲击，单枪匹马被包围在万余名农民军中间。
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