光绪二十五年（1899年）十月二十七日，清廷补授刘永福为河南南阳镇总兵。但刘永福以自己使用粤语、不通其他省份方言为由请求留在岭南，得到了清廷的批准。光绪二十六年（1900年）二月十四日，他与广东碣石镇总兵张铭新互调，碣石镇总兵成为他在清朝担任的最后一个官职。
上任后不久，刘永福就被派去广宁剿匪。同年七月，因八国联军入侵京津，清廷号召天下勤王，署理两广总督德寿决定派刘永福率黑旗军北上勤王。九月，刘永福行至湖南衡州。此时广州发生史坚如炸德寿事件，德寿急召刘永福回粤，严防革命党。同年冬天，刘永福移驻惠州，此时他对清政府倍感失望，萌生了“归隐山林，优游泉石”的想法。两广总督多次调他去镇压反清起义，他都反应消极，或应或不应。
黑旗军被一分为二，刘永福自领三营，其余三营驻扎广州或肇庆，逐渐脱离刘永福的管辖。光绪二十九年（1903年）九月，刘永福自请解散自领的三营，从此黑旗军不复存在。此后，他不断向两广总督岑春煊请求辞职，但岑春煊均未允诺。光绪三十三年（1906年），周馥署理两广总督后，刘永福再次请求辞职，周馥同意代奏。光绪三十四年（1907年）正月，清廷正式批准刘永福辞职。
刘永福回到钦州不久，就发生了革命党人刘思裕领导的三那人民反糖捐斗争，刘永福被清政府派去劝说刘思裕，但未成功。随后，反糖捐斗争演变为反清起义，起义失败后，刘永福曾庇护起义群众。在防城起义和河口起义中，刘永福均表示同情和支持，河口起义的指挥部就设在刘永福的内弟黄茂兰家。两广当局得知刘永福“通匪”的情况，便想借机收拾他。因此，在光绪三十四年（1908年）四月刘永福赴上思扫墓并处理已故部将吴凤典家中财产分配之争的过程中，他的五名护兵被上思同知蔡其铭无故杀害。刘永福便状告蔡其铭，但蔡其铭受到广西巡抚（后升两广总督）张鸣岐的庇护，故此案久拖不决。在此期间，刘永福为了避嫌，基本暂停了与革命党的往来。
宣统三年八月十九日（1911年10月10日），辛亥革命在武昌爆发，消息传到广东，张鸣岐加紧逮捕革命党人。刘永福因蔡其铭案的审理而身在广州，见时局动荡，便于九月初九日潜赴香港。九月十九日，广州光复，群龙无首，都督胡汉民邀请刘永福出任广东民团总长，以维持秩序、稳住局面。刘永福起初以年老推辞，但在胡汉民一再劝告下，最终同意出任。一个月后，他见事务繁多，大局稍定，便辞职回乡。
十、晚年
刘永福晚年定居在钦州三宣堂，过着较为平静的生活。他时常向乡亲们口述自己的回忆，这些珍贵的历史资料后来被整理成黄文澜（署名“黄海安”）的《刘永福历史草》和李健儿的《刘永福传》。尽管进入了民国时代，刘永福依然关心着国家的命运和发展。
民国元年（1912年），当刘永福得知《俄蒙协约》缔结的消息后，他内心充满忧虑，担心外蒙古的归属问题。为此，他在年底向大总统袁世凯发电，请求北上抗俄，收复外蒙古，展现了他强烈的爱国情怀。
到了民国四年（1915年）5月9日，当得知袁世凯接受了日本提出的“二十一条”大部分条款时，刘永福更是感到无比愤怒。他形容自己当时的心情是“愤慨填胸，白发怒举，面赤亮如重枣，目光如电欲射人”，并再次致电袁世凯政府，请求带兵抗日，表达了他不屈不挠的民族主义精神。
民国六年（1917年）1月7日，一向身体硬朗的刘永福突然感到身体不适，意识到自己大限将至。1月9日，他召集了儿孙，口授遗言。在遗言中，刘永福表达了对当时国内军阀混战和列强环伺的时局的深深忧虑。他告诫子孙们要“各宜发奋为雄”，秉承“强种主义”，积极投身军旅，报效国家，完成他未竟的心愿。他特别提到，如果有机会为国效力，应当全力以赴，不惜以铁血铸就山河，增强国力，使中华民族跻身世界强国之林。
刘永福还嘱咐子孙，如果不能获得重用，则应该上书大总统，呼吁重视人才选拔，远离小人，轻视物质利益，加强边防建设，谨慎决策，广泛搜寻山林中的贤才，吸引智谋健将。他强调要节约民力，充实国库，凝聚民心，威慑外敌，汇聚群策群力，以实现国家统一和繁荣。
最后，刘永福表达了自己对国家未来的美好愿望，希望看到“国基巩固，国势富强”，并表示如果能够实现这一目标，他将在九泉之下含笑以对。在留下这些肺腑之言后，刘永福离开了人世，结束了他八十年的传奇人生。
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