崇祯九年（1636年）十二月，皇太极统率大军亲征朝鲜，“丙子胡乱”爆发。由于朝鲜与清朝实力悬殊，加上金自点等将帅的无能，清军不费吹灰之力就逼近汉城。十二月十四日，仁祖安排金庆征（领议政金琉之子）等护送王世子嫔、两名大君、宫中女眷、大臣家眷等先到江华岛避难，自己稍后出发。清兵先锋已在汉城近郊活动，仁祖担心途中被俘，选择就近逃到南汉山城。他还对战事抱有一丝希望，不愿无条件屈服，一面“亲自巡城，慰抚三军”，激励将士死守；一面命八道勤王，但各路勤王军皆被清军击退。十二月二十九日，南汉山城的朝鲜守军出击，惨败而归，从此龟缩不出。次日，汉城不战而失守。皇太极所率主力已至，将南汉山城围得水泄不通。
仁祖见在劫难逃，只好同清朝谈判。围绕出降问题，金尚宪为首的斥和派和崔鸣吉为首的主和派展开激烈争论。崇祯十年（1637年）正月二十二日，清军渡海攻陷江华岛，世子嫔及两名大君等都成了俘虏，这成为压倒仁祖君臣的最后稻草。正月二十八日，朝鲜接受了清朝提出的断绝对明关系、向清朝称臣纳贡的盟约。正月三十日，仁祖穿着蓝染衣，骑着白马，率世子及50多名随从官员出南汉山城西门，在汉江南岸的三田渡向皇太极行三跪九叩之礼，然后改换穿皇太极所赐的貂裘谢恩。从此，朝鲜成为清朝的属国。
五、坎坷而薨
丙子胡乱后，清军撤军，带走了作为人质的昭显世子、凤林大君（后来的朝鲜孝宗）与约50万朝鲜俘虏回国。力主斥和的洪翼汉、尹集、吴达济三学士也被带到盛京处死。此后，朝鲜不仅向清朝称臣纳贡，还被迫出兵帮助清朝攻打明朝，参与了皮岛海战和松锦之战。仁祖在此后尽可能顺从清朝的意图，对耻于向清朝称臣的大臣则深恶痛绝。他认为所受之辱都是斥和派造成的，直斥斥和派“误国”，并说：“此辈（斥和派）以国之存亡置之度外，谋占美名，党同伐异，竟使宗国覆没，甚可恶也！”与之相应的是重用主和派和亲清派，他在丙子胡乱后拜崔鸣吉为领议政，崔鸣吉因私通明朝被清朝抓走后又起用金自点。
仁祖政权的合法性在两次 胡 乱 后 面临严重危机。由于仁祖反正的名义本身就是亲明排金，因此仁祖向满清屈膝自然使人们倍感失望。丙子 胡 乱 后，朝中掀起了辞职和隐退的风潮，士林中的士大夫对仁祖政权的形象一落千丈。另一方面，自丁卯 胡 乱 后，叛乱阴谋层出不穷。天启七年（1627年），李仁居起兵江原道；崇祯元年（1628年），柳孝立等欲立仁城君；崇祯五年（1632年），柳应泂谋逆；崇祯六年（1633年），李时说欲立锦原令李倬；崇祯八年（1635年），李基安谋逆；崇德四年（1639年），贞明公主及宫人的诅咒事件；崇德八年（1643年），李挺海叛国事件；顺治元年（1644年），反正功臣沈器远欲立怀恩君；顺治三年（1646年），姜嫔诅咒事件和安益信谋逆。这些谋逆事件基本在未然之时便被仁祖扼杀，其中仁祖可能毒死了他的儿子昭显世子，并不顾大部分大臣的反对，一意孤行，亲自下令赐死儿媳姜氏（愍怀嫔），并将三个孙子（昭显世子之子）通通流放济州岛，任其自生自灭。
仁祖后期自嘲为“伤弓之鸟”，臣下也批评他“一经大乱之后，无一分振作之气，侥幸一日之无事”。他的最后几年就是在内外交逼中努力保住自己王位的极度缺乏安全感的心理下度过的。顺治六年（1649年）五月初八日，李倧这位历经坎坷的朝鲜国王去世于昌德宫之大造殿，享年五十五岁。死后庙号初为烈祖，后来有人说这与南唐烈祖李昪的庙号冲突，不宜使用，故很快改为仁祖，谥号宪文烈武明肃纯孝大王。大韩帝国时期在谥号前追上“开天肇运正纪宣德”八字。清朝赐谥“庄穆”，但朝鲜并不把清朝当作真正的上国，因此终朝鲜王朝之世，此谥号以及清朝赐予朝鲜各王的谥号，都不为朝鲜所用。仁祖初葬于坡州北云川里的长陵，后在英祖年间移葬交河。
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