横须贺港停靠着美国第七舰队的驱逐舰“卡勃迪”号。水兵马克在甲板上和卡西谈情说爱。坐在气球上的瞳子临时着陆。甲板上催泪弹的爆炸使马克倒下了。正在瞳子呆愣的时候，经泪子帮助偷到的宝石却一下子不见了。一帮匪徒从“卡勃迪”号上抢走了大量武器弹药。结果马克一人背了黑锅，大家都认为只有他知道宝石的下落。猫眼救出了马克，但却暴露了自己的真实面目。
怪盗“冬天的萤火虫”连日来大肆行窃珠宝店。犬鸣警署却由于人手不够无法将其辑拿归案，科长急得团团转。此时，一个电话打来，顿时令科长愁眉舒展，原来是科长的老相好打来的电话。小爱、瞳子、泪.
无印 ：宝可梦 在无印篇中，新手训练家小智从大木博士那里获得的是一只勉强又喜怒无常又不喜欢进入精灵球的皮卡丘，小智离开了家乡真新镇，在关都地区展开他的旅程。在赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加宝可梦联盟。
在旅途中加入小智的是两位良师益友——小刚和小霞。 参加石英大会后，小智受大木博士委托启程前往橘子群岛，从内木博士那里取得GS球，小刚暂时留在内木博士那里。旅途中小智参赛橘子联盟，还遇到宝可梦观察家小建，便与他一同旅行。回到真新镇后，大木博士无法理解怎么样把GS球打开，所以就把小建留下做助手，派小智、小霞、小刚前往城都地区，把GS球交给桧皮镇的钢铁先生。
后参加了宝可梦联盟－城都联盟的白银大会。
宝可梦 超世代 城都联盟篇结束后，小霞为了接替出门旅行的三位姐姐而不得不返回华蓝市担任道馆馆主，小刚也因为因家里有事和小智分开了。小智重新出发，因为想要以一个新人的心态继续学习的心态，所以只带着皮卡丘只身前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和她弟弟小胜，后来小刚又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同的是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。
联盟大会结束后，改为挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的宝可梦华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。两人都为了达成各自的目标，与宝可梦一起奋斗。
宝可梦 钻石&珍珠 对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆。小智受到了小茂的鼓励，独自带着皮卡丘和偷跟去的的长尾怪手前往神奥地区开始新的挑战。 小智、小光和小刚3人的旅程并非一帆风顺，他们在路途上遇上很多人和事，小智曾惨败给真司，小光也曾在2次宝可梦华丽大赛的第一次审查惨遭淘汰出局。
几经辛苦，小光终于集齐5枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，第一次参加便晋级决赛，但在决赛以稍微差距输给好友小望；小智也集齐8枚徽章，他在神奥联盟有好得开始，在第1回战打败尚志，第2回战打败某女路人，第3回战(16强)打败考平，8强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败给达克多，在4强出局。 神奥旅程随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一起前往关都地区，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天的日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地区。第二天日出后，小智和小刚回到关都地区，在前往真新镇及深灰市的分叉路口，小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别。小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅程正式划上句号。
宝可梦 超级愿望 讲述小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台——合众地区，这里居住着许多他们所不知道的宝可梦。当小智知道合众地区的宝可梦后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而跟着冒险而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。 随着小智取得8个徽章,日本在2012年6月21日开始播放第二季，讲述小智一行人在合众联盟开始前，前往东合众地区参加宝可梦世界锦标赛青少年杯为开端的故事。
后来小智在合众联盟8强出局，随后在2013年1月17日开始播出第2季的新章节“Episode N”，重新诠释因3·11日本地震而未能如期播出有关的等离子队剧情。
“Episode N”结束后，在2013年4月25日播出第2季的另一新章节“杰可罗拉冒险”，故事中小智一行人离开合众地区，返回关都地区，期间经过杰可罗拉群岛，并在群岛展开冒险旅程。
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