在斩断疾风的闪电！其名为捷拉奥拉!!中，小智在上学的路上再次遇见卡璞?鸣鸣，于是派出皮卡丘与它对战，但没想到在对战的过程中被传送至究极大厦，并见到恶食大王。由于小智不小心踢到一块石头，石头发出巨大的声音，因此被恶食大王发现。
恶食大王对他们穷追猛打，小智只能带着皮卡丘逃走，但却发现走进了死胡同，皮卡丘只好与恶食大王对战，但招式却被恶食大王吃掉，小智尝试使用Ｚ招式但也未奏效，所幸捷拉奥拉前来击退恶食大王，使小智免遭攻击。之后，小智和皮卡丘见到捷拉奥拉的训练家迪亚，并与他对战，但最终被击败。而在去吧！友情的双重终极伏特狂雷闪!!中，它与捷拉奥拉合作，一起使出双重终极伏特狂雷闪，把恶食大王送回究极之洞。随后它再次与捷拉奥拉对战，但这次在对战中被传回至现实世界。
在岛屿女王诞生！
小智的大考验!!中，小智在波尼岛的大考验中使用皮卡丘与哈普乌的重泥挽马对战，尽管属性不利，且多次被重踏及地隆啸天大终结压制，皮卡丘最终还是战胜了重泥挽马，通过了大考验。 在不败的帝王古兹马!!中，小智在玛纳罗大会和古兹马的半决赛上，在炎热喵被具甲武者打败后派出皮卡丘上场，经过多回合较量后打败了具甲武者，从而帮助小智2比1战胜古兹马，和格拉吉欧会师决赛。 在决赛！
最强劲敌对决!!至诞生！阿罗拉的霸者!!中，小智在玛纳罗大会和格拉吉欧的决赛中，于美录梅塔被银伴战兽打败后派出皮卡丘上场，在多回合较量后打败了银伴战兽；之后面对伪装成鬃岩狼人的索罗亚克时，依靠电网和十万伏特解除了索罗亚克带来的幻觉，又使出十万伏特和铁尾与索罗亚克相持，最后在究极无敌大冲撞和无尽暗夜之诱惑对攻之后，和索罗亚克双双倒地失去战斗能力。
但是因为洛托姆图鉴没能叫醒他们，皮卡丘和小智一起被火斑喵用尾巴扇脸打醒，它甚至还摔下楼梯撞到了额头。之后，皮卡丘在和小智一起去学校的路上察觉到卡璞?鸣鸣的动向，追着它到了森林里，在草丛中找到了小星云。之后，皮卡丘也帮小智他们照顾小星云。
经历一系列事件后，因为露莎米奈被UB01：寄生物带入究极之洞，小智和同学们一起去拯救她，在闪耀吧，Ｚ强力手环！
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