但人族部落中，异军突起，一个名为九黎部落的人巫混血部落，却是对轩辕发起了的冲击，想要争夺人皇之位。
这个九黎部落，以蚩尤为主，一百零8个兄弟辅佐，更有三四名大罗金仙级的大巫支持，可谓是强大无比。
蚩尤带领的九黎部落，势不可挡，冲击向中央人族部落，一路所过，所有部落被他们收编。
九黎部落虽然是人巫混血，但也算半个人族，因此，他们没有对人族斩尽杀绝，反抗的就关押，不反抗的就收编。
短短几年，蚩尤就占据了人族的半壁江山，与轩辕分庭抗礼。
到了这一步，事情已经脱离了掌控，轩辕之师广成子无计可施之下，只能求助师门，又求助天庭。
“巫族余孽贼心不死，还想出来蹦跶，既然如此，那就全灭了吧。”
元始天尊杀心四起。
不过，转瞬间，他又想到了地府的后土，若是对巫族斩尽杀绝，后土肯定会找他们拼命，因此，元始也只能放弃亲自出手了。
随后，元始天尊派出数位弟子去帮助轩辕，天庭也派出九天玄女和几位大将去帮助轩辕，龙族作为人族的图腾，与人族亲近，自然也派出龙族大能帮助轩辕了。
应龙，便是其中之一。
有了元始高徒相助，天庭强者相助，龙族大能相助，轩辕雄起来了，打得蚩尤大君节节败退。
然而，蚩尤炼成了不死之身，刀枪不入，水火不侵，虽然打不过轩辕，但轩辕也杀不死他。
不得已之下，广成子又向师门求助了，元始天尊听闻后，采集首阳之铜，炼制了一把长剑，交给了轩辕，
轩辕得此剑后，取名轩辕剑！
得到轩辕剑后，轩辕与蚩尤展开了最后的决战，也是确定人皇之战。
最后，蚩尤的不死之身不敌轩辕剑，被轩辕分了尸，砍成五块，封印到了五个地方。
蚩尤挂了后，兵败如山倒，九黎大军成了轩辕的俘虏，大巫风伯雨师，也折服在轩辕的石榴裙下……不对，折服在轩辕的手段下，被轩辕收为手下，掌管人族风调雨顺。
自此，轩辕终于功德圆满，成为了名副其实的人皇，并突破到了伪圣。
他将人族共主之位传给了儿子，也前往火云洞镇压人族气运了。
自此，人族三皇归位！
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