同治十三年夏，已经在陕甘待了一年多的左宗棠挥军入疆。
这是他的缓进急战策略，缓进目的是安稳后方，陕甘刚刚平定，他耐心的安置流民，组织生产，等到流民已经生产了一季粮食，生活稳定下来后，他才敢进军新疆。这一年时间他可没闲着，安定生产，囤积物资，休养士卒，储备弹药。
一切准备好后，他派大将刘锦堂挥军急进，先北后南。他必须急，一个月之内就要扫荡北疆。因为从陕甘到新疆的漫长交通线注定不可能得到长期稳定的给养，刘锦堂需要在一个月时间内，从哈密远程奔袭乌鲁木齐，并一战而下，否则他就有可能全军覆没，因为现在可不是康乾时期，没有办法动员数十万民夫运送物资，刘锦堂必须就近取食，在乌鲁木齐取得物资。一个月时间，距离600公里，纯陆路行军，光是走路都需要20天，刘锦堂真正能用来打乌鲁木齐的时间只有10天。中途还要攻克一个叫做古城的城市。
但是刘锦堂成功了，这为他迎来了飞将军的美名，可惜清朝的文化影响力不怎么地，不然这场战斗应该能跟一些古代名将相媲美。刘锦堂收复乌鲁木齐之后，开始南下。此时左宗棠调集后续部队，发动对吐鲁番的攻势，这次稳扎稳打“节节扫荡而前”，目的是“壮后路声威”，让刘锦棠部能“长驱大进”。
左宗棠秋收前发动攻势，秋收时节已经吃上了乌鲁木齐、吐鲁番的馕。
此时南疆的战事也拉开了序幕，这场仗更难打，除了交通，还有敌人。这批敌人真的不一样，他不是弱鸡。北疆的主要是陕甘退到这里的白彦虎等部，投靠了阿古柏后，在北疆驻扎。南疆是阿古柏的老巢，喀什是他的首都。
阿古柏算得上一位枭雄，他是小老婆生的，自小爸爸就不管他们母子，为了生存，阿古柏从事了阿拉伯特色职业‘男宠’，成了浩罕汗国塔什干总督的身边人，最后他还献上自己的姐姐一起伺候总督。靠着这位边境权贵，阿古柏成为一位小军官，浩罕汗国内乱不断，阿古柏却节节高升。最后引起权贵猜忌，派他来新疆护送和卓搞事情。阿古柏自己招募了一批战士，跟合作到同样混乱的新疆。最后又搞死和卓，独揽大权，建立洪福汗国。
阿古柏是外来人，没有心腹，只有一批中亚军官，这是一群亡命徒，残忍好杀。于是在南疆，除了皈依阿古柏的人，全都被杀了。虽然残酷，但却排斥了异己。
阿古柏的军队也很不错，俄国人对这个势力非常重视，占据伊犁三年来，俄国人每年都派人去阿古柏那里调查情况，发现这支军队已经非常西化，武器装备基本都是英国货，后膛步枪、后膛大炮，武器先进。提供武器的是英国，训练阿古柏军队的教官，则是一群土耳其人。三年前阿古柏派人去奥斯曼拜见哈里发，得到奥斯曼帝国的支持，派出军官团帮他训练军队。也派使者去了伦敦，跟英国签订了各种协议，英国在喀什派了公使。
阿古柏唯一的弱点是兵力不多，最多也就三万人，其中骑兵一万人。人少是因为控制基数小，基数小不是因为新疆人不多，而是他把人杀的差不多了。这货光是攻打北疆，跟白彦虎一起就杀了20万不肯跟随他们或者跟他们不是一个教派的回人。这导致连北疆回人都不支持他们，跟汉人民团一起打他们。
这是一群残暴的人，一支残暴的军队，看起来似乎不可战胜。幸好此时的老湘军也是很能打的，刘锦堂正是老湘军出身，算是曾国藩留给左宗棠的遗产，湘军裁撤后，将刘松山等老湘军精锐交给左宗棠，而刘锦堂是刘松山的从子，刘松山在陕甘之战中战死，刘锦堂接过了刘松山的旧部，继续征战。
刘锦堂带着老湘军，从乌鲁木齐南下，阿古柏调集大军拦截。刘锦堂奇袭达坂城，苦战三日，以167人伤亡为代价毙杀敌军2000余人，俘虏1200多人。俘虏少，击毙多，意味着这支部队防守相当顽强。三日后又急攻托克逊，守将竟然吓跑了，结果这一战相对轻松，杀敌2千，迫降2万。那个逃跑的守将正是阿古柏的儿子，这是他另一大弱点，缺乏可用的心腹，他是个外来人，没有地方根基，靠暴力统治，只能任人唯亲，亲人中出现卫青，霍去病这种猛人是幸运，如果出不了，就没有李广来代替了，只能用这些人。
这一战几乎就歼灭了阿古柏的主力，左宗棠开始休整部队，因为到了夏季，新疆实在是太热了，日照那个充足，是个种棉花的好地方。
左宗棠通过这一战，不但建立了不世的个人功业，还大大震撼了一把英俄。俄国人承认清朝是一个潜在军事威胁，欧洲人则评价清朝是一个正在崛起的军事力量，有可能成为西方世界的主要威胁。
历史上，俄国那么乖乖的交出伊犁，怎么可能全靠外交手段？那都是左宗棠的几万大军打出来的。俄国知道开战自己根本守不住伊犁，只能放弃，换取清廷的好感。但这一次，俄国似乎不打算这么做了，他们的铁路修建的很快，平坦的哈萨克草原建设成本很低，中亚短小的河流对铁路施工构不成技术挑战。
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