欧雷部队来的时候，也慈和辛俐正坐飞机飞去合众，帕底亚联盟正准备调查零之大空洞，让欧雷这一波突袭，以为欧雷军队是拿下四灾和第零区。
在也慈落地后，也慈马上让全部联盟成员去阻止欧雷军队，四灾、帕底亚联盟和欧雷军队开始三方混战。
最后就是后期剧情，即零之大空洞剧情，这里的也慈和辛俐说的有事情抽不开身就是这个，欧雷军队开始进行侵略，于是让合众出一些人去探索零之大空洞。
希洛、丹瑜、乌栗、小青、白蕾雅一起去了，主要是探索大空洞，这段就是剧情，只不过没有乌栗抢的剧情，是尝试太晶化时太乐巴戈斯直接暴走，乌栗很给力的，且白蕾雅也派出了宝可梦。
y正好就是N之城的事情（黑白一周目的收尾剧情），道馆馆主、四天王和冠军也齐聚一起，打算阻止等离子队。
欧雷窃听部门知道了，安德夫马上派出大量远距离战术轰炸机前去轰炸，打算一举歼灭合众全部宝可梦强者。
而且安德夫知道这么做，接下来肯定会彻底打击合众，并且想要拿到太晶化，因此来了个更狠的，派出远距离海上巡逻轰炸机去轰炸蓝莓学园，并且安排了自己的空军元帅（击落过马志士的战机）去指挥。
在欧雷军队捕获四灾后，麦克说桌台市的橘子校园有大师球，于是这些部队去冲击桌台市，抢夺大师球，不过被击退了，欧雷军队就回去了。
合众这里，虽然人都没死没残，但都或多或少受了重伤，大多数主力宝可梦死亡，N的捷克罗姆被炸回黑暗市，七贤者全部被炸死
蓝莓学园除了生态巨蛋，生态核被抢走，蓝莓学园主体被炸毁，彻底沉入海底，造成大量人员死亡。
安德夫因此加强了在欧雷军阀内部的话语权，变得更加的兴奋，并准备对关都、城都和丰缘进行基因回收计划，洋流征服计划和大海征服计划。
在希洛从帕底亚回来后，人都傻了，塞西尔为了填补合众的财政亏空，打算去关都拍电影，拍的就是和波导的勇者照搬的内容。
然后去七之岛玩，正巧遇见叶子，帕底亚四人、丹瑜、乌栗报的旅行团正好是七之岛，于是一起旅行了一段后，就是超梦的逆袭剧情。
不同的是，梦幻没来，半截欧雷军队发动基因回收计划，迅速封锁超梦的超能力，将超梦控制起来，总指挥是克劳德。
在遇见超梦球和基因克隆机器，克劳德决定先搬机器和超梦球，克劳德拿出本来给希洛的钥石，麦克拿出超梦进化石X，对超梦强制超进化，并拿出暗黑共鸣石插入超梦身体中，强行控制起来。
希洛一人四两拨千斤，将超梦的暗黑共鸣石打碎，并夺回超梦进化石X与自己的钥石，不过见机器和超梦球都搬完了，于是决定临时撤退。
接下来就是城都篇，主要是普普通通的旅行，后期就是风来城的洋流征服计划，前半段是风来城的剧情，只不过不同的是，引发灾难的由火箭队三人组改成欧雷部队的纵火，目的是逼洛奇亚现身。
莉佳、阿蜜和小松也会加入这段剧情。
这次大家开始救火，只不过安德夫的摩托化掷弹兵部队、黑暗宝可梦部队、火焰喷射器部队和格丽塞尔达的白刃战部队，开始恐怖袭击，顿时变为一场混战。
哈桑也来了，带来自己的战列舰部队，等待着洛奇亚的现身，洛奇亚现身，被哈桑的战列舰部队击倒，落在地面上，最后被用超梦球捕获。
捷拉奥拉也会登场，与希洛一起对付克劳德和萨戮德，最后克劳德了解到洛奇亚被收服，于是便撤退，捷拉奥拉决定成为希洛的宝可梦。
为了转换心情，希洛与琉璃去丰缘玩，前期是平平淡淡的旅行，后面就赶上安德夫的大海征服计划。
这里的剧情发生时间是不会飞和胖头鱼在绿宝石中对峙的时间，小青也在，设定上海洋队和熔岩队是安德夫资助的，目的是召唤出盖欧卡和固拉多。
安德夫和哈桑派出大量的兵力，哈桑则是让战列舰部队将待着2个冠军，4个天王驶向天空之柱的部队被逼到梦幻岛，无法去召唤裂空座。
琉璃市受到了安德夫潜伏的特种部队袭击，最后经过一番苦战，赤焰松、水梧桐、亚当死亡，盖欧卡被收服，固拉多被收服，小青接下希洛抢下来的超梦球，将固拉多收服，随后欧雷军阀们全部撤退，还顺带顺走了海洋队乘坐的潜艇。
之后安德夫回到欧雷，和平统一了欧雷，封自己为元首，并创建了一个类似法西斯主义的意识形态。
安德夫带着欧雷，拿下地区联盟常任理事地区的席位，不过也就是好听而已，毕竟地区联盟本质就是一战后的国际联盟。
安德夫将合众变成孤岛，合众撤销了对所有地区的合作，与丰缘在城都问题上产生矛盾，安德夫因此更加厌恶丰缘。
同时安德夫看中在上一次世界大战中战败，民间对战争渴望十分强烈的卡洛斯，打算发展作为盟友，主要是给狮子头洗脑。
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